前2作の完全版とは異なって音声は日本語のままであり純粋に前作をアップグレードしたものとなっている。また、今回は本編収録ディスクと追加モード収録ディスクの2枚組という構成になっており追加要素も前2作以上に凝ったものとなっている。初回版はゲームが苦手なプレイヤーのために作成されストーリーをオタコン役でおなじみの田中秀幸によるナレーションを加えて再構成したMGS3鑑賞用映像とMGS4のTGSトレーラーを収録した特典ディスクが同封された3枚組となっている。

追加・変更された要素としては

・プレイ画面が俯瞰カメラではなくスネークを画面の中心に自由にアングルを動かせられる「3D Person View」モードに切り替えられるように。(以降のシリーズの画面操作はこれで固定になった)

・猿蛇合戦がステージを追加した「猿蛇合戦完全版」(ディスク2に収録されている)

・発生させたイベントシーンをスネークの服装やフェイスペイントをカスタムも可能なうえで自由に閲覧できる「デモシアター」

・オンライン対戦モード「メタルギアオンライン」が追加(これも以降のシリーズには定番となった)

・パロディ映像集「シークレットシアター」が収録。(選択はデモシアターと同形式だが映像は録画されたものなのでスネークのカスタムはできない。)

・初代「メタルギア」1＆2の復刻版(この要素の追加によって多くのプレイヤーが初代2作に触れることがかなり容易となった。)

・ボス戦のみをタイムアタックでプレイできる「ボスデュエル」

・「メタルギアアシッド2」のセーブデータを収録したPSPとUSB接続することで本編で使えるスペシャルアイテムを入手できる「メタルギアアシッド2」リンク(オリジナル版にあった「MGA1」とのリンクも引き続き収録されている)

・取扱説明書がディスクケースとほぼ同サイズのものに。

メタルギアソリッド3 スネークイーター 20周年記念廉価版

2007年に20周年を記念してMGS1、2と共に仕様変更をした廉価版。

「サブシスタンス」同様、ディスク1とディスク2に分かれているがディスク1は「サブシスタンス」のディスク1と同一内容なのに対し、ディスク2は復刻版MG1＆2のみを収録したものとなっている。

取扱説明書のサイズは「サブシスタンス」と同じ物である(これは同レーベルのMGS2も同じである)。

同年に発売されたシリーズセット「メタルギアソリッドコレクション」にもこの2枚(ディスクピクチャーは異なる)と説明書が封入されている。

コナミ殿堂セレクションのレーベルでも発売されている。

メタルギアソリッド3 スネークイーター HDエディション

2011年にPS3とXBox360、2012年にPS Vitaで発売されたHDリマスター版。パッケージ版は「MGS2 HDエディション」とのカップリングである「メタルギアソリッド HDエディション」としての形のみであり、単品販売はダウンロードのみ。

「サブシスタンス」をベースにしているが猿蛇合戦や開発時点で既に終了していたオンライン対戦、MGA1及び2との連動、シークレットシアター、ガイサベージは未収録。(そのため「サブシスタンス」というよりは「20周年記念廉価版」の仕様に近い。)隠しアイテムであったピポサルのお面やバナナ迷彩も削除されている。(これは恐らくXBoxを展開しているマイクロソフトの存在が影響しているためではないかと思われる。)

PS Vita版は画面のタッチで武器やアイテムを選択したりイベントシーン中に映像をズームにしたりできる。

2013年発売の「メタルギアソリッドレガシーコレクション」(「MGS HDエディション」が丸ごとディスク1に「PW HDエディション」「バンドデシネ」と共に収録されている)や「メタルギアソリッドマスターコレクションvol.1」(MGSやMGS2等収録されている)にも収録。

メタルギアソリッドスネークイーター3D

2012年に発売、メタルギアゴーストバベル以来の任天堂の携帯ゲーム機でリリースされたメタルギア作品。GCの「ザ・ツインスネークズ」から久しぶりの任天堂ハードでのリメイク版である。

ニンテンドー3DSにおいて3D立体視を取り入れたリメイク版。PS2版と比べ、フレームレートは低下しているものの、画質は向上している。

削除された要素はHD版と同様だが、迷彩の一つ『バナナ』だけは何故か3Dには残されている。

操作はMGS4やMGSPWに近く、その為かMGS3までの操作に慣れている人は最初はとっつきにくいかもしれない。拡張スライドパッドを使用することでPS2版に近い感覚で遊ぶことができる。

下画面のタッチパネルにはフードやキュアー、無線画面などの各メニューを集約している為、アイコンタッチで一発呼び出しができる。

また、下画面にはスネークを中心としたマップがリアルタイムで表示され、アクティブソナーや動体探知機の情報もここに表示される。オリジナルに比べると現在位置がわかりやすく、ソリトンレーダーに近い感覚で見ることができる。ただし、敵に見つかると使えないのは3以前のと同様。

各種アクションについても、登れる木があった時やエルードが可能な時、CQCが使用可能な時などにアクションアイコンが表示されるようになり、わかりやすくなっている(これはPWにもあった)。

3DSのジャイロセンサーも使用している為、不安定な足場(木の枝や吊り橋)ではバランスを保ったアクションが要求される事もある。

攻撃時の視点は主観視点のFPSモード、三人称視点のTPSモード、ある程度自動でターゲッティング可能なAUTO AIMモードの3つを切り替えることが可能。

TPSモードは大まかなターゲッティングができるが、命中の精度はFPSモードに劣る。

AUTO AIMモードは半自動で敵を狙うことができ、一部のボス戦で効果を発揮する。

本体カメラで撮影した画像を取り込んで迷彩服にする事が可能。ニンテンドー3DSカメラのアルバムから呼び出す為、他のゲームで出力された画像も使用可能。勿論、同じコナミのNEWラブプラスもしくはNEWラブプラス+やあのスマブラで出力された画像も使える。

使用するには若干の作成時間もしくはロードが発生する。また、セーブデータを再開すると標準のオリーブドラブ迷彩を装備している状態になる。

基本的にはほぼオリジナル版の内容そのままであり、デモや音声も忠実に収録されている(一部操作説明に関しては新規のものに差し替えられているがそれのみ音質があまりよくない)。

セーブデータは一つしかないが、周回プレイの際はその都度難易度が変更できるようになった。

とある場所での拡張スライドパッド設定にまつわるとされる重大なバグがある為、更新データのDLは必須。

また、ニンテンドーeショップでもDL販売がされている。約4ギガもある為、SDメモリーカードの空き容量には余裕のある8ギガ以上のものが推奨される。特に初期の3DSに付いていた2ギガSDカードではまず足りない。

特殊迷彩「ガーコ」が「フルーツ」に、あちこちに隠されて配置されている「ケロタン」が「ヨッシー」に変更されている。

蛇柄の特別なニンテンドー3DSも数量限定販売された。

ちなみに初期のPVではMGSPWのスネークのバトルドレスグラフィックを使用していたり、PWに存在したCO-OPの輪といった要素があったため、本来はPWのエンジンベースでMGS3を3DS向けにリメイクする予定だった可能性がある。

なお、内部にはPS2当時は使われた中で3Dでは使われなかった没データがいくつか残っているとされる。特に操作説明の無線に多いらしい。

メタルギアソリッドΔ:スネークイーター

2023年 5月25日に発表された、MGS3をリメイクした作品。PS5、XboxSeriesX /s、Steamも発売が予定されている。

クロスジェンタイトルがでは無く、最新機種専用ということもあり、グラフィックの質がかなり向上している。

タイトルの「Δ」は、”Δ”はギリシャ語のアルファベットに由来する数学・変数の「変化」「差」を表す記号で、構造を変えずに量を変化させる意味(公式原文ママ)とのこと。

ストーリーやキャラクターボイスは当時のままとなっている(CVについては、内海賢二や青野武といった鬼籍に入られている声優が数名いるため、恐らく3の流用と思われる)。

その他

実はPS2のゲームではチートツールに対する特殊なプロテクトが施されていたりする。これは後に発表するメタルギアオンラインの為の先行実装とも。

その為発売当時のチートツールは軒並み使えなかったが、後にこの手の宿命かいたちごっこになってしまった・・・。

このプロテクトの影響によるものとされる不具合としては無線が繋がるのが遅くなる現象があり、サブシスタンス版で改善されている。

MGS3の開発初期であるEarlyBeta版ではジャングルが舞台、迷彩を変えることができる、という要素は変わっていないが、主役がネイキッド・スネークではなくMGS2に登場したイロコィ・プリスキンだった他、ゲームシステムは丸々MGS2と同じものが使われており、サーマルビジョンやM4といった現代兵器も登場していたため、もともとはプリスキン(ソリッド・スネーク)が主役の現代のジャングル潜入を描く予定だった可能性がある。もしくはあくまでも試作段階であったと思われる。

第一弾PVにあった本編にはない会話にもネタが仕込まれており、

スネーク「動くな！(バイク兵に銃をかまえる)」

敵兵「また車泥棒か…」

スネーク「違う！潜入任務だ！！」

敵兵「ここはジャングルだ…都会じゃねえんだからよ。…蛇でも食ってな！」

スネーク「…」

そう言ってバイク兵は走り去ってしまったのだった。

実はこれ、某クライムアクションゲームを揶揄したものであり、当時大ヒットを飛ばした作品だった。

ゲームオーバーはこれまでとメッセージが異なり「SNAKE IS DEAD(スネークは死んでしまった)」となり、コンティニューしないかしばらく放置するとメッセージが変化し「TIME PARADOX」に変化する(仮死薬を使って死んだフリでも蘇生薬を使わずにゲームをやめるか放置すれば本当に死亡してゲームオーバーになる)。

つまり、今作のスネークは何がなんでも生還しないと歴史が変わってしまう事を表している。また、後世で重要な人物をうっかり殺害しようものならその時点でタイムパラドックスである(この場合「ダメだスネーク!未来が変わってしまった!タイムパラドックスだ!」と言ってくる。これを言うのは何故か息子の上司であるロイ・キャンベルである)。

隠しゲーム「ガイサベージ」はHD・3Dには実装されていない。オリジナル・サブシスタンス版のみ、ある場所でセーブして終了した場合に再開すると、いきなりMGS3とは関係がない全編モノクロのホラーアクションが始まる。

これは元々は小島プロダクション(当時)の別の開発チームが作っていたものを再利用したもの。その作品はゴア要素がもの凄いオンパレードなものだったゆえ、結局はボツになってしまった。MGS3ではモノクロだが本来は全編カラーであるという。モノクロになっているとはいえ登場する謎のモンスターに大ダメージを与えるか倒すと内臓らしきものが剥き出しになったり飛び散る。

一応内容は無関係だが、これはスネークが見た悪夢という設定になっている。モノクロになっているのは恐らく生々しい事とCERO規定に合わせる為と思われる。

本作に日本で発明されたばかりの設定である「即席ラーメン」が登場しているが、当初は時代設定上日清食品の「チキンラーメン」が発売された時期であり、本作にも登場する予定だったらしい。最終的にボツになって架空のインスタントラーメンになっている(実際にコラボがされるのはリアルタイムで20年近くも待たないといけない)。なお、作中に即席ラーメンを「宇宙食」等と言われているシーンがあるが、制作当時日清が「スペースヌードル」と呼ばれる宇宙食用のラーメンを開発の研究されていた為、その名残と思われる。

ちなみに何故「即席ラーメン」があるのかというと、開発スタッフ達がMGS3を開発するにあたって実際にサバイバル体験をやった時に、インスタントラーメンを隠し持ってきた者がいた事でありがたみがわかったからだとか。

ちなみにカロリーメイトも登場しているが、あちらは1983年4月発売の為に時代設定上はまだ存在していない。

???「タイムパラドックスだ!」

また、サルゲッチュとのコラボ番外編「猿蛇合戦」はHD・3Dでは収録されておらず、特にHDではコラボ迷彩「バナナ」は削除されている・・・のだが、何故か3Dでは残っている。これに関しては公式からも言及されていないが、おそらく任天堂の名物猿にかけているのではないかとの説がある。

また、ケロタンと差し替えられたヨッシーについても無線で差し替えられているが、何故かネイキッド・スネークは「既視感を感じる」「ヨッシーと戦った事がある気がする」と述べており、これは大乱闘スマッシュブラザーズXのネタなのだが実際に戦ったのは息子の方である。

ちなみに冒頭の無線で言及される「サムやゲイブ」とはスプリンターセルシリーズのサム・フィッシャーと、サイフォンフィルターのガブリエル・ローガン(愛称ゲイブ)を指す

どちらもメタルギアの後に続いて登場したステルスアクションであり、サムは後のゴーストリコンとのコラボにおいて「相変わらず単独潜入？」と言われ「ああ、他に誰もやらないからな…いや、もう一人いたな、単独潜入好きが…バンダナを巻いている…」と語り始めそれを受け相手が「引退したらしいわ（言語では「やっと引退できたみたい」）」と言及するなどメタルギアの影響が色濃い作品である。

実際この直後「大体コレは潜入任務（タクティカルエスピオナージアクション、メタルギアのジャンル）というよりサルつかまえアクション（サルゲッチュのジャンル）なんじゃないのか？」「そういうな、私と君で切り開いたジャンルだろう」という会話がある

大乱闘スマッシュブラザーズSPECIALにおいてMGS3の主題歌「Snake Eater」のスマブラアレンジが追加される事となった。インストゥルメンタルバージョンはスマブラXで既に収録されていたが、新規アレンジとして登場となる。