ストーリー
レプリロイドのたび重なる騒乱により荒廃に歯止めがきかない地球を見限った人類は、生存の途を宇宙へと求めた。その計画は、軌道エレベーター・ヤコブの完成により本格的に始動。開拓・建設のために多くのレプリロイドが、衛星ムーンへと送られていった。
本計画のために新たに誕生した新世代型レプリロイドは、DNAを利用することによって誰にでも変身できるという脅威の性能を備えていた。それは、あの滅んだはずのシグマのDNAも例外ではなかった。
そして、計画が段々と進む中、またしても勃発するイレギュラー群の反乱。エックスは事態の究明のため、ゼロやアクセルと共に宇宙へと向かう。