男子校である音楽学校の一角にある古ぼけた塔の窓「オルフェウスの窓」を介して出会った二人は、同学年で同じピアノ科に入ったことから早速友人となるが、その窓には「男性が窓に立って初めて視界に入った女性と恋に落ちる。しかしそれは悲劇に終わる」という伝説があった。そしてアーレンスマイヤ家の跡取り息子であるユリウスは、実はアーレンスマイヤ家当主アルフレートの妾であった母の野望により男として育てられた女子だった。ユリウスはまた別の日にオルフェウスの窓の下に出てしまい、そこでバイオリン科の上級生クラウスと出会ってしまう。

真実の姿を隠し学校生活を謳歌する一方、アーレンスマイヤ家の中でもユリウスは腹違いの二人の姉と財産を巡る反目の渦中にいた。アーレンスマイヤ家を探る国家警察の男、身辺に潜んでいたスパイ、幾度も生命を狙われるなどする中で、かつて情報機関に属していた父親が残した隠された謎に、ユリウスは挑んでいく・・・。

一方、イザークは学校一のバイオリンの腕を持つクラウスとパートナーを組むが、街で最も力のある新興実業家の息子モーリッツに才能を妬まれ、様々な妨害を受ける。ユリウス、クラウスや教師たちの協力を得ながら、やがてウィーンへの留学を薦められるまでに認められるが、モーリッツの対抗心から奨学金を断たれ学費もままならない状況に追い込まれていく・・・。

第二部：オーストリア・ウィーン（1906年～1920年）

1906年。家族・恩師・友・そして初恋を失ったレーゲンスブルクを離れ、ウィーン音楽院でデビューを目指すイザークは逗留先の親族の娘・アマーリエと出会い、ユリウスへの想いを振り切るように彼女に惹かれていく。ほぼ同時期に音楽院の作曲科の学生ラインハルトと知り合うが、彼はイザークの演奏に隠されたほんのわずかなタッチの違和感に気づく。

新しい恋や心の拠り所となる先達との邂逅、そして懐かしい故郷の人々との交流を経て、ようやくデビューしたイザークはたちまちヨーロッパの音楽界で名を上げていくのだが、世界は戦争への道を進み始めていた。

第三部：ロシア・サンクトペテルブルク（1893年～1917年）

時を遡り1893年。サンクトペテルブルクの名門貴族・ミハイロフ侯爵家に、亡くなった前当主の庶子・アレクセイが引き取られる。母を失ってから天涯孤独だった少年は、このロシアの帝都で厳しい祖母からは貴族の子弟としての教育を、異母兄ドミートリィからはバイオリンへの興味とかつて正義のために体制と闘ったデカブリスト達の誇り高さ・情熱を教えられる。

数年後、自由闊達に成長したアレクセイは兄の婚約者アルラウネと出会い、彼女の行動に振り回されるようになるが、その真意はアレクセイをドミートリィの同志として育て上げることだった。彼らは逮捕された反体制派の救出を企てるが、ドミートリィに嫉妬する者たちの密告によって失敗し、ドミートリィは逮捕・処刑され、アレクセイはアルラウネの故国ドイツに亡命する。

1905年春、日露戦争でロシアは敗色濃厚となっていた。前年にロシアへ密かに帰国していたアレクセイ達はヨーロッパ各地から帰国する仲間たちを迎え入れていた。

そんな混乱するサンクトペテルブルクにクラウス＝アレクセイを探すためにドイツを発ったユリウスが一人到着するが、市街戦に巻き込まれて負傷。運び込まれたのは皇帝の側近である親衛隊隊長・ユスーポフ侯爵の屋敷であった。そこでお尋ね者のアレクセイの名を出してしまったためにユリウスは侯爵邸に軟禁されてしまう。

一方、ユリウスへの愛を振り切り革命家として己の選択した道を突き進もうとするアレクセイは1905年のモスクワ蜂起に参加する。

同じく侯爵家に生まれながら、皇帝を守る体制派の立場から国を守ろうとするユスーポフ侯と革命家として体制派を倒し国を生まれ変わらせようとするアレクセイを対比しながら、やがてロシアは第一次世界大戦と2度の革命を経てこの世になかった全く違う国へと変貌していく。