発行部数は85年3月号では35万部にまで落ち込んだものの、その後は上記のロッキーやハゲ丸、おぼっちゃまくんなどといった作品のヒットもあり少しずつ回復し、その後上記のビックリマンブームなどもあり、87年4月号にてコロコロ史上初の100万部を達成。なおこの号にて後にコロコロを長年にわたり支えていくこととなる樫本学ヴのデビュー作、刑事ボットBBがスタート。

90年代前半

わ〜お!ケンちゃん(90年〜)、おれは男だ!くにおくん(91年〜)、バーコードファイター(92年)、やったね！ラモズくん(93年〜)、星のカービィデデデでプププなものがたり、爆走兄弟レッツ&ゴー!!(94年〜)などがヒット。

90年に連載開始したスーパーマリオくんは現在も連載、コロコロ最長連載記録を更新中。

91〜93年の間は上記のドッジ弾平のアニメ化(91年)こそあったものの、その他に大きなヒットが生まれなかったことやミニ四駆1次ブームの終焉などもあり、ライバル誌であるボンボンに部数を抜かれてしまっていた。

93年のJリーグ開幕にあわせ、コロコロでもJリーグ記事や上記のラモズくん等のサッカー漫画の連載、Jリーグ関連の付録などを展開。

94年、創刊200号を記念し、のちの次世代WHFの前身となる「コロコロ200号記念フェスティバル」を開催。

90年代後半

学級王ヤマザキ、スーパービーダマン(95年〜)、グランダー武蔵(96年〜)、超速スピナー(97年〜)、うちゅう人田中太郎(98年〜)、デュエルマスターズ、機獣新世紀ZOIDS、サルゲッチュウキウキ大作戦!、爆転シュートベイブレード(99年〜)などがヒット。

95年、現在も行われている次世代ワールドホビーフェアが初開催。

96年9月23日、藤子・F・不二雄が永眠。コロコロで連載されていた大長編ドラえもんのび太のねじ巻き都市冒険記が遺作となる。同年11月号では追悼特集が組まれた。

また同年にはポケモン赤緑が発売。同年9月号より別冊で連載されていた穴久保版ポケモン(いわゆるギエピー)が月刊での連載に昇格。

ポケモン人気や上記のレッツ&ゴーによるミニ四駆の2次ブームもあり、97年9月号にて、コロコロ史上最高部数となる200万部を達成。

00年代前半

01年、ベイブレードのアニメがスタートしたのをきっかけに、ベイブレードの売り上げが上昇、どこにいっても手に入らないと言われるほどの品薄状態が半年以上続くなど社会現象となった。

その他のタイアップ作品では、ロックマンエグゼ(01年〜)、デュエルマスターズ(02年発売)、甲虫王者ムシキング(03年稼動開始)などがヒット。

一方オリジナル作品ではドラベース(00年〜)、コロッケ!、絶体絶命でんぢゃらすじーさん(01年〜)、ケシカスくん(04年〜)などといったのちに長期連載となる作品も多数うみだされている。

00年代後半

西遊記ヒーローGO空伝！、ペンギンの問題(06年〜)、怪盗ジョーカー(別冊から移籍)、イナズマイレブン、ド根性小学生ボン・ビー太、メタルファイトベイブレード(08年〜)などがヒット。

07年、創刊30周年企画としてコロツアーを初開催。また同年には創刊から96年までの作品を集めた熱血!コロコロ伝説が全8号刊行された。

10年代前半

イナズマイレブンで築かれたレベルファイブとの協力体制を強化。ダンボール戦機(11年〜)、妖怪ウォッチ(13年〜)がヒット。前者は関連グッズのプラモデルが驚異的な売り上げを記録し、後者は、14年のアニメ開始後、グッズが品薄になるなど社会現象となった。

その他、ウソツキ!ゴクオーくん(別冊から移籍)、オレカバトル、ゾゾゾゾンビーくん(12年〜)、バディファイト(13年〜)などがヒット。

一方この時期は、でんぢゃらすじーさんのでんぢゃらすじーさん邪への改題(10年)、デュエルマスターズのデュエルマスターズビクトリー開始による主人公交代(11年)等、長期連載作品の改題、リニューアルも相次いだ。

発行部数は10年1〜3月期は上記のイナズマやペン問などのヒットもあり100万部越えを記録。その後も90万部台をキープしたが、11年はダンボール戦機のヒットがあったものの、震災の影響で部数が低下、12〜13年はメタルファイトベイの終了や新規のヒット作が生まれなかったこともありさらに部数が落ち込む。しかし翌年の妖怪ウォッチブームで息を吹き返し、14年10〜12月期には4年以上ぶりの100万部越えを達成した。

10年代後半以降

ベイブレードバースト、100%パスカル先生(15年〜)、マジで!まじめくん(別冊から移籍、16年〜)スプラトゥーン(17年〜)、ゾイドワイルド(18年〜)、まんがで！にゃんこ大戦争(18年〜)などがヒット。

また漫画作品としては一貫していないものの、パズドラ、モンストといったソシャゲとのタイアップも長期的に展開された。

この時期は小学生にもYouTubeが浸透してこれまで小学生の娯楽において絶対的な存在だったテレビの優位性が崩れるなど、小学生を取り巻く環境に大きな変化が訪れた頃でもある。それに対応する形で15年にはYouTubeにコロコロチャンネルを開設しコロコロホビーの紹介動画やアニメの見逃し配信等を投稿するという試みを行う。またMinecraftやFortniteといった海外産ゲームが小学生に大ヒットするというこれまでにない事態も発生したが、その流れにも追随してそれらの作品の国内のメディアミックスを主導することに成功する。

19年には読み切りメインの姉妹誌「ミラコロコミック」が創刊。同誌からはリッチ警官キャッシュ!(19年)が本紙連載に昇格している。