概要
『マリオ&ルイージRPGシリーズ』の2作目。
今作はマリオとルイージに加え、ベビィマリオとベビィルイージ（赤ちゃん時代のマリオとルイージ）も操作できるようになった。
ゲーム中の音楽は『スーパーマリオRPG』、『マリオ&ルイージRPG』に引き続いて下村陽子が担当している。
プロローグ
ある日、キノコ王国で、
天才発明家オヤ・マー博士が、
タイムマシンを発明しました。その原動力は『コバルトスター』!!
よろこんだピーチ姫は、早速過去のキノコ王国へと旅立ち、
それを見たキノじいは心配のあまり倒れこんでしまいました。
そこへ現れたのが、ボロボロになったタイムマシンとナゾの宇宙人。
しかもピーチ姫の姿はどこにもありません。
博士によると、姫はまだ過去の世界にいるようです。
城の中には、過去へつながっているというタイムホールも発見されました。
そこで、マリオとルイージの出番です!
タイムホールへ飛び込んで、新たな冒険の始まり始まり!!
過去の世界で出会う子どもの頃の自分たち―――――
べビィマリオやベビィルイージと共に力を合わせて、さぁ、ピーチ姫を救い出しましょう!
（マリオ&ルイージRPG2取扱説明書より）
ちなみに
パッケージのタイトルロゴには『マリオ&ルイージRPG2×2』と記されているが、これはデザイン上のものであり、正式なタイトルは『マリオ&ルイージRPG2』である。
登場キャラクター
ご存知マリオブラザーズで、本作の主人公。
過去の時代からやって来た赤ちゃん時代のマリオブラザーズで、マリオとルイージに次いで本作の主人公でもある。
おなじみシリーズのヒロイン。
本作ではクッパのみならずゲドンコ星人からも狙われる事に。
ベビィマリオ達と同じく過去の時代からやって来た赤ちゃん時代のピーチ姫。
ベビィマリオ達よりも歳下なのか、普段は過去のキノじいに抱かれているかベビーカーに乗っている。たびたび泣き出すためあやすのがとても大変。
前作から引き続き登場したオバケ研究家。
様々な発明でマリオ達の冒険をサポートする。
若いキノじい
キノコ王国の大臣でピーチ姫の執事。
若いキノじいは序盤ではタイムスリップの事情を掴めず城の中を逃げ回っていたが、事の重大さをを理解してからはマリオ達に協力する。
本作においてブラザーアクションを教えてくれる存在。
おなじみマリオの宿敵。
今回は登場がストーリー中盤な上に目立った活躍はないが……？
過去の時代のクッパで、クッパJr.に酷似した容姿をしている。
部下から甘やかされて育てられているようで、ワガママで傍若無人な性格はこの頃から形成されていた模様。
ストーリー後半にて偶然現代のクッパと鉢合わせになり、意気投合する。
現代クッパの事は「大きいの」と呼ぶ。
新たな住処を求めてキノコ王国に襲来した宇宙人。本作における敵対組織。
ゲドンコ語を話しているので、プレイヤーからは何を言っているのかは分からない。
ゲドンコ星人を束ねるゲドンコ星の姫。通常のゲドンコ星人と同じく終始ゲドンコ語を話しているので何を言っているのかは分からないが、時折翻訳される。
実はピーチ姫だけが彼女の秘密を知っているようで……？
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次回作→マリオ&ルイージRPG3!!!
