概要
演：峰岸徹
平成ゴジラシリーズ第2作目『ゴジラVSデストロイア』に登場する自衛官。
普段は物事を斜に構えて見るところがあり、事態を他人事のようにとらえた発言もするなど不謹慎な面も目立つが、実際は冷静な判断力と高い行動力を持つベテラン。所謂、やるときはやる男である。
自衛隊陸幕調査部から国土庁特殊災害研究会議（事実上の対ゴジラ組織）に出向しているが、ここ数年ゴジラが目立った活動を見せていないことから、本人は「体の良い左遷」と自嘲気味に語っていた。
しかし、1989年になってゴジラの活動が活発化し始めたため、ゴジラ対策に奔走することになる。
劇中では建造中であったスーパーX2の視察に赴いたほか、黒木特佐と共に白神源壱郎博士の研究所を訪れて抗核エネルギーバクテリアの研究参加を要請している。
G細胞がサラジア共和国のエージェントに奪われた際には、主人公の桐島一人と共にこれを奪還すべく奔走。見事G細胞を奪い返すことに成功する。
その後、大阪に上陸したゴジラに対し、小隊を率いて戦いを挑み、抗核エネルギーバクテリアを3発（うち1発は口内に命中）撃ち込むことに成功するが、直後、怒り狂ったゴジラが潜伏していたビルに攻撃を加え、そのまま倒壊に巻き込まれて殉職した。しかし、撃ち込まれた抗核エネルギーバクテリアは、その後自衛隊のサンダービーム作戦やビオランテとの戦いを経て遂に効果を発揮し、ゴジラを長きにわたって海底で眠りにつかせることに成功、ゴジラに対し、間接的に一矢報いることには成功している。
人間関係
特殊戦略作戦室室長の黒木特佐とは長い付き合いらしく、黒木も権藤に対して敬語で話すなど、敬意を払っている様子が見受けられた。
妹に生物工学の権威である権藤千夏がおり、後に『vsスペースゴジラ』にて、国連G対策センターで対スペースゴジラのため奔走することになる。
また、同作で登場した結城晃は自衛隊時代に権藤吾郎と友人関係にあり、結城は友の仇を討とうと躍起になっていた。Gフォース司令官の麻生孝昭はもともと自衛隊の出身であり、結城晃とも顔馴染みである。このため結城を通して権藤吾郎のことも知っていた可能性があるが、劇中では特に関係性については語られていない。
