本作では量子跳躍レイゼルバーが参戦している。
販売元変更などによるファンの噂
本作は当初コナミからの発売が予定されていたがアトラスからの販売になっている
これには『某媒体によって開発状況がリークされてしまい、本来なら社外秘の製作途中のゲーム画面が流出する事件が発生、本作はその責任を取る形でタカラのゲーム部門はアトラスへ移管、発売元が変更となりコナミ自体は本作の発売から撤退する結果となった』とファンの間ではまことしやかに言われてはいるが真相は公表されていないので不明である
また、これと同じく『BRAVE SAGA』シリーズの最新作、『BRAVE SAGA 3(仮)』としての発売が予定されていた。という噂もあるがそんな事実はない。
根拠として「当時の各種ゲーム雑誌で開発予定表にこの題名が散見されていた」という話もあるが本作は最初から「新世紀勇者大戦」として発表されており、『BRAVE SAGA 3(仮)』として発表された事実は存在しない。（仮にあったとしてもそれは勇者シリーズとは関係のない別作品である）
『BRAVE SAGA』シリーズとの非関連性
『BRAVE SAGA』では全勇者が同一世界、あるいは異次元勇者であっても何らかの繋がりがあるという内様である。
これは世界観の軸である『勇者聖戦バーンガーン』が仮面ライダーディケイドや海賊戦隊ゴーカイジャーのように、シリーズ多作品の物語を内包している為。
しかし『新世紀勇者大戦』では全ての勇者がまったく異なる別次元の存在（パラレルワールド）であるというスタンスの為、『BRAVE SAGA』の世界設定とは根底から異なる。
結果、公式で同一世界である事が明言されている初代～三代目と、詳細は不明ながら六代目、『BRAVE SAGA』の九代目組、あわせて六勇者が登場していない。
『BRAVE SAGA』シリーズとの関連性
以上の経緯によりストーリー・世界設定共に『BRAVE SAGA』シリーズと隔離される『新世紀勇者大戦』だが、『BRAVE SAGA』とリンクする部分が一つだけある。
それは五代目『勇者警察ジェイデッカー』世界で、本編では如何なる媒体でも存在しない『C-Na』という存在に関する発言がされている。台詞からかなりの公的組織力を持つロボット産業である事が示唆されている。
全勇者シリーズにおいて『C-Na』という単語に該当するのが、九代目『勇者聖戦バーンガーン』に登場するロボット開発企業『C-Naゼネラルカンパニー』である。
次回作への布石
『BRAVE SAGA』の世界観は、各勇者の年代（解る限り、1993年～2005年）を同一年とした事で発生する技術誤差（ポケベル・携帯・３Ｄなどの有無）を無理矢理な解釈で纏めたりなど、強引な説明が多かった。
対して『新世紀勇者大戦』は各世界を個別化した事で、それぞれの世界の技術進歩や『勇者』と呼ばれる物の存在定義などを独立する事でストーリー性の破綻などが回避され、無理なく勇者シリーズ以外の作品とのコラボレーションを可能とした。
結果、『新世紀勇者大戦』の敵組織と固有勇者との間のドラマ性を高める要素となったのだが、この敵組織の目的や正式名称が一切不明、なおかつ敵集団『バリオース6騎士』のリーダーがある人物と深くリンクするが、その実態について一切明かされないままエンディングを迎えてしまっている。
この『ある人物』との関連が次回作への布石となると思われるが、2015年時点での詳細は一切存在しない。
参戦作品
量子跳躍レイゼルバー（本作オリジナル）
