観光資源にも恵まれた函館市の中心部から、約10km(バスで約20分)東方の海岸沿いの丘陵に位置している。温泉街で函館の副都心でもある湯の川温泉からはわずかに1.3kmの利便性の高い空港である。新千歳空港に次いで北海道第2の規模を持つ。
また海上保安庁の航空基地が併設されている。
なお、空港の滑走路の敷地には縄文時代の集落の遺跡が複数あった。工事の前に発掘調査が行われ、大規模な集落が長期間にわたって存在したことがわかっている。
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