概要
コブラ部隊はザ・ボスが1942年、第二次世界大戦の最中に設立した特殊部隊である。
あたらしい戦争のあり方として重要な標的を精密に潰す戦術と技術を検証する為、近代の軍隊の設立において取りこぼした伝統的な戦争技術が集められた。
その設立には賢者達が絡んでいる。
メンバーは
「無上の歓喜」ザ・ジョイことザ・ボス
「至高の痛み」ザ・ペイン
「至純の恐怖」ザ・フィアー
「真実の終焉」ジ・エンド
「無限の憤怒」ザ・フューリー
「深淵なる悲哀」ザ・ソロー
の六名からなる隊員を持つ。
他にも隊員は居たが、解散後に大半が戦死するか現役を引退している。
第二次大戦後の1947年に解散し、隊員は故国へ帰るも、ザ・ボスの亡命を機に再び結集する。
いずれも特殊な力を持つ人物であり、その力を遺憾なく用いスネークに立ちふさがる。
本来公に出来ない任務を行なう関係で全員が自決用の小型爆弾を持ち、捕虜にされたり死体を残すことはない。
一方でシギントは敵地では無い場所でもスネークに敗北した後に自爆する事を疑問に思っていたが、スネークは「彼等にはもう戻る部隊も国も無い」と言う覚悟の表明では無いかと推測している。
ザ・ボスの召集に賛同したものたちはいずれもそれぞれが抱いた特別な感情のコードネームを持っている。
余談
隊員達が敗北すると自爆するのは、仮面ライダーシリーズやスーパー戦隊シリーズ等で敵の怪人が倒された後に爆発する演出へのオマージュとのこと。
現実にもEKOコブラという特殊部隊がオーストリアに実在している。
MGS3のサブタイトル「SNAKE EATER」とはコブラ部隊の事も指しており、コブラは他の蛇を喰らう事もある為。