「ロックマンゼロ１」までの動向
エックスがダークエルフを封印するためにサイバーエルフ（レプリロイドの魂、命に相当する部分）のみの存在になってしまい、エックスがネオ・アルカディアの指揮を執るのが困難になってしまう。（オリジナルのエックスのサイバーエルフをサイバーエルフXと言う）
更に「ネオ・アルカディアのリーダーであるエックスが姿を見せない」という国民感情に不信感を抱かせてしまう可能性も出てくる。
これを解消すべくネオ・アルカディア政府は当時まだ幼かったものの卓越した科学者であったドクターシエルにコピーエックスの開発を命令。
シエルはサイバーエルフXを入れるボディを開発。そのボディにサイバーエルフXを入れようとするもサイバーエルフXが行方をくらましてしまう。
しかたなく別のサイバーエルフをボディに組み込み新たな「エックス」がネオ・アルカディアのリーダーとなる。
このエックスこそが「コピーエックス」である。
彼は自らのDNAデータのクローニングにより生まれた四人のレプリロイド、
隠将ファントムの四人から成るネオ・アルカディア四天王を率いてイレギュラーの抹殺を行っていた。
コピーエックスは人間至上主義を標榜し、人間に害するもの全てをいかなる理由があろうと「イレギュラー」と判断し、無慈悲に排除していった。
この頃にシエルはコピーエックスの暴走に気づき、不当に「イレギュラー」と判断された者達と共にネオ・アルカディアから脱走。レジスタンスを結成しネオ・アルカディアに対抗するべく活動を開始した。
対抗とは言ってもシエルはネオ・アルカディアとの全面戦争など望んではおらず、平和的解決、対話による融和を目指していた。
しかしあらゆる面でネオ・アルカディアに遅れをとり、次第に攻撃が強まり窮地に立たされつつあった。
しかしレジスタンスはついに「伝説の英雄」である「ゼロ」が眠っている遺跡の場所を見つけ多くの犠牲を払い、ついにゼロを呼び覚ました。
こうしてレジスタンスとネオ・アルカディアとの戦いが幕をあける。
「ロックマンゼロ２」での動向とレジスタンスの動き
「ゼロ１」でコピーエックスがゼロにより倒されたためコピーエックス亡き後の指揮は四天王ハルピュイアが執っていた。
一応レジスタンス側の勝利となったが、レジスタンスのみの力ではコピーエックスの討伐には至らず最終的にゼロが単身、ネオ・アルカディアに乗り込みオトリになっている内にレジスタンスは戦力を回復すべく撤退した。
これによりゼロとシエルのレジスタンスは一年程離れ離れになっていた。
この間、レジスタンスは新たなレジスタンスベースの建設など着々と傷を癒しつつあった。
レジスタンスには元ネオ・アルカディア所属であった「エルピス」が新司令官に就任した。しかしその行動方針はシエルの平和的解決とは真逆の軍事優先の方針であった。
その後エルピスはネオ・アルカディア本部急襲作戦「正義の一撃作戦」を実施、しかしネオ・アルカディアの猛烈な反撃により大敗。エルピスは茫然自失しレジスタンスを脱走。その後ダークエルフの力に魅入られついにダークエルフの封印のキーであるオリジナルエックスのボディが安置されているネオ・アルカディア最奥部にまで侵攻、ダークエルフの力を使いネオ・アルカディアの住人を皆殺しにしようとしたがゼロに敗れる。しかし自身の敗北が信じられないエルピスはさらなる力を求めた結果暴走、再びゼロに倒され正気に戻った彼は自身の犯した過ちを理解しゼロに謝罪、息絶えた。
「ロックマンゼロ３」での動向
コピーエックスの側近であるドクターバイルがコピーエックスを修復した「コピーエックスMk-Ⅱ」を新たなネオ・アルカディアのリーダーとした。
しかしMk-Ⅱはバイルを盲目的に信用しており、事実上バイルの傀儡であった。これによりネオ・アルカディアの実権はほぼバイルが掌握していることになる。
それを利用して四天王を幹部から除外、ダークエルフを捕獲する為にオメガを積んだ巨大ミサイルを居住区に打ち込んで壊滅させたほかシエルが作ったエネルギーを使いオメガを強化しようとしたが拒否された為再生レプリロイド率いる部隊でレジスタンスベースを総攻撃しようとするもゼロに阻止され、ネオ・アルカディア中心部でゼロと戦った後用済みとされたMk-Ⅱはバイルがボディに仕込んであったトラップでトドメを刺された。
この直後バイルはネオ・アルカディア市民に「エックス様は血に飢えた凶暴なテロリストにより殺害された」と発表。ネオ・アルカディア市民の賛同を受けネオ・アルカディアのリーダーとなる。
「ロックマンゼロ４」での動向
バイルが実権を握り、ネオ・アルカディア内部ではバイルの意向に逆らう者は人間でもレプリロイドでも全てイレギュラーとして処刑されるという暴政が敷かれ、ついにネオ・アルカディアを脱走する市民まで現れた。そのため地上で唯一自然が残っているエリア・ゼロを破壊すべくクラフト率いるアインヘルヤル八闘士による「ラグナロク作戦」が実行された。
しかしこれらの作戦は軍事衛星ラグナロクを完成させるための陽動作戦で、ラグナロクで地上を無差別に攻撃するというのがこの作戦の本筋であった。
だがラグナロクはクラフトにより乗っ取られ、その照準はネオ・アルカディア中心部に向けられた為多くの市民が犠牲となった（発射の直前までレジスタンスが市民の避難活動を行っている。）
しかしそれでもバイルは生きており（実際は死ねなかった）、100年前妖精戦争を引き起こした張本人として捕えられ、体を機械化されてネオ・アルカディアの外の荒廃した世界で死ぬことも許されず永遠に彷徨いつづけるという過酷な罰を与えられたという自身の過去を語り、さらにエリア・ゼロを破壊することで逃げ道をなくし、最終的に自分が支配者となったネオ・アルカディアに住人達を閉じ込め、自分と同じ永遠の苦しみを与えるという邪悪に満ちた野望を明らかにしたのだった。そしてバイルはゼロとの激闘の末にラグナロクと共に大気圏で燃え尽きるが、この時世界中にばらまかれたラグナロクの破片に宿る彼の怨念が新たな戦いの火種となるのだった…
