概要
データ
旧タルテソス王国（ブルーノア）内部に埋もれていたアトランティス人の宇宙船を、ネモ船長らノーチラス号のスタッフで修復した万能戦艦。ガーゴイルからは幻の発掘戦艦と呼ばれる。縮退炉と対消滅エンジンの併用による絶大な戦闘力と、300メートルを超える巨体にもかかわらず、大気圏内でも現代の戦闘機以上の機動性を持つ。
また操舵手席にある保護カバー付きボタンを叩き押すことで発動するオーバーブースト機能があり、艦全長の数十倍以上に及ぶ噴射炎を発するほどの超加速が可能となる（ただし主機・補機エンジン両方に多大な負荷がかかるため使用可能時間は短い）。
舞台となる19世紀末の技術では完全修復は不可能であった為、劇中のN-ノーチラス号はバリアーの持続時間が僅か1分、各種兵装の大半が使用不能という、本来のヱクセリヲンの数％の能力しか発揮できない状態で、レッドノアを手中に収めたネオ・アトランティスとの最終決戦に挑むことになった。
レッドノアとの戦力差は大きく、右舷大破に至る大ダメージを受けるほどの大苦戦を強いられるも、グランディス一味の活躍などもあってレッドノア内部への突入に成功。ネモとエレクトラ、ジャンはナディアを助けるため小型艇にのってレッドノア最深部に向かい、玉座の間でガーゴイルと対峙する。ナディアを人質としたガーゴイルにネモ達は追い詰められるも、エレクトラの捨て身覚悟の誘導によってN-ノーチラス号はネオ皇帝の制御・洗脳装置を砲撃で破壊することに成功し、これがレッドノアのコントロールを失わせる事に繋がった。制御不能になったレッドノアが長く持たないことを察知したN-ノーチラス号クルーは無理を承知で傷ついた艦を動かし玉座の間まで進出。ネモ達を回収する。大気圏に突入し崩壊していくレッドノアからの脱出を試みるも、既に思うように推進できぬほどに船体のダメージは大きく、レッドノア内部で擱座。最終的に大気圏でレッドノアと共に爆散し失われた。
『劇場版』ではジャン製作の数千分の一サイズの照明弾として登場した。
余談
機体のデザインは、ゴジラ映画『怪獣総進撃』に登場した「ムーンライトSY-3」と『宇宙戦艦ヤマト』のアンドロメダを合わせたもの。許可を取って、発進シーンはヤマトのオマージュ、主砲の発射音もヤマトのショックカノンと同じにしてある。庵野秀明監督らスタッフの趣味がふんだんに込められた戦艦である。
N-ノーチラス号発進シーンも、庵野監督らの後作品である『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』のAAAヴンダーでオマージュされている。（BGMもN-ノーチラス号のリメイク）
