（原題：『Blue Mountain Mystery』）
あらすじ
ブルーマウンテンの採石場でパクストンは瓦礫の下敷きになってしまった。
修理に出されたパクストンの代わりにトーマスがブルーマウンテンの採石場で働く事になった。
ところが、彼はルークと言う小さな機関車を見つけ、相談に乗ったところ、『昔、とても悪いことをしてしまい、それが知られたらソドー島を追い出される』と言う。トーマスは、彼やブルーマウンテンの採石場の事をスカーロイ達などからの話を元に謎を解いていくうち、昔、2台の機関車がソドー島を訪れ、そのうちの1台が船から落ちた事などを知る…。
新キャラクター
- ルーク
（声：羽多野渉）
濃黄緑の小型タンク機関車。ブルーマウンテンの採石場に隠れている。過去にとある「とても悪いこと」をしてしまい、それが発覚してソドー島から追放されてしまうことを恐れているが、トーマスとの邂逅を機に積極的な性格に変わった。
- パクストン
（声：河本邦弘）
深緑の小型ディーゼル機関車。トーマスをはじめとする蒸気機関車たちに好意的な心優しい性格。
物語の冒頭で、ブロンディン橋の崩落に巻き込まれ大ケガを負う。修理され採石場に戻ってきたとき、ルークの過去の話を聞いてしまい、それをディーゼルに話してしまった結果、事態を悪化させてしまう。終盤でも重要な役割を果たす。
- ウィンストン
（声：羽多野渉）
赤い小型レール点検車。
- メリック
（声：坪井智浩）
濃赤いクレーン。暴走したレニアスが崩れた橋に向かっている様子を不安そうな顔で見守っていた。
- オーエン
（声：金丸淳一）
狐色のリフト。貨車は楽々運べるが、トーマスが載った時は苦しそうにしていた。
歌
- Working Together
- Blue Mountain Mystery
