データ
| 身長： | 40メートル～100メートル |
|---|---|
| 体重： | 1万5千トン～6万トン |
| 出身地： | バース島 |
バース島の天然ウランの核分裂による膨大な放射能によってリトルゴジラが成長した姿。
外見は殆どゴジラと同じ姿になっており（全体的に緑色、前傾姿勢、背びれが小さい等の差異はある）、威力はゴジラに劣るものの放射火炎も吐けるようになっている。
クジラを捕食した可能性が示唆されるなどリトルゴジラの時より凶暴化しているが、リトルの頃の記憶は残っているのか、自分から人間を襲ったり街を破壊したりはしていない（流石に巨体なので移動だけで町が被害をうけてはいるが）。ジュニアは東京の街を破壊するデストロイアと戦い、彼に襲われる三枝未希が乗ったヘリを助けた。
劇中の行動
バース島消滅後に行方不明になっていたが、日本近海にて生存が確認される。帰巣本能に従ってタマゴがあったアドノア島に向かっていたが、東京で暴れるデストロイアの元にバーニングゴジラを誘導するための囮として、三枝未希らのテレパシーで東京へ向かいデストロイアと戦うことになった。
初の実戦となったデストロイア(集合体)戦では、オキシジェンデストロイヤーレイに苦しめられ劣勢であったが奮戦し、飛翔体になって逃げようとしたデストロイアを放射火炎で叩き落として勝利する。
その後、羽田空港にて上陸してきたゴジラと再開を果たすも、ジュニアに復讐するべく完全体に成長を遂げたデストロイアが襲来。ジュニアは攫われてしまい高々度から落とされた挙句、オキシジェンデストロイヤーレイを浴びせられ致命傷を負う。
デストロイアを粉砕したバーニングゴジラが駆け付けエネルギーを与えるも、既に手遅れであり、そのまま絶命してしまう（直後、ゴジラが涙を流したと思われる描写がある）。
その後、ジュニアの死によって怒りを爆発させたバーニングゴジラはデストロイアとの最後の戦いに挑み、圧倒的な力でこれを撃破した。
デストロイアとの戦闘後、メルトダウンしたゴジラの出した膨大な放射能によって死の町と化していく東京であったが、突如ガイガーカウンターの放射線量が急激に下がっていく。
煙の奥にいたのは…。
物語はジュニアが新たなゴジラとなって復活した事を示唆するシーンで幕を閉じる。
ジュニアが人類の味方となったのか、それとも新たな脅威となったのかは誰にも分からない。
余談
- 検討稿(外部リンク)には94年公開に向けて作られていたヤン・デ・ボン版のGODZILLA(外部リンク)とよく似たものがあり、アメリカ版の監督交代に伴う製作遅延が無ければ日本のゴジラとエメリッヒ版ゴジラの橋渡しを意図していたのではないかという説がある。
- ゴジラジュニアの決定稿とエメゴジは、互いに良い意味で影響しあっていたらしく、ゴジラジュニアのデザイン段階ではデザインが交換されるなどあったらしい（『ゴジラVSデストロイア・パーフェクション』）。
