概要
国籍・ジャンルを問わず魔術師たちによって作られた自衛・管理団体。魔術を管理し、隠匿し、その発展を使命とする。
外敵に対抗するための武力と、魔術の更なる発展（衰退ともいう）のための研究機関を持ち、魔術犯罪の防止法律を敷く。
魔術師は己の研究を公表することはなく、魔術師同士の研究の交流などというものはない（交流などというものがあるとすれば、それは世俗的な権力闘争くらいである）。
魔術を学ぶには最高の環境であり、自分の研究こそが最優先の魔術師にとって、それらの魅力は何物にも代え難い。名目上、支配者ではないことを標榜する協会は辞めることは自由だが、そんなことを考える魔術師はそうそういない（封印指定でも受ければ仕方ないが）。
聖堂教会とは表向きは不可侵であるが、裏では記録に残さないことを条件に現在も殺し合いが続いている。
また、中東圏の魔術基盤、及び大陸（中国）の思想魔術とは互いに相容れず、やはり不可侵を装っている。加え、西洋魔術を扱う魔術協会では呪術は学問ではないとされて蔑視されており、中東圏に大きく遅れをとっている。
三大部門
時計塔
三大部門の一角。"現在"を見ている組織。
三大部門の中では最も新しく、設立は西暦元年。現在は魔術協会総本部とされ協会といえばここを指すようになっている。しかし、時計塔が本部となって以後、他の二つとの交流は途絶えているらしい。
アトラス院
三大部門の一角。"未来"を見ている組織。
別名「巨人の穴倉」。西暦以前から存在する、エジプトを根拠とする錬金術師の集団。時計塔に所属しているような、中世を発祥とする西洋魔術に傾倒した現代錬金術とは別物で、魔術の祖と言われる錬金術師の集まり。
彷徨海
三大部門の一角。"過去"を見ている組織。
北欧を根城とする原協会で、その名の通り海上を彷徨い移動する山脈の形をしているという。
魔術協会以外の魔術組織
思想魔術を扱う魔術組織。支部の館には螺旋の構造を取り入れている。規模こそ時計塔には劣るが構成員の数は上回るかもしれないとされる。
魔術協会とは異なる組織だが協定を結んでおり、劇中ではロード・エルメロイⅡ世が設備を使用した。
思想魔術を扱う魔術組織…といっても規模は螺旋館より遥かに小さい。組織を運営する十官と呼ばれる幹部達は正真正銘の仙人であり、その身はおろか、こぼれた吐息ひとつ、涙の一粒まで例外なく強大な神秘を纏う。
時計塔傘下の魔術組織。ユグドミレニア家を盟主とした政治的、あるいは家柄から没落した&相手にされない一族を集めて作られた組織。
時計塔からは落伍者の集団と見なされ相手にされていなかったが、聖杯大戦を引き起こし魔術協会からの独立を宣言する。
日本の魔術組織。両儀家とも遠縁の関係。
日本においてはそれなりに知名度が高い模様だが、夜劫を含む実戦派の法術師は冬木市近辺にはいなかったらしく、冬木の管理者(セカンドオーナー)である遠坂家とも没交渉気味。その名を聞いた遠坂凛も「まだ本当にいたのね」と評した。
- パララララ機関
神の教えと魔術、という相反する二つの融合を目指した者たちが身を寄せ合い、小規模ながらも研究機関の体を取った組織。彼らを危険視した聖堂教会によって一度は壊滅したものの、一部の研究者がその手を逃れ、地下に潜伏したと言われている。
