あらすじ
近未来。国際連合組織・地球防衛軍の宇宙ステーションEGG3に勤務する宇宙開発員のヒカリ超一郎は地球が謎の光に包まれるのを目撃する。その後、世界各地の上空に謎の文字のような白い模様が浮かび上がるという怪現象が発生した。
この怪現象の解明のために、地球防衛軍は新たな部隊である科学警備隊を結成。地球防衛軍極東ゾーン基地ではアキヤマ徹男を科学警備隊の隊長に任命した。アキヤマは隊員の選抜権と、防衛軍の最新大型戦闘機スーパーマードック号の配備を条件に了承する。
隊員には自ら志願してきたマルメ敬、マードック号開発にもかかわったメカニックのトベ博明、医療班から転属してきた紅一点の星川ムツミ、そしてヒカリの計4名が選ばれた。
科学警備隊への参加のため、宇宙船で地球に帰還していたヒカリはその途中で赤い発光体と遭遇し光の中で謎の巨人と出会った。ウルトラマンと名乗ったその巨人は二度の怪奇現象が地球の危機に対する警告であったことを告げ、地球に滞在するため、ヒカリとの融合を果たすが、ヒカリはそれを夢だと思い込み、そのまま地球へと帰還する。
ヒカリが科学警備隊に合流したころ、南極から巨大な氷の塊が赤道を通過し溶けることなく日本に接近しているという情報が入った。さっそく出撃する科学警備隊だが、ヒカリのポケットから星形の物体ビームフラッシャーが零れ落ちた。それを見たヒカリはあの出来事は夢ではなかったと確信する。
氷塊の上に降り立ったヒカリとマルメだったが、二人の前で氷が割れ、中から冷凍怪獣シーグラが出現する。実はウルトラマンが警告していたのは怪獣達の一斉蜂起だったのだ。シーグラは冷凍ガスを吐いて周囲を氷漬けにし、さらに迎撃してきたヒカリの乗るバーディを撃墜する。助かったヒカリは、再び聞こえてきたウルトラマンの声に従い、ビームフラッシャーを額に当て、宇宙で出会ったあの巨人ウルトラマンジョーニアスへと変身した。
シーグラを迎撃するジョーニアス。すると氷山の中からさらに3体のシーグラが出現。4対1という不利な状況に追い込まれるジョーニアスだったが、そのうち2体を同士討ちさせて倒し、残る2体を必殺のプラニウム光線で撃破した。
戦いが終わり、元に戻ったヒカリは同化の相手として選ばれた理由はいずれ分かるとジョーニアスに告げられる。
科学警備隊は当初敵だと思っていたジョーニアスが正義の宇宙人で謎の光や文字で自分達に危機を警告してくれたと解釈するのだった。
ナレーター「それはヒカリ超一郎にとって思いがけぬ事であった。しかし、静かに迫る夕闇の中に輝く一番星を見ながら、この平和を守らねばと新しい決意を深く心に刻むのであった」
