概要
本作は『マリオ&ルイージRPG3!!!』のリメイク作品である『マリオ&ルイージRPG3DX』のサイドストーリー。3の本編とはほぼ同じタイミングで物語が始まる。
基本的なシステムは前作とほぼ同じだが、サブリーダーやサブリーダーコマンドが追加されるなどの他に、同じ複数のキャラクターで技を決めるグループアタックや、キャラクターの配置を決められるようになった。
登場キャラクター
クッパJr.
本作の主役。メタコロ病にかかったクリボーたちをもとに戻し、父のクッパに褒めてもらうため、ガリナールZというサプリの材料を集めに冒険に出る。とつげきタイプ・ひこうタイプ・えんきょりタイプに変更することができるようになる。
クッパ七人衆
主にスーパーマリオシリーズでお馴染みのロイ、モートン、イギー、レミー、ラリー、ルドウィッグ、ウェンディの七人。
全員サブリーダーにすることができるが、クッパJr.のわがままに悩まされており城の留守を任されたレミー以外の6人はクッパJr.のわがままなどが原因で次々といなくなってしまい……(ただ、モートンとイギーはクッパJr.のわがままを気にする事なく彼に付いて来ていたが……？)
カメック
こちらも毎度お馴染みのカメック。
3本編の序盤でクッパに吸い込まれそうになるも、なんとかしのぎクッパJr.と会う。中盤からサブリーダーにすることができる。
SSカンパニー
スーリム、ムチオ、キュットからなる、スーパーサプリカンパニーを名乗る謎の三人組。
その正体は、コインさえ受け取ればどんな仕事でも迅速かつ確実にこなす瞬殺カンパニーであった。
ストーリー
わがままなクッパJr.が大活躍！？絆と成長の物語がいま、幕を開ける！
（『マリオ&ルイージRPG3DX』任天堂公式サイト/パッケージ裏より）
メタコロ病の危機に陥ったキノコ王国。クッパ城でも多くのクリボーがメタコロ病に感染していることが確認され、城の至る場所でトラブルが勃発していた。そんなクッパ城を外から眺めていたのが、黒幕であるゲラコビッツと彼の新たな部下のメタボス。そして、本作の敵・SSカンパニーであった。
SSカンパニーの三人組は自らを“スーパーサプリカンパニー”と名乗り、メタコロ病を治すサプリメントのガリナールZを販売するためクッパ城へと入る。しかし、三人は入手が困難だったガリナールZを一錠しか持ち合わせていなかったため、クッパ軍団に材料と作り方を教えて立ち去った。クッパに褒められたいクッパJr.は、クッパ七人衆たちに守られながら共に旅立ったが…？
テーマ曲
| 通常戦 | ザ・ボコスカバトル! |
| 中ボス戦 | Go Forward! |
| ラスボス戦 | とつげき!げきとつ! |
また、終盤で前作の四人組に助けられた際に、登場場面とそのバトルに限り、『これがボコスカバトル!』が流れる。
