運行区間は京都駅(大阪、智頭急行智頭線、因美線経由)~鳥取駅・倉吉駅間。
なお、かつては同区間を山陰本線(園部、豊岡)経由で「あさしお」が運転されていたが、「あさしお」の走行距離は230.3kmであるのに対し、「スーパーはくと」では253.5kmと約20km長くなったものの、逆に所要時間は約1時間短くなっている。
1994年12月3日、智頭急行開業と同時に運転開始。以来HOT7000系気動車により運行されている。
かつてはJR西日本のキハ181系による「はくと」も運行されていたが1997年11月のダイヤ改正で現在の「スーパーはくと」に統一された。