また、日本では戦後にかけて中小規模の空港が乱立したために、仁川国際空港（韓国）やドバイ国際空港（アラブ首長国連邦）のような乗り継ぎで大きな役割を果たす「巨大ハブ空港」の建設ができなかったという経緯がある。例えば成田国際空港は当初国際線専用のハブ空港になることを目指して作られたのだが、利便性の高い羽田空港が後に再国際化したことに伴ってデルタ航空など羽田に発着枠を移籍する航空会社が多く出てしまい、その後JALやANAでも成田は羽田に準ずる国際空港という扱いになった（ざっくりと言えば幹線は羽田、準幹線は成田となっている）ほか、近年では利便性の高い羽田に入れない格安航空会社の住処ともいえる状態になっている（ただし機体が大きすぎて羽田に入れないエアバスA380型機の運用場所になっていたり、羽田空港で万が一大事故が起きてしまった場合の緊急避難先としても機能できている）。

また「門限（カーフュー）」の問題も懸案事項である。成田空港（門限24時）・伊丹空港（門限21時）・福岡空港（門限22時）など住宅地の真ん中にあるような空港では深夜帯の離発着が概ね不可能となっており、そのような空港に向かう旅客機が門限に間に合わなかった場合、近隣の24時間空港にダイバート（目的地変更）させられるケースもしばしばある。

近年になってからは代替空港側のダイバートを受ける体制が整うようになり、伊丹の場合は関西空港へ（このダイバートは航空ファンから「島流し」と呼ばれる）、福岡の場合は北九州空港へダイバートすることが多くなった。

国内線に関しては、東京・羽田空港と大阪・伊丹空港の2空港を基軸に日本全国に路線が張り巡らされている。ただし羽田と伊丹は主に日本航空と全日本空輸の大手2社が使用しており、Peach Aviationなどの格安航空会社（LCC）に関しては上述の2空港より利便性で劣る成田空港・関西空港をメインに使用している。

国際線に関しては、海外からの入国の殆どが航空機を使ったものになる関係上、羽田・成田・関空のような大規模な空港に人が集中しやすく、欧米や中東のような長距離路線は主にこれらの空港からのみ離発着する。一方、地方空港は主に東アジアの国々からの人々を受け入れている。

地方ごとに見ていくと、東北地方や中四国・九州地方では各県に一つ以上は空港がある。一方、大都市圏としてまとまりのある関東地方・関西地方は一つ一つの空港が大きい代わりに数が少なく、空港のない府県も存在する。また、長崎・鹿児島・沖縄の離島などには小さな空港が作られていることが多い（ただし空港が乱立したために需要不足にあえぐ空港も出てきてしまっている）。