系統関係
真核生物 Eukaryota
┝ エクスカバータ Excavata … ミドリムシ
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┝ Diaphoretickes
｜ ┝ Hacrobia
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｜ ┝ Harosa / "SAR"
｜ ｜ ┝ リザリア Rhizaria … 有孔虫、放散虫
｜ ｜ ┝ アルベオラータ Alveolata … 繊毛虫（ゾウリムシ）、渦鞭毛藻、マラリア原虫
｜ ｜ ┕ 不等毛類 Heterokonta … 褐藻（ワカメやコンブ）、珪藻、卵菌
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｜ ┕ アーケプラスチダ Archaeplastida
｜ ┝ 灰藻類 Glaucophyta
｜ ┝ 紅藻類 Rhodophyta
｜ ┕ 緑色植物 Viridiplantae … 植物（陸上植物）、緑藻類
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┕ Amorphea
┝ Sulcozoa
┝ アメーボゾア Amoebozoa … アメーバ、粘菌
┕ オピストコンタ Opisthokonta
┝ Holomycota … 菌類（真菌）、微胞子虫
┕ Holozoa … 動物（多細胞動物）、襟鞭毛虫
概要
遺伝子が原核生物（細菌・古細菌）のように細胞質内に分散せず核膜内部に集積された生物全般を指す。主に単細胞の原生生物と、全ての多細胞生物がこれに含まれる。
この種の生物が地球上に出現したのは27億年前。この頃の地球は光合成を行うシアノバクテリアの出現により大気中の酸素濃度が急増。これにより酸素に弱い（シアノバクテリア含む）原核生物に絶滅の危機が到来した。
そうしたなかで古細菌の一種が酸化に弱いDNAを核膜で保護するようになったのが真核生物の始まりだったと言われている。真核生物が核を獲得した経緯は未だ不明であるが、最近、古細菌に寄生していたバクテリオファージがどういうわけか増殖せずに細胞内に定住してしまい、やがて古細菌のゲノムをも取り込んで現在の核になったという学説が登場している。真核生物はその内部に寄生していた酸素に適応した好気性細菌（リケッチア）を取り込んでミトコンドリアにすることで酸素呼吸能力を獲得。その後シアノバクテリアをも取り込んで葉緑体とすることで光合成能力を獲得したものは植物となった。
地球上の酸素濃度はその後も増大。これにより温室効果ガスである二酸化炭素とメタンが消費しつくされた結果、最初の全球凍結（スノーボールアース）であるヒューロニアン氷期が到来している。
