概要
メタルスラッグ5に登場する敵軍で今までのシリーズの敵であるモーデン軍と同じポジションである。兵器も大体モーデン軍のと同じだが一部グラフィックや攻撃方法が違うのもある。
兵士
モーデン軍と同様、さまざまな種類の兵士が登場する。ちなみにパラシュートやロープを使っての降下を一切せずに登場する。
ゲリラ兵
プトレマイック・アーミーの一般兵で、雑用から移籍の盗掘まで何でもこなしている。緑系の色の服の兵士。
声がモーデン兵と一緒で、攻撃方法も様々（主に手榴弾、バズーカ、ナイフ斬り付け、迫撃砲、、ハンドガン、マシンガン。）しかし、斬りモーションで、近接のモーションに入るのは遅いが、それから攻撃するまでが早い。
エリート兵
プトレマイック・アーミーの上級兵。
一般兵より高い装備品を支給されており、その姿はバイオハザードシリーズのハンクを彷彿とせれるガスマスクに黒の戦闘服(厳密に言うと黒っぽい紺色)である。ミッション2から登場でミッション3以降はこの敵兵がメインである。基本的にスカーフ＆ゴーグル兵と変わらないが、攻撃方法は主にナイフ攻撃と手榴弾攻撃である。強肩なため手榴弾の飛距離が格段と上がっている。また、モーデン兵のビースツ兵と同じ攻撃をしてくるのもいる。
水中でも登場し、その場合は銛を持っており、これを投げられると回避がかなり難しい。集団で登場するので、ゲリラ戦法はしてこない。
投げナイフをしてくるタイプに関しては、必ず集団で現われ、いきなりナイフを投げてくるので危険。中には画面外からも投げてくるのもいる。
ライフル兵
ミッション2のみ登場。匍匐状態でスナイパーライフル撃ってくるので、しゃがみ状態で攻撃しないといけない場合もある。屋外では、木や箱に隠れてる。
司令官
プトレマイック・アーミーの司令官で水色の服を着ている。普通に指図しているだけでしばらくすると驚いて逃げるだけのタイプと、無意味に跳び回った後、暫くするとノーモーションでハンドガンを撃ってくるタイプの2種類いる。ちなみに逃げる時に倒すことも可能。意外に耐久度が高い。
バイク兵
バイクに乗ったガスマスク兵。所詮モーデン軍のバイク兵と一緒だがサイドカーのバズーカ兵がロケットポッドになってるなど変更点が多い。
ホバーユニット
ミッション2とミッション5に登場。
AKIRAに登場したフライングプラットフォームっぽいものに乗り、ミサイル攻撃をしてくる。
覆面兵
仮面に白衣という宗教臭い格好で、浮遊弾を撃ってくる。浮遊弾はだんだん下がっていくという軌道。破壊可能。
耐久力２だが、ハンドガン等でダメージを与えると一度倒れ、無敵になり一定時間後に立ち上がりまた攻撃が効くようになるというよくわからない敵。
1面クリア後のデモとか見る限り、ジョジョの石仮面（かいつまんで言うと、この仮面をつけると不死の吸血鬼になれる）が元ネタ。
因みに倒れた後一度立ち上がる動作は6から登場するラルフに引き継がれる。
兵器
前述の通りモーデン軍のと同じ物(ちょいとグラフィックを書き足してる)を使用しているが、プトレマイック・アーミーが独自に開発した（盗んだデータをベースとした物もあるが)兵器もある。
ここでは独自に開発した兵器を紹介する。
亀メカ
ミッション2のみ（工場内のエレベーター）登場。壁に張り付いて素早く移動するだけのタイプと壁に張り付いて素早く移動しながらレーザーを撃ってくるタイプの2種類ある。
ガンナーユニット
プトレマイックアーミーがスラグガンナーとレベルアーマー（「3」に出てきたモーデン軍の兵器）を元に制作したと思われる２足歩行兵器で通称レベルアーマーもどきとも呼ばれる（他のロボ兵にも一緒）。
ミッション3から登場で青っぽい塗装をしている。アームからマシンガン2発、たまにロケット弾1発撃ってくる。近距離だとパンチを仕掛けてくる。また、トゲ付きの装甲をしているのもあり、その場合は通常のより防御力が少し高い。
ロボ兵（パンチャー）(仮)
ミッション3から登場でピンクっぽい塗装をしている。基本パンチ攻撃のみだがファイナルミッションでは登場するなり突進してくるのもいる。こちらとの距離が離れている場合は間合いを詰めてくる。
ロボ兵（ガンナー）(仮)
ミッション3とファイナルミッションに登場。アームがガトリングとなっており、弾を数発撃ってくる。
ホバリングマシン
ミッション2の前半のみ（屋外）登場。足場となるつり橋を、いきなりホバリング機銃（これで死ぬ事はない）で破壊してくる嫌な奴。この機体は攻撃できない。
ミニ・サブ 88
水中で登場。名前は3のモーデン軍の小型潜水艦と同じだが、あちらはロシアのデルタ級潜水艦がモデルに対しこちらは同じくロシアのタイフーン級原子力潜水艦)(映画「レッド・オクトーバーを追えに出てきた潜水艦)がモデル。
偽メタルスラッグ
ミッション2と4に登場するメタルスラッグにそっくりな戦車。バルカンを撃ってこない代わりに真上ジャンプして主砲を撃ってくるタイプと主砲を撃ってこない代わりにバルカン２発撃ってくるタイプの2種類ある。
ブラックハウンド
プトレマイック・アーミー製のメタルスラッグでミッション1の隠し中ボス。黒いボディに眼が描かれたメタルスラッグで、シルエットは普通のメタスラとあまり変わらないが、耐久力が高い。武装はキャノン、バルカン、榴弾、レーザーと豊富である。・・・・すごい戦車だ。
実はアドバンス版でも登場しているが、「5」と違って耐久性・運動性は普通のメタルスラッグと同じであり、レーザー砲とバルカン砲は外された代わりに後部榴弾砲には弾数無制限の漆黒の「エネミーチェイサー」を装備している為、広範囲の敵を攻撃する事が出来る。
象メカ
ファイナルミッションの中ボス。紫虫を大量に降らしてきて、その後ランダムに紫レーザーを一発撃ってくる。ある程度ダメージを与えると鼻を振り回すだけという攻撃方法になる。
METAL REAR
ミッション1のボス兵器でまんま巨大化したメタルスラッグ。
主砲から火炎弾発射（単発が基本。発狂時に４～５発）、バルカン攻撃（バルカン３発もしくは決まった角度でバルカン５発）、ウイリー突進からの押しつぶし攻撃、ジャンプしながら足元へバルカン攻撃、発狂モードでのウイリーしながら広範囲にバルカン攻撃→押しつぶし攻撃をしてくる。でかいわりに動きが器用で、しかもウィリー走行まで披露してくるやんちゃっぷりを見せてくるので、新アクションのスライディングを上手く活用するかがカギとなる（スライディングを使わなくても大丈夫だが)。
歴代のミッション1のボスの中では結構強い。
巨大爆撃機
ミッション2のボス兵器。機体が鳥山明の作品に出てきそうなデザインをしている。2門砲、プロペラ爆弾、タービンからの排気炎で攻撃してくる。部位破壊できないうえにボスの攻撃がえげつないため、運とテクニックが要求される。
ビル強襲用多却型兵器
ミッション３のボス兵器。４つの発射口から極太ミサイルを３発セットで真横に放ってくる、下の方のハッチから「2」と「X」のミッション１に登場したモスクミサイルを数発撃ってくる、同じく下のハッチから怪奇音波を出して、床を崩してくる（これによって死ぬことは無いので安心を）といった攻撃をしてくる。また、コックピットからコマンダーの合図で下のフロアから２人のバズーカ兵が登場する。
「5」のボスの中では案外楽に勝てる。
砂地対応型潜地艦
ミッション４のボス兵器。潜水艦と同じ船体でロケット連装発射機やキャタピラなどが取り付けられている潜地艦である。２種類のミサイル攻撃やプラズマ弾、垂直落下弾といった艦全体からの無差別掃射が強力で多くのプレイヤーを泣かせたが、自分にも攻撃がどう考えても当たっているという若干間抜けな艦でもある。
「3」のボスの1つであるソル・デ・ロカと同等、もしくはそれ以上となる猛者でもある。
目的
- メタルスラッグのデータの強奪
- 遺跡発掘
1に関しては機密データを使って、通常のメタルスラッグの開発・量産やブラックハウンド（ミッション1の隠し中ボス）、巨大メタルスラッグ（ミッション1のボス）の開発をしている。しかし、使用する兵器の大半はモーデン軍の兵器と同じである事からモーデン軍の兵器まで盗んだのではないだろうか？
2に関しては作中では明らかにされていなかった。
