概要
1998年に公開されたハリウッド版ゴジラは収入的には成功だったが、あくまでも「マグロ食ってるヤツ」としてオリジナルから大きくかけ離れたイメージになった。そこで東宝はタイトルを珍獣マグロに変更し、ギャグ等やナレーター等を追加し日本で公開した。
そして挙がってきた声が「キングコングの復活」であり、東宝プロデューサーの富山省吾がその声を受けて27年ぶりに新作となる本作の企画を打ち立てた。敵怪獣であるオルガのコンセプトの一つも、「珍獣マグロをキングコングが倒す」というものだった（キングコングのデザインにはハリウッド版を大きく意識したものもあったのだが、アメリカとの権利問題でキングコングを使用できず、キングコングをゴジラに差し替え、取り直しとなった。）。
シリーズでおなじみの特徴として、実写にこだわったシーンも多いが、本作からは、CGを使用したシーンも存在する。（この新世紀シリーズで、ゴジラが放射火炎を口から発射するシーンがその1例である。）
また、アスペクト比画面サイズは、ゴジラやvsシリーズではビスタサイズだったが、本作からはスーパー35をフルフレーム使用しているため、元のシネマスコープサイズに戻されている。
本作のゴジラはvsシリーズと平成三部作との繋がりを消し、ゴジラの造形、設定も改められ、自然災害のような存在として描かれている。
あらすじ
ゴジラの侵攻を未然に予知する事を目的としたゴジラ予知ネットワーク（GPN）の主催者で元大学教授の篠田雄二は北海道根室市へ出現したゴジラの調査へ娘のイオとゴジラの取材に来た雑誌記者の一ノ瀬由紀と共に向かう。ゴジラの目の前に出てしまったことで一時は危険な目にあったものの生還し篠田はゴジラが人間の生み出すエネルギーを憎んでいるのではないかという感想を抱く。
一方で日本海溝では政府の危機管理情報局（CCI）によって強い磁力を帯びた謎の岩塊が発見され、新エネルギー資源として引き上げが行われたが、岩塊が勝手に浮上するどころか動き出したのを確認し、CCIはこの岩塊は地球外生命体に関連したものだと推察する。
その後、東海村の原発を襲撃しようとするゴジラに対しCCIと自衛隊が攻防を繰り広げるが、突如岩塊が飛来し、ゴジラに襲い掛かる。岩塊とゴジラは相打ちになりゴジラは海へ撤退、岩塊は動きを止めたが、内部からは謎の金属が露出していた。そして翌朝、太陽光をエネルギーとして再び活動を始めた岩塊はUFOの正体を現し、スーパーコンピュータを備えたシティタワーを占拠。人類側の情報を探るとともにゴジラの情報を探り始める。しかし、篠田達もUFOの狙いを探り出し、答えを見つけ出す。それは千年王国（ミレニアム）の建設とゴジラの脅威の生命力を司る「オルガナイザーG1」だった。
そして再びUFOの前に再びゴジラが姿を現す。しかし、今度のゴジラの目的はエネルギーでも人類でもなく、唯一つ、UFOへのリベンジであった。
