バトルでは、最初はUFOに乗りバリアを張っていてダメージを与えられないが一定回数以上攻撃を加えるとバリアが解除されてUFOを降りる(ターン経過でまたUFOに乗ってバリアを張る)。バリア解除前はUFOの機能を利用して攻撃するがバリアが解除された後はエネルギー弾で攻撃してくる。また、体力が少なくなると1ターンで複数回攻撃を行うようになる(UFOに乗っている時も同様)。

撃退すると「(アートハ……マーカーセーター……オ…オネーーサーーン!!)」と言い残し爆散する。

ゲドンコ姫(姉)

「オロカモノタチヨ!ワタシガフッカツスルトモシラズニコバルトスターヲアツメオッテ!」

ゲームの終盤で登場。今作のラスボス。妹とは違い、大柄で筋肉質な体型をしている。

片言ながらマリオ(及びプレイヤー)達にも理解できる言語を話せるが、興奮するとゲドンコ語になる。

過去にやってきたピーチ姫によってコバルトスターに封印されており、その存在が明言されるのはなんとゲドンコ姫(妹)の撃破後(一応存在自体は終盤のスターの神殿のキノックルのラクガキにて示唆されている。)。

彼女の登場以前にも作中ではコバルトスターのカケラ絡みで数々の伏線が張られている。例を挙げると、現代のキノコ城にてカプセル詰めにされたゲドンコモンスターGがカケラに反応する事、ヨースター島にてまるで意思があるかのようにベビィクッパをぶっとばした事、ザラザラ砂漠の地下にてノコディを欠片越しに睨みつけた事、スターの丘にてスターの精に成りすました事(ベビィルイージが突然泣き出したのも彼女の存在を感づいた為と思われる)などが挙げられる。

姉妹としての仲は良好だったようで 「カワイイ　イモウトノ　カタキヲ　トッテヤルー!!!!」 と妹の仇を討つためにマリオ一行に襲いかかる。

バトルでは、上空の4体から6体まであるUFOを呼び出して、多彩な攻撃をしてくる。

妹と同様にエネルギー弾を使って攻撃する技もあるが、巨体を生かしたパワフルな攻撃が多い。カウンターとしても使うプリンセスタックルはその代表例である。

数ターンに一度背景にいるピーチ姫から援護のスターを貰うことができ、そのスターでゲドンコUFOを撃ち落とすこともできる。

一定のダメージを与えると変身し、元々大きな身体がさらに巨大化する。

巨大化後

ゲドンコ姫(姉)の真の姿とも言うべき巨大形態。腕と足が触手のようになってしまうまさに宇宙人らしい姿である。この形態に変身する際に流れ出した霧でピーチ姫は気を失ってしまう。

前作のラスボス同様複数のパーツに分かれており、本体の頭、王冠、腕代わりの触手4本、足で構成される。王冠が光っている(生きている)間、本体へのダメージは触手のお手玉攻撃のカウンターを除いて全て1になる。また、手足が生きている間は王冠が高すぎて攻撃が届かない。そのため、手足を破壊→王冠を破壊→本体を攻撃→復活した足を破壊→…の繰り返しでダメージを与えていく。

触手によるつかみ攻撃や足を伸ばしてのなぎ払いなど、回避困難な攻撃が多い上、本体の体力が少なくなると激化する。それらを連続で仕掛けてくるが、攻撃はパーツ毎に分担されているため、パーツを破壊すれば攻撃は緩む。

ミックスフラワーやスーパージャンプ台などの全体攻撃技を使えば割と楽に倒すこともできる。

ちなみにUFOを召喚して特攻させる攻撃は炎上したのはマリオを、感電したのはルイージを狙うが、これは前作のハンドパワーが元ネタだろう。

また、そのUFOには部下が乗っており躊躇なくそれを撃ち落とすあたり、ゲドンコ星人の性格がよく出ている。

この形態も倒しきることでゲドンコ姫はキノコの姿になってしまい無力化されるが…………。

ゲドクッパ

真のラスボス。

マリオたちによって倒され、キノコになったゲドンコ姫(姉)が現代にやって来て、それをクッパが食べた(と言うよりもクッパの体内に自ら入り込んだ)事によりクッパの体にとり憑いた姿。

前作のゲラクッパとは違い、クッパ本人の意識はしっかり残っているため、クッパ自身は半ば操られている状態だとは知らずに謎のパワーアップを遂げたと思い込んでいる。

この時はマリオ達による攻撃のチャンスは一切無く、ただひたすら相手の攻撃を避け、跳ね返さないといけない。跳ね返すことで憑依しているゲドンコ姫(姉)にダメージを与えることができ、ゲージを全て減らすことで今度こそ完全に消滅させることができる。イベントバトルのため時間はかからないが、倒れると直前のセーブからやり直しになるため注意。

『スーパーマリオくん』での設定

ゲドンコ語で喋っていたゲームとは違い、終始姉妹共々人語で喋るようになっている。

妹

ゲームと同じく表向きの黒幕として登場。ゲドンコ城(過去のキノコ城)の城門を閉ざし、マリオたちに向けて「コバルトスターを集めれば開く」と告げ、コバルトスターを集めさせていた。しかしそこまで期待していたわけではないようで、各地でマリオたちに刺客を差し向けている。また自尊心が強く、自分以外の「姫」の存在は許さないと言い、ベビィピーチを暗殺しようとしたり、ピーチ姫を過去のキノコ城に幽閉していた(未来から来たというピーチ姫の主張を聞いても信用しなかった)。

同作の悪役の例に漏れず大ボケで、部下の話を全く聞かなかったり、ベビィの策でUFOから引きずり下ろされたりと中々コメディチックとなっている。

それでもエネルギー弾などでマリオ達を圧倒するが、ピーチ姫がベビィ時代に飼っていたワンワンに噛み付かれ敗北する。

その後は、悪あがきで姉を復活させるも協力して戦うなどはあまりせず、ほとんど応援や解説役に徹している。しかし、最終的に姉妹でマリオたちに敗れキノコに戻ってしまい無力化してしまう。

ゲームとは違い、生存している。

姉

ゲームと同じく真のラスボスとして登場。マリオ達を圧倒的な力で痛めつけ、マリオ達だけでなくピーチ姫の命も奪おうとした。また、原作と異なり狂暴なギャンギャンではなく可愛らしいキャンキャンというペットを飼っており、妹を倒したワンワンの事も骨抜きにする。

通常形態はピーチ姫の鶴の一声で息を合わせたマリオ達4人の合体アタックで倒されてしまうが、続く巨大化形態は4人の合体攻撃どころか、どのブラザーアタックでも全くダメージを与えられない程強くなっている。

ベビィの涙で弱体化するという最大の弱点を持ってこそいたものの、涙で弱体化してもなおマリオ達のブラザーアタックは通用しなかったが、オヤ・マー博士が送り込んだ無敵コウラによって姉妹共々倒されキノコの姿になってしまう。

後日談の番外編でもしぶとく生き残っており、ゲームとは異なり現代に行けなかったためベビィクッパに取り付いて、ベビィマリオとベビィルイージを一方的に攻撃するが、紙面の都合上数ページしか行動出来なかったため最後は排泄物として排出されゲドウンコ姫になるというなんとも自業自得な末路を迎えた(本人曰く「せめてキノコの姿に戻して～～!!」)。