ストーリー
武装集団「サンズ・オブ・リバティ」の引き起こしたビッグシェル占拠事件以降、世論の反発で正規軍の他国への派兵が困難となったアメリカが、PMC(民間軍事会社)にこれを代替させるようになった。その結果、PMCが急速に台頭。無人兵器の発達やナノマシンによる兵士、武器、兵器、戦場の制御管理を行う「SOPシステム」の確立を背景として合理的な戦争経済が成立し、戦争はビジネスへと変わっていった。
オタコン、雷電と共にオルガの娘の捜索、愛国者達の調査を行っていたスネークだったが、ビッグボスからの遺伝子コピーにより生まれた因果により、肉体の急激な老化が進み、突然の発作に苦しめられるようになっていた。身分を隠す必要性と、老化による容姿により、オールド・スネークと呼ばれていた。
そして、ビッグシェル占拠事件から約5年後。スネークのもとに国連職員となった元FOXHOUND司令官ロイ・キャンベルが訪れ、世界各国の大手PMCを運営するマザーカンパニーOUTER HEAVENを統率し、大規模な軍事蹶起を目論むリキッド・オセロット（精神がリキッド・スネーク化したような言動を取るリボルバー・オセロット）の暗殺を非公式に依頼する。残り僅かな余命をこの任務に賭けたスネークは、任務を遂行するためリキッドが潜伏する中東の戦場へと単独潜入を開始した。
登場人物
- ソリッド・スネーク（オールド・スネーク）
- ハル・エメリッヒ
- ロイ・キャンベル
- 雷電
- ナオミ・ハンター
- メイ・リン
- ローズマリー
- サニー
- ドレビン
- メリル・シルバーバーグ
- ジョニーアキバ
- リキッド・オセロット
- ラフィング・オクトパス
- レイジング・レイヴン
- クライング・ウルフ
- スクリーミング・マンティス
- サイコ・マンティス
