概要
クッパJr.RPGとは『マリオ&ルイージRPG3!!!』のリメイク作品である
『マリオ&ルイージRPG3DX』のサイドストーリー。
基本的なシステムは前作とほぼ同じだが、サブリーダーやサブリーダーコマンドが追加されるなどの他に、同じ複数のキャラクターで技を決めたり、キャラクターの配置を決められるようになった。
登場人物
クッパJr.
本作の主役。メタコロ病にかかったクリボーたちをもとに戻し、父のクッパに褒めてもらうため、ガリナールZというサプリの材料を集めに冒険に出る。
とつげきタイプ・ひこうタイプ・えんきょりタイプに変更することができるようになる。
クッパ七人衆
主にスーパーマリオシリーズでお馴染みのロイ、モートン、イギー、レミー、ラリー、ルドウィッグ、ウェンディの七人。
全員サブリーダーにすることができるが、クッパJr.のわがままに悩まされており城の留守を任されたレミー以外の6人はクッパJr.のわがままが原因で次々といなくなってしまい……(ただ一人モートンはクッパJr.のわがままを気にする事なく彼に付いて来ていたが……？)
カメック
こちらも毎度お馴染みのカメック。
3本編の序盤でクッパに吸い込まれそうになるも、なんとかしのぎクッパJr.と会う。
中盤辺りからサブリーダーにすることができる。
SSカンパニー
スーリム、ムチオ、キュットからなる、スーパーサプリカンパニーを名乗る謎の三人組。
しかし、SSカンパニーとは仮初の名前である。
その正体はスーパーサプリカンパニーなどではなく、瞬殺カンパニーであった。
ストーリー
わがままなクッパJr.が大活躍！？絆と成長の物語がいま、幕を開ける！
（『マリオ&ルイージRPG3DX』任天堂公式サイト/パッケージ裏より）
メタコロ病の危機に陥るキノコ王国。
その頃クッパ城でも、メタコロ病にかかったクリボーがコロコロと転がっていた。
そんな最中、クッパJr.たちの前に突如現れたのは、SSカンパニー……スーパーサプリカンパニーを名乗る三人組。
SSカンパニーがダイエット効果があるというガリナールZを使い、見事にメタコロ病のクリボーを元の姿に戻すのを見たロイが「買おう」と言うが、今回は先程の一つしかなかったため、買うことはできなかった。その代わり、クッパJr.たちはガリナールZの材料を教えてもらい、それを集める冒険に出る。
ネタバレその1
ここから先は、クッパJr.RPGのネタバレを含みます。
モートンがドンドクドンダZで正気を失い暴走した事でクッパ7人衆が全員いなくなってしまい、海を眺めながら泣いていたクッパJr.。
そこに来たカメックは、ちゃんと仲間を大切にしてきたかどうかを聞く。
ようやく仲間の優しさに気づいた彼は、ここから少しずつ変わっていき、最終的に何と言ったのかは後述する（ネタバレその2）。
そして……
クッパ城（半壊）まで戻ってきたクッパJr.。
だが、SSカンパニーが待ち構えており、タルの中に閉じ込められたウェンディは、スーリムに「我々を攻撃すればこのタルを溶岩へ投げる」と人質にされてしまい、クッパJr.は返り討ちにされてしまう。そんな絶望的な状況の中やって来たのは……
隙を見てタルを奪い、ウェンディを解放したのはなんと、テレサ隊長とノコノコ隊長であった。
また、ノコノコ隊長のサムい駄洒落で、SSカンパニーが寒がっていた（本作序盤では、今はナゾカケがマイブームだと言っていたが、前作と同じくダジャレ好きに戻った）。
クリボー隊長とヘイホー隊長もきて、四人揃ったところでクリボー隊長があの台詞を言う。
「一度決めたらまっしぐら！
クッパ様のため命を燃やし！
咲かせてみよう 勝利の二文字！！
我ら……クッパ様筆頭 隊長カルテット！」
そしてバトルがスタートする。
ここで流れる曲は、クッパ軍団RPGの『これがボコスカバトル！』であり、隊長カルテットと協力して戦うことになる。
そして、決戦のとき。
スーリム「今思えば……」
「ここが私たちの出会いの場でもあったな」
クッパJr.「もう覚えてなんかいない」
スーリム「クッパの息子よ、一つだけ聞こう」
「クッパ軍団は、悪か？」
クッパJr.「………悪？」
スーリム「ピーチ姫を奪い、マリオを倒す」
「キノコ王国が善であればオマエたちは悪だろう」
クッパJr.「なあ、クッパ軍団って悪なのか！？」
「オマエもボクも悪なのか！？」
スーリム「どうだ？クッパの息子よ」
「クッパ軍団は悪か？」
クッパ軍団は……………………
クッパ軍団だ！！！
「ボクはクッパJr.！クッパ軍団は……」
「ボクとお父さんの軍団だ！！！」
スーリム「そうか……」
「意味のない質問だったな……」
クッパJr.「今はオマエたちをぶっ倒す！」
「ボクとお父さんの軍団を取り戻すぞ！」
ピーチ城でクッパとダーククッパ(とクッパの体内のマリオブラザーズVSダークスターコアと化したゲラコビッツ)の決戦が始まると同時に、クッパ城でも最終決戦が幕を開けた。
バトルが始まり、一戦目で負けたSSカンパニー。
スーリムはついに、キュットとムチオにドンドクドンダZを飲ませ、驚いたキュットに対し「安心しろ。私も…飲む」と言って自らドンドクドンダZを飲んだ。
それでも追い込まれた三人は……
ネタバレその2
ここから先は、完全なネタバレを含みます
スーリム「まだ……だ…」
「我らの『とっておき』を今こそ…」
ルドウィッグ「しまった！ワタシとしたことが…」
「ヤツらの『とっておき』を忘れていた！」
SSカンパニー「SSカンパニー…究極…合体…！」
KGS3C
正式名称『究極合体スーパーSSカンパニー』。とつげきタイプ。
英名は『Best Fitness Friends』。
追い詰められたSSカンパニーの「とっておき」であり、三人が究極合体した姿。
スーリムの黄色のネクタイ、キュットの青色のリボン、ムチオの赤色の帯とを合体させたものを身に付けている。
また、ドンドクドンダZを服用しているため、うちけしが効かない。
K...究極 G...合体 S3...スーパーSS C...カンパニー
リーダーコマンド
・きあい
・コマンドバキューム
・タイフーンブレス
・ドンドクチャージ
・ドキドキボックス
技
・ぶちぬき
ルドウィッグ「なんて邪悪な姿だ……これがヤツらの『とっておき』……」
クッパJr「とっておきなら、こっちにもあるぞ」
ウェンディ「え？ぼっちゃん……それって一体...」
クッパJr「ボクらのとっておき。それは……」
「クッパ軍団魂だ！！オマエら、魂燃やせ！！！」
「行っくぞおぉ！！！！」
KGS3C「キサマラヲ倒シ……新タナ軍団……」
「我々ノ……悪ノ軍団ノ時代ガ始マルノダ……」
その次の台詞は、サブリーダーによって異なる。
クッパJr.「相手が誰だろうと関係ない！」
「ボクがクッパ軍団を……みんなを守る！！」
ここで流れる『とつげき！げきとつ！』は、知名度こそ低いものの、イン・ザ・ファイナルと肩を並べるほどの神曲だと評価されることがある。
クッパとダーククッパの決戦の舞台裏であるため、実質裏イン・ザ・ファイナルと言っても過言ではないだろう。
倒すと星を散らしながら消滅し、クッパ城の外からピーチ城上空を見ると、クッパJr.は、クッパとほぼ同時に決着をつけたことがわかる。
