惑星ゼーベスの中枢・ツーリアンにて、要塞を集中管理している機械生命体。
概要
本来は鳥人族がよりどころとする生体コンピューターであり、老衰した鳥人族が宇宙の繁栄を願って銀河連邦とのデータバンクを管理する目的で開発された。
サムス・アランにとっては鳥人族の長老オールドバードや側近グレイヴォイスと共に育ての親といえる存在であった。
しかし、あまりにも高性能であったため知能、特に人間的な感情が強くなり、自分ではなくサムスとメトロイドへ未来を託そうとする鳥人族への不満を募らせていき、サムスへは嫉妬心を抱いて確執が生じていく。
最終的にはスペースパイレーツにゼーベスが侵略された際に鳥人族を見捨て、宇宙海賊に協力することが銀河に真の繁栄を導くと判断し、宇宙海賊を統率するコンピューターと化してしまった。
本来の用途故に、極めて高度な演算能力や論理性・分析力を持ち、宇宙海賊への協力の際にはそれが遺憾なく発揮されて、銀河連邦を脅かす程の組織巨大化の要因となってしまった。
一度はサムスによって破壊された(第1作/「ゼロミッション」)が、ゼーベス再建の際に修復されて蘇り、再びサムスと対峙する(「スーパーメトロイド」)。
戦闘能力
本来は戦闘兵器でなく、自分からは動けず攻撃もあまりできないが、ミサイルでしか壊せないゼーベタイトを分子転送させたシールドで強固に守られており、周囲に設置されているビーム砲を操って侵入者を迎撃する。
「スーパーメトロイド」に登場するマザーブレインは、第一形態こそ前作と同じ戦法だが、第二形態は巨大な胴体と手足をつけて復活する。
さらにサムスの装備ですらダメージを与えられない程の防御力と、回避不可能かつ一気に数百ものエネルギーを削るハイパービームを放つなど、大幅に強化された能力でサムスを圧倒するが、ベビーメトロイドにエネルギーを吸い取られ、サムスを庇ったベビーメトロイドを殺害するも、ベビーメトロイドから最後の力を受け取ったサムスのハイパービームによって完全に破壊された。
余談
「Other M」ではマザーブレインを参考に開発されたMBが登場する。
「スマブラ3DS/WiiU」にてアシストフィギュアとして登場する予定。