体調管理機能により胃腸の弱さも治るのに、極度の注射嫌いで定期注射すら避けていた為ナノマシンを一切体内に持たず、ウェアラブルコンピュータを介してチームのSOPシステム(ナノマシンによる仲間との五感共有や周囲の情報把握などができるシステム)に参加していたので、いつも遅れたり連携を乱したりしていた。(システムの直接のハッキングではなく、HQ等が状況を確認するための部分から情報を得ていると推測されている)

武器もそのままでは使用できないことからIDロックの無い裸の銃をこっそり使用している。

しかし、このナノマシンがないことが功を奏し、SOPの影響を一切受けず、リキッド・オセロットによりSOPへの介入が行われた中東や東欧では彼一人が無事であり、またスクリーミング・マンティスの影響も彼だけは受けなかった。

SOP停止の影響で戦えない兵士が多い中、SOPによる補助なしで長年戦場に居た経験から兵士としての精神を得ると共に戦士の素質を開花させており、アウターヘイヴン突入部隊の一人としてスネーク、メリルと共に突入する。

が、ジョニーの乗るカタパルトが発射される直前に船体同士が接触、軌道はそれて海へと落下してしまう。

しかし無事(?)にアウターヘイヴンに乗り込めたようで、メリルの窮地を幾度と無く救い、彼女とは抜群のコンビネーションをみせている。

何度もナノマシン関係の影響を受けていないことをメリルに聞かれた際に、体内にナノマシンを持たないことを話し、その際に一目ぼれもあってメリルの部隊に志願した事を明かしてついに戦闘の真っ最中に求婚をするが、一度は断られてしまう。

しかし、メリルの流儀により彼女から逆に求婚され、承諾する。

そして事件収束後にケイマン諸島で結婚式を行った。

MGOではユニークキャラクターとして登場。

一定人数を殺傷すると漏らしてしまうが、敵兵を悪臭でひるませる効果がある。(ゴミ箱に長時間潜んで悪臭が付いた時と同様)

MGSV

ジョニー本人が直接登場したわけではないが、GZではデジャブミッションにてトイレでこもっている彼らしき人物が登場する。(なおジョニーの家系の人間だとすれば時代的にジョニー佐々木の父親の可能性が一番高い)

TPPでは本作で集める事が出来るカセットテープの中に、『腹痛の兵士』というタイトルのテープがある。

男の苦悶する呻き声と脱糞する音が10秒程度流れるだけの短い録音テープだが、往年のMGSシリーズを知るファンならジョニーを連想したことであろう。

しかし、トイレにて録音と書かれている通り実際に仮設トイレの前に落ちているのだが、そもそも何故そのようなテープが録音されているのだろうか。

ちなみにiDroidをアップグレードして外部スピーカーの使用が可能になっていれば怪しまれた際にトイレに隠れてこのテープを使用して聞かせることで注意の解除を行うことができると言う使用法がある。(必ず解除できるわけではない)

本人じゃないけどMGS3のジョニー

CV.今村直樹

彼の祖父であるジョニーが登場。

GRUの兵士であり、グロズニィグラードの牢屋の看守をしている。ここで後のビッグ・ボスであるネイキッド・スネークと出会っており、彼の牢屋番をすることになる。

何気にスネークの系譜との関わりもかなり強い一族である。

食い意地が張っており、腐った食べ物も気にせず食べてしまいトイレに駆け込むこともある。

彼が支給する食事を食べずに3回投げ返すと、イベントが発生し、スネークと会話を始める。

過去にアメリカに住んでいた時期があり、今でも妻と息子がアメリカに住んでいるが冷戦で会えない事をスネークに語った。(その為、オセロットやソコロフとは違い仮に殺害してもタイムパラドックスによるゲームオーバーにはならない)

代々長男に「ジョニー」と名づけている家系であることも語っていた(この事からスネークからは「ジョニー一族」と称された)。なお名前だけでなく胃腸の弱さも受け継がれる模様。

ちなみに目出し帽にはイニシャルの「J」が刺繍されており、不鮮明ながら写真で素顔を見ることが出来る。

捕まる前にタバコ型麻酔ガス銃を所持していた場合、本物のタバコと勘違いして大佐の目を盗んでくすねて来たらしく会話の最中に渡してくれる。

脱獄が見つかるともちろん戦闘となるが、一人で見張りをしているのに無線を持っていないので増援は呼べない。だが彼もGRU兵なのでアサルトライフルやグレネードで武装しており対するスネークはほぼ丸腰。格闘や返してもらったタバコ型麻酔ガスで昏倒させて早々に脱出するのが最善。なお唯一殺傷兵器にもなるフォークがあるので、それで切り刻むといういささか残酷な(だが下記のヴォルギンによる処刑よりはマシかも知れない)対処法もある。

グロズニィグラード崩壊後の消息は不明であるが、「もしスネークを逃がしたり、アクシデントで獄中死させれば看守はヴォルギンに殺される」というEVAからの情報があるので、ストーリー本編ではスネークに続き軍を脱走でもしない限りは崩壊前に無惨な末路が待っていたと思われる。(脱獄後のグロズニィグラード潜入時には、外を警備しており尋問すると何故戻ってきたと言う。)

MPOの拡張パックであるMPO+ではある条件を満たすと使用可能になる。MPOで最初に仲間になる兵士はジョニーと呼ばれる事があるが、ジョナサンが本名であり、ジョニーは愛称のため、関係ない。

また、MGSPWでは一部のMSF兵の間で、ジョニーが知り合いに居るが知らないか、というコメントがあるが、このジョニーかどうかは不明。

余談だがMGS4では当初は孫であるジョニー佐々木とメリルの結婚式祝いとして登場する予定だったと公表されている。設定画のデザインでは優しそうなお祖父さんとして描かれている。