概要
物語開始から遡ること500年前、地球にやって来たピーボによって、バイオドラゴンが最初に着陸した富士山の裾野に密かに建設されたもので、資材は故郷のバイオ星から積載したものが使用されている。完成後はピーボと共に長きに亘って休眠状態にあったが、新帝国ギアの出現に呼応するかのように基地機能も作動することとなる。
施設の大半は前述の通り地下に設けられており、地上部にはバイオドラゴン発進用のゲートと、そこから伸びる滑走路が存在する程度である。このように地上部がほぼカモフラージュされている上、出入口も洞窟やトンネルなどに偽装されセキュリティも万全であるため、作中では複数回に亘ってギアからの探索を受けながら、いずれもその所在を突き止めさせるには至らなかった（※）。
基地の内部には外部のモニターや作戦指令を行うメインルーム、バイオドラゴンやバイオロボの整備ドック、宇宙空間での異変を感知する観測装置、さらには医療施設や自給システムを完備。メインルームは郷史朗を始めとするバイオマンにとってのリビングも兼ねており、日々の食事等もここで取っている。さらに男性陣と女性陣の居室も用意されており、前者には人数分のハンモックが、後者には二段ベッドが設けられていることが、作中でも描写されている。
このようにギアとの戦い、それに日常生活の両面においてバイオマンの重要な拠点であったが、最終決戦に際してドクターマンが自ら操縦するネオメカジャイガン・キングメガスによってバイオ粒子反応をキャッチされ、前述の通りそれまで外部からの探索を阻んできたバイオベースも、地底ミサイルによる直接攻撃に晒されてしまう。
この直後、バイオマンとピーボはドクターマンと最後の決着をつけるべく出撃、そしてギアの壊滅後にピーボはバイオドラゴンで地球を離れ、郷達も戦士としての使命を終えてどこへともなく去っていったため、バイオベースもそのまま放棄されたものと見られる。
（※ 作中ではTVシリーズの第21話、それに劇場版でバイオベースの所在を巡る駆け引きが展開された。また、後者においては作中に登場した「宝の地図」の存在により、500年前にバイオベースを建設した際に当地の住民の一人に、内部にあったバイオドラゴンやピーボを目撃されていたことが示唆されている）
備考
作中、バイオドラゴン発進時に垣間見える基地外観については、従来のシリーズ作品のようなミニチュアではなくイラストによるマットペイント的な手法が用いられており、これにバイオドラゴンのミニチュアをビデオ合成することで発進シーンが撮影されている。シーンに合わせて、背景イラストを自在に変更できることから採用されたこの手法であるが、結果的には前述のシーンで用いられたパターンのみが使用されるに留まっている。
