9月24日現在、人的被害は死者7人・行方不明者2人・安否不明者5人などとなっている。いずれも、特別警報が出た輪島市・珠洲市・能登町での被害である。
能登地方では23もの河川が相次いで氾濫した。土砂崩れで孤立集落となった場所も確認されており、輪島市など56カ所に上り、避難者は計632人、停電は約3700戸、断水は約5000戸に及んでいる。
輪島市や珠洲市といえば、この年の元日に起きた能登半島地震で特に甚大な被害を受けた地域である。復興途上にあった被災地では、仮設住宅が床上浸水するなどの被害も多発し、復興の妨げに追い討ちをかけるかたち(二次災害)となってしまった。