概要
『NARUTO』第二部に於いて、『忍五大国』及び『鉄の国』からなる『忍連合軍』と暁を率いるうちはマダラを名乗る仮面の男（トビ）&薬師カブトとの間で起こった戦争。『劇場版』では幾度もその兆候が見え、ギリギリ回避し続けたが、様々な要因と思惑が重なり、遂に最悪の事態として噴出する事になる。
内容は単行本55巻~72巻にあたる。原作における最終長編である。
アニメはオリジナルストーリーの番外編を挟みながら4年以上かけて放送された。
経緯
暁への対応を話し合うべく中立国の、鉄の国で開かれた五影会談に暁のうちはマダラを名乗る仮面の男(トビ)が乱入、彼が「月の眼計画」の説明、八尾と九尾の人柱力の身柄を要求し、これを拒否されたことで宣戦布告を行った。最終的に五大国は、雷影を筆頭に忍連合軍を結成することや人柱力の保護拘束を決定した。その後、会議を通じて戦争の準備を進めていくことになる。
一方マダラは、薬師カブトと接触し、協定を結びつつ『雨隠れの里』で小南を粛清。長門の輪廻眼を手に入れ、左目に移植。カブトの穢土転生で蘇生された高明の忍達や10万体の白ゼツなどの軍隊を揃え、戦争の準備を進めていく。
全人類の存亡をかけた、忍と暁の全面戦争の火蓋が開かれた。
参戦者
両陣営共に全戦力をぶつけて戦いに挑み、忍連合軍は五大国の忍達に加え、鉄の国の侍を加えた総兵力約8万。2日目から島亀に監禁されていたナルトとキラービー、大戦終盤にはサスケ率いる「鷹」と復活した大蛇丸に加え、穢土転生によって復活した歴代火影と共に再合流し参戦。
暁は穢土転生により復活した強力な忍達と量産された白ゼツ10万。
終結後（※ネタバレ）
両軍の激突は僅か数日の内に決着し、忍連合軍の勝利に終わった。しかし、擬態した白ゼツによる破壊工作、十尾の尾獣玉による本部壊滅など、前線での直接戦闘以外でも多くの犠牲者を出し、加えて戦後処理（戦闘中に入手した武器の扱い、各国の軍縮など）で大いに揉めた。
特に、戦後の混乱に乗じたテロ行為や紛争も続出し、各国は十数年以上の時間を掛けつつ連携してその沈静化に奔走する。
その一方で、国同士の結びつきが強くなった結果、他国の忍同士による婚姻、技術交換、軍事技術の民生転用が急速に進んでいく反面、大戦以降は忍の技量や能力、質が戦前よりも低下し、『大戦を知らない世代』が増加。
マダラ側も、次々と指揮する者が入れ替わり、最終的には全ての始祖で元凶である『大筒木カグヤ』&黒ゼツの再封印で終結する。
終戦から数年後、大筒木トネリが起こした事件に加え、サスケが旅して得た情報を精査した仮説から「カグヤをも脅かす存在がいずれ現れること」を予期し、五影後継者たちは、引き続きサスケに調査を任せつつ、各自その対策を練るが、次世代達の物語にて新たな戦いが紡がれることになる。
