彼らは何者か
遥か昔に存在した古代人であり、彼らはフォトンをうまく使いこなしていたという。
現在では絶滅しているが…
惑星シオンとの接触
元々彼らは普通の人間だったが、外宇宙である惑星を発見し、その惑星を「シオン」と名付けた。
その惑星に「クラリッサ」という研究者が接触した結果、その惑星は彼女と同じ姿をとった。
「シオン」は彼らにフォトンの使い方を教え、やがて彼らは自分たちを「フォトナー」と名乗るようになった。
【深遠なる闇】
フォトンを有効に活用できる方法を模索し始めた彼らはシオンのコピーの製作を始めた。
最初に創られたコピーは性能はよかったものの、制御が難しかったため亜空間に破棄された。
その後も失敗を繰り返し、ようやくシオンと同等のコピーが完成した。
しかし、そのコピーはフォトナーの負の感情の影響を大きく受けたことにより、【深遠なる闇】へと変貌した。
この【深遠なる闇】との戦いの最中、神とまで評される強さの7人の男性と13人の女性のフォトナーが武器に変化。強大な力を持つそれらの武器は創世器として語られる事となる。
ダークファルスとダーカーの誕生
【深遠なる闇】はフォトナーの中から闘争を渇望する者・美しくありたい者・孤独を恐れる者・全知を求める者の願望につけこみ、彼らを自らの眷属「ダークファルス」に変貌させ、ダークファルスの眷属であるダーカーを生み出した。
この時点で誕生したダークファルスは【巨躯】・【敗者】・【若人】・【双子】の4体である。
【深遠なる闇】の封印
フォトナーは【深遠なる闇】を封印する方法を見つけた。
そのために一人のフォトナーに自分たちのフォトンを押しつけることで餌にするという方法を用いた。彼らは【深遠なる闇】を封印することに成功する。
しかし、その代償に彼らはフォトンを扱う能力を失い、残されたダークファルスに対抗できなくなった結果、敗退を余儀なくされた。一人を犠牲にして皆を救おうとしたことで自分たちの首を絞める形になった。
なお、封印の方法や詳細については一切が不明。
アークスの誕生
フォトンを扱えなくなったフォトナーはダークファルスやダーカーに対抗するために、ある惑星から攫ってきた原住民を改造または交配により、フォトンを扱える改良種を創り上げた。
これによって誕生したのがヒューマンであり、「アークス」である。アークスにダーカーとの戦いを任せたフォトナーは自ら惑星シオンの海と同化した。
フォトナーの消滅後
EPISODE2終盤でフォトナー達は【敗者】に取り込まれたことで消滅した。
しかし、EPISODE4で彼らに憎しみを抱くシオンのコピーが登場し、EPISODE5では異世界オメガにおいて彼らの過去を思わせるビジョンが見られた。