概要
逆転検事2の第1話から登場する。24歳。
西鳳民国大統領・王帝君を護衛するボディガードチームのサブリーダーを務めている（大統領のボディガードのサブリーダーにしては非常に若い）。面長な顔立ちと金髪のモヒカン、そして首に巻いたコルセットが特徴的な人物で、第2話で登場する猿代草太とは互いに唯一の親友である。
王帝君の歓迎イベントに際し、ひょうたん湖公園にてボディガードチームのリーダーである外城涯と共に演説中の大統領を警護していた。ちなみに西鳳民国の大統領が、日本人である彼等のチームに警護を依頼した理由は、支持率の低下等もあって自国の警察が信用できないからとの事。
大統領の警護中に限り、拳銃の所持を許可されているらしく、その拳銃の事を「西鳳民国の女」と呼び、事ある毎に華麗なガンスピンを披露する癖がある。他にもかなりのチェス好きでもあり、会話の最中にもしばしばチェス用語を交えて喋る（本人曰く、「あらゆるチェスの戦略に精通している」との事であり、そのビジュアルやガンスピンをする癖などに反して意外にも頭脳派であるらしい）。その為に、同じくチェスを嗜んでいる御剣が彼の通訳を担当する事もある。
また彼にも、「異議あり！」ボイスがあるが、強烈かつ非常に特徴的な巻き舌なのでよくネタにされる。ちなみにボイスは御剣怜侍役と同じスタッフの人なのだが、声の印象はかなり異なる。
第1話にて、大統領暗殺未遂事件の捜査を進める御剣達の下に、王大統領は無傷だったという「良いニュース」と、それを庇って外城が死んだという「悪いニュース」、さらに「以降、事件の捜査権は全て西鳳民国の警察に移る」という「最悪のニュース」を持って初登場し、そして現場に居たルポライターの速水ミキコを、事件の重要参考人として大統領専用機の中に連行しようとする。
しかし、同じく現場に居合わせていた田中太郎こと虎狼死家左々右エ門に脅迫され、捜査権を再び御剣達に譲る事となってしまう。ちなみに彼の首のコルセットは、事件の数日前に大統領を襲撃した虎狼死家との戦闘で負った怪我によるもので、それ以来首が右に回らなくなったという（その為に、当初の警備計画を変更して、外城との立ち位置を変更せざるを得なくなったとの事）。
名前の由来は、彼の趣味でもあるチェスの駒「ナイト」と、それを表す馬からだと思われる。
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ネタバレ
以下ネタバレ注意
第1話の外城涯殺人事件の真犯人。
実は、今回の演説中に発生した暗殺未遂事件そのものが、支持率低下を危惧した大統領による「暗殺にも屈しない大統領」というイメージを作る為の狂言であり、内藤は最初からその計画を知る協力者だった（外城にも計画は知らされていたが彼は協力を断った）。大統領達が御剣達日本の警察の捜査介入を執拗に嫌がっていたのも、全ては狂言である事を隠蔽する為だった。
しかし、外城は実際に凶弾に倒れてしまったのだが、これは偽の暗殺計画を利用した内藤の独断専行であり、王大統領自身が外城の死を望んでいた訳ではない。動機は外城という男への嫉妬と、彼を殺す事でボディガードチームのリーダーの座を手に入れるという出世欲の為である。即ち内藤馬乃介という男の本性とは、他人から認められる事に過剰な執着を示す人物だったのである。
それまでの劇中でも度々外城の事を下に見る発言や、「俺こそがリーダーに相応しい」という意見を繰り返していた内藤だが、実際は先の虎狼死家の襲撃の際にも真っ先に捕えられ、首をひねられ負傷した内藤に対して、虎狼死家の存在にいち早く気付いた上に、左腕を掴んで捩じり上げて弾丸をお見舞いする事で、何とあの虎狼死家に負傷させる事に成功した外城と、どちらの方が優秀であるかなど最初から明白だった（虎狼死家自身も内藤と外城については、「ポーンとクイーンくらい差がある」と評しており、外城の事にはかなり拘っていたのに対して、内藤の事は歯牙にもかけていなかった）。
それら積もりに積もった外城に対する強い嫉妬と、自身の方がリーダーに相応しいという自己顕示欲が、大統領による狂言暗殺の計画と結びついた結果、今回の殺人事件が起きたのである。
ただし、チェスの戦略に通じた頭脳派を自称するだけあって、実際に頭の回転はかなり速く、あの御剣とも真っ向から推理対決で渡り合ったばかりか、偽の暗殺計画の協力者だった速見に体よく自身の罪を擦り付ける事を目論み、自分が容疑者として浮上する前から、僅かな時間を利用して証拠品である拳銃のすり替えを行うなど、とても第1話の犯人とは思えない程の強敵ぶりを見せる（そもそも御剣と頭脳戦で真っ向から渡り合えたキャラ自体が殆どいない）。やはりこの若さで、大統領のボディガードのサブリーダーを務めていたのは、伊達ではないという事であろう。
彼への追及時に初めて流れるBGM「対決～プレスト2011」は印象的で、この曲で内藤を連想するファンも多いとか。このシーンでの2人のやり取りも中々恰好良いので必見である。
しかし最終的には、拳銃をすり替えた際に弾丸の装填を行った事や、そしてその弾丸に内藤の指紋が付着していた事などが決定的な証拠となり、御剣達によって殺人容疑で逮捕された。
ブレイクモーションは、複数の拳銃でガンスピンを行うも、徐々に制御が出来なくなってそれらを次々と頭上に放り投げていき、様々な小物と共に銃が次々と頭に落下して、顔がコルセットに埋まっていくというもの。ちなみにこの時落ちてくる小物は、これまでの逆転シリーズ作品に出てきたものばかりであり、小ネタ満載のかなり美味しいブレイクモーションになっている（このブレイクモーションも、第1話の犯人のものとは思えない程に豪華なブレイクモーションである）。
事件後には、「ゲームはまだ終わっちゃいねぇ！」と御剣に捨て台詞を残して退場した。
以下さらなるネタバレ
続く第2話では何と内藤自身が刑務所内で殺害されてしまう。つまり第1話では殺人事件の犯人だった内藤が、第2話では殺人事件の被害者になるという、前代未聞の展開から物語は始まる。
さらにこの時点で、内藤は外城殺害だけでなく大統領暗殺未遂罪でも起訴されており、偽の暗殺事件の隠蔽を目論んだ上層部が、内藤に全ての罪を被せようとしたのだと御剣は推理している。
内藤の親友であった猿代草太も本作で初登場し、御剣は事件の容疑者として逮捕された彼の弁護を担当する事になる（担当検事から外された御剣は、担当弁護士である信楽の助手という立場で捜査を行う）。
その後明らかになった内藤殺害の真相は、真犯人の「勘違い」によるもので、内藤に差し入れられた携帯チェスボードの中に入っていたノミを目撃した真犯人は、そこから自分を脅迫している暗殺者を連想してしまい、内藤をその部下と勘違いして尋問中に殺害してしまった…というのが事件の経緯である（そしてそれらも全て仕組まれた計画だった事が後に明らかになった）。
チェスボードにノミが入っていた理由については、脱獄を図る為に内藤が仕込んでおいたものだろうと御剣は推理しており、そしてそのボードを何も言わずに草太に持ってこさせたのは、草太を事件に巻き込まない様にする為で、同時に草太なら中身を改めないと信頼していたのだろうと、御剣は草太に伝えている。草太はそれを聞いて内藤の分も頑張っていく事を改めて決意した。
以下は物語の核心に関わるネタバレ
実はただ「1話の犯人兼2話の被害者」という役回りの人物ではなく、本作の一連の事件の背景に関わる最重要人物の1人。
内藤は第3話にて語られる、本編の18年前に起きた「IS-7号事件」の被害者である氷堂伊作の実子であり、さらに本作の一連の事件の黒幕である猿代草太とも幼馴染の同級生という間柄で、かつては非常に仲が良かった。しかし18年前の事件当日、父である氷堂に恐喝された当時小学生だった内藤は、同じく小学生だった草太を泣きながら縄で縛り、寒い冬の車の中に監禁してしまう。
しかし、やがて車のドアが凍り付いてしまい、共に車に閉じ込められた内藤と草太は意識を失う。
偶々通りかかった鳳院坊了賢によって助けられ、何とか凍死は免れたものの、この事件によって内藤は父親と記憶（自分の名前を含む）を殆ど失う事となり、草太からは自分を監禁して自分の父親の殺害に手を貸したのだと勘違いされ、復讐心を抱かれるようになる。しかし現実はIS-7号事件の真犯人の風見豊こそが草太の父親であり、被害者の氷堂は内藤の父親だった。つまりは草太もそうだが、内藤もまた風見と氷堂というクズ共の諍いによって、運命を狂わされた被害者の1人だったのである（このクズ共の下らない諍いは、逆裁シリーズ全体にも大きな影響を及ぼしている）。
しかし過去の事件で記憶を失ったとはいえ、内藤は成長後に警察から氷堂の遺品を受け取り、自分の父が殺されていた事を知っていた為に、18年前の事件で草太の父親（＝風見）が自分の父親（＝氷堂）を殺したという事には、気付いていた可能性が非常に高い（風見と氷堂の協力関係の破綻や、氷堂が金に困っていた事を知っていたとすれば尚更であり、IS-7号事件では犯人として天海一誠が逮捕されているが、彼は「共犯」として有罪判決を受けている為、犯人（主犯）が風見だと推測する事に影響はない）のだが、罪悪感によるものなのかそれとも草太の事を思ってなのか、この事には最期まで一切触れずに草太との友人関係を続けていた。加えて第2話でも、チェスボードを持ってきたのは草太である為に、彼は草太がノミを仕込んだ事に気付けた筈にも関わらず、自分が殺されてでも草太がチェスボードにノミを仕込んだ事については、最後まで一切喋らなかったのである。最終話にして彼は、自分の身を犠牲にしてでも、自分が信じた友情だけは最後まで裏切らないという、第1話からは想像もできないような一面を持っていた事が明らかになったのだ。
まさに本作のテーマの一つである「印象の逆転」である（草太はただの友人では無く、自分に残された最後の身内に等しい人物だったからこそ、彼を裏切る事はできなかったのかもしれない）。
しかし一方の草太は、内藤への復讐の為に上記の大統領の暗殺計画を考案した張本人であり、暗殺計画を考えたのは、かねてからの内藤の嫉妬を煽って彼に外城を殺害させた上で、内藤をマリーのいる刑務所に送り込む為だった。そしてチェスボードにノミを仕込む事でマリーを恐怖と猜疑心を煽って追い詰め、内藤を殺害させる事で、その罪でマリーを逮捕させるのが目的だった。つまり全ては最初から草太によって仕組まれた事であり、内藤の思いと友情は決して彼に届く事は無かったのである。
無論、何の罪もない外城を殺した事は到底許される事ではないのだが、その動機となった幼稚とも言えるような嫉妬と自己顕示欲の根幹にあったものは、スタッフ曰く「大統領に父性を感じていたから」という理由であるらしく、実父である氷堂の人間性や大統領の本性、そしてその大統領自身に全ての罪を被せられた上で殺されてしまった事を思うと、何とも言えない話である（了賢という寄る辺になる大人を最後に得られた草太よりも、ある意味悲惨だと言える）。
このような複雑な背景と、それに基づく単純に悪人とは言い切れない重厚なキャラクター性、逆転シリーズの1話の犯人キャラらしからぬ魅力や、とても第1話の犯人キャラとは思えない程の頭の良さと手強さなどから、ファンからの人気は非常に高い（上記の通り、あの御剣と真っ向から張り合うなど、歴代逆転シリーズの犯人キャラ達の中でも普通に上位レベルの手強さで、まさに隠れた強キャラである）。また、単純にキャラデザなども、男女問わずファンからの評価は高い。
メインキャラでもラスボスでもない、所謂普通の犯人キャラ達の中では、あの星威岳哀牙や一路真二らと肩を並べるレベルで、逆転シリーズの中でも屈指の人気を誇るキャラクターである。
公式の人気投票では第25位であり、pixivにおいても逆転検事シリーズのキャラの中ではトップレベルのイラスト投稿数で、検事2から登場したキャラの中では一柳弓彦、猿代草太に続いてイラストの投稿数が多い。作中での親友と復讐対象という愛憎入り混じった複雑な関係、すれ違いで死別という悲劇性から、イラストはpixiv内でも外でも草太との組み合わせが非常に多く見られる。
