生涯
天文3年（1534年）、斎藤利賢の子として生まれた。斎藤道三とは血縁上直結しない斎藤一族の一人。後に明智五宿老の一人に数えられる。
最初は松山新介に仕え、次に斎藤義龍、次に義龍の重臣の一人・稲葉一鉄、次に明智光秀へと仕えた。
明智家の筆頭家老として明智秀満に並ぶ重臣となり、光秀を支えた。彼の娘は長宗我部元親の正室として嫁いだ。
天正10年（1582年）、光秀が重臣たちに織田信長への謀反を計画を打ち明かし、これに利三は賛成したとも反対したとも説は分かれている。
本能寺の変が実行され、羽柴秀吉が中国から戻ってきて、明智と羽柴との山崎の戦いとなり、利三も奮戦するも逃走。捕縛されて病気により衰弱する中、六条河原で斬首された。
しかし、戦国時代最大の謀反を起こした光秀の重臣であった事から、斬首から5日後、光秀と共に重罪人として利三の首と胴体は繋がれて､三条粟田口で改めて磔刑となった。
余談
本能寺の変の影の首謀者ともされており、彼の存在が謀反に大きく関わっているという説がある。織田家と長宗我部家との対立は深まり、光秀は利三が親戚関係であることから交渉役を担ったが、信長によって交渉は打ち切られ、織田信孝と丹羽長秀による四国遠征が準備された。本能寺の変は家臣と親戚である長宗我部家滅亡を阻止するために光秀は謀反を起こしたともされている。
実際に四国遠征を巡って利三と元親がやり取りした書状が近年発見された。
彼の娘の一人・福は後に徳川秀忠の長男・徳川家光の乳母・春日局となった。
