有給休暇を使った気ままな宇宙旅行を満喫していたオリマーだったが、途中でドルフィン号が隕石と衝突し、未知の惑星に墜落・大破してしまう。散らばったパーツを回収してドルフィン号を修理し、30日以内にこの惑星から脱出することがゲームの目的となる。

墜落直後は大破してボロボロだが、こんな状態でもメインエンジンさえあれば飛行自体は可能であり、夜は活発化した原生生物から退避するために上空へと避難する。
ワープ機能も使用可能であり、オリマーがダウンした時にはこの機能でドルフィン号の前まで転送させられる。

散らばったパーツは全部で30個だが、その内の「ノヴァブラスター」や「へそくり金庫」などは回収しなくても脱出は可能である。（脱出に必須なパーツは30個中25個）
但し、30日経過時に脱出に必須なパーツが一つでも欠けていた場合は、脱出を試みたドルフィン号が途中で墜落してしまい、バッドエンドになる。

一定の数のパーツを集めるたびに、外見も直って行き、次のステージも解禁される。

第二段階

外れかけの外装が直り、ヘッドライトも元の位置に戻る。翌日には火花と煙も納まる。

第三段階

上部の歯車と運転席の周りの外装が復活する。

第四段階

右側に回転するアンテナが出てきて、へしゃげた扉が直る。

第五段階

イオウニムジェット付近の外装が復活する。

完成

右側のアンテナが収容され、ガードサテライトと宇宙ムセンが常に本体にくっついた状態になり、バウスプリットが常にしっかりはまった状態になり、そのアンテナも常にピンと立った状態になる。

パーツ

回収すると外見が変化するものは太文字で記載、回収しなくても脱出可能なものは※を付ける。
カッコ内の数字は重さである。

遭難地点

メインエンジン(20)

ドルフィン号の動力源で一番大事なパーツ。どれだけ部品が足りなくても、これさえあれば離陸は可能になる優れ物。オリマーは運よくこれを一番先に発見した。

ポジトロン発電機(20)

二つのアンテナが付いた発電機。電子と陽電子がくっつくことで、うっかり近づくと感電するぐらいとてつもないエネルギーが生まれるらしい。ヤマシンジュが飲み込んでおり、真珠状態になっている。
長年なんとか2日目の段階（赤ピクミンのみ）で回収する方法がないか試行錯誤されていたが、最近ついに回収する方法が発見された。これで希望の森1日クリアに持ち込めるピクミンの数が増え、6日クリアのハードルを大きく下げた。
ちなみに1日目に回収した場合、こいつだけ（メインエンジン抜き）で空を飛ぶことができる。
どういう事だ。

希望の森

永久燃料ダイナモ(40)

乾電池のような発電機。エネルギーは永久に尽きることがなく、船内を明るくする。

ただものでないネジ(30)

通称『ネジ・オブ・ネジ』。一見すると（妙にデカいこと以外は）普通のネジだが、凡人には凄さも値打も分からないネジらしい。
実際これも脱出に必要なため、やはりただものでないのだろう。

きまぐれなレーダー(20)

ドルフィン号のレーダー。これを回収すると、レーダーでマップを開けるようになり、現在地やピクミンやパーツの位置が分かるようになる。可能な限り迅速に回収したい。
きまぐれなことが玉に瑕らしいが、ゲーム中ではそんな様子は見られない。

ガイガーカウンター(15)

放射能測定器。ヘビガラスの体内にある。放射線が危険域に達すると警告音が鳴るようになっており宇宙船には必要な物だが、オリマーは宇宙飛行士でありながら何のパーツなのか分かっていないようで、「何のためにあるのか私はよくわからない」だの「時々すごい音が鳴り響くが何だというんだろう?」だの、さらには「突然ガーガー鳴り出してちょっとうるさい計測器」と言っている。それで大丈夫なのだろうか？

放射線キャノピー(15)

ドルフィン号のキャノピー。激しい宇宙放射線を遮断し体に優しい遠赤外線に和らげるので、ひびが入っていたら放射能漏れを起こすらしい。

サジタリウス(20)

宝石のようなライトのパーツ。息子からのプレゼントで、息子の誕生月の星座が名前の由来。

ショックアブゾーバー(30)

宇宙船の揺れを吸収する装置。どんなに歪んだ宇宙空間でも快適になる。ちなみにバネ状なのか回収中にピクミンを招集し、地面に置くと『びよ～ん』と音が鳴る。

ノヴァブラスター※(30)

ドルフィン号の主砲。レーザー砲で時空間エネルギーを光弾にして放つ。オリマーはその危険な魅力に憑りつかれている。
その威力は惑星をも破壊するほどらしいが、隕石は破壊できなかった。危険なためむやみやたらに使えないとのことだが、説明書によると隕石が衝突した時はコックピットを離れて休憩していたらしく、それで気づけなかったようである。

樹海のヘソ

オートマチック・ギア(15)

歯車のパーツ。マイペースな機械で、燃料なしでもひとりでに回り続けるらしい。ひびが入っていたらしく回収時にオリマーが土で塞いだらしい。応急処置とは言え大丈夫なのか？

イオウニムジェット1(15)

ジェット装置。やや臭う煙を出すが、一気に脱出速度に加速できる。また、異常があると大変な事になるらしい。

ノンダイオキシン(40)

ドルフィン号から発せられる発がん性ダイオキシンを除去するフィルター。星にやさしいクリーンな航行のために、宇宙法で設置が義務付けられている。

オメガスタビライザー(30)

4本あるドルフィン号の尾ひれ部分のひとつ。歪んだ宇宙空間をまっすぐ飛べるようにり、これで幾多の宇宙嵐を潜り抜けてきた。
やや老朽化しているがまだまだ現役らしい。ボケナメコが飲み込んでいる。

グラビティジャンパー(25)

巨大なバネのような形状で、重力をコントロールする反重力装置。超光速への最後の加速をひと押しし、ドルフィン号をその名の通りイルカのように航行させる。

アナログコンピュータ(20)

ドルフィン号のコンピュータ。0と1以外のあいまいな状態を表現できる。ドルフィン号のコンピュータの感情面が強化されるようだが、ドルフィン号自体が喋るシーンはない。

ガードサテライト(20)

ドルフィン号を守る自動衛星。幾度も宇宙海賊からドルフィン号を守ってきたらしいが、隕石からドルフィン号を守れなかった。隕石には反応しないのか、誤認で他の船を迎撃しないようOFFにしていたのかは不明。ダマグモの体内にある。

リブラ(15)

宝石のようなライトのパーツ。娘からのプレゼントで、娘の誕生月の星座が名前の由来。
サジタリウスより若干軽い。

スペースフロート※(25)

浮き輪のパーツ。本来は泳ぎが苦手なパイロットが持つ物で、泳ぎの上手いオリマーには必要ないらしいが、念のため常備しておく決まりになっている。パンモドキの体内にあるが、明らかにこのパーツの方が大きい。（一部の攻略本でもそれが指摘されている）

大水源

リペアTYPEネジ(20)

ゼンマイネジのようなパーツだが、実は優秀な修理装置で壊れた個所を自動的に修理する。

グルーオンドライブ(50)

ドルフィン号の機関部。オリマーにもよくわからない構造をしており高度な技術が使われているらしい。
日本語版ではへそくり金庫に次いで重いのだが、海外版ではへそくり金庫の重さが40に変わっているために最重量。
なので速解き・最小数プレイの理論値は海外版でプレイし50匹しか増やさず6日クリアであり、現状はそれ目指しひたすら詰めていくというとんでもないものとなる。

ジルコニウムローター(30)

ローターのパーツ。宇宙船向けの発熱しにくく錆びにくいジルコニウム製で、運ぶ際には水に浸かったり間欠炎の近所を通過することもあるが、新品のようにピカピカ。

宇宙ムセン(20)

無線機。SOSを送る事も可能らしいが、こんな辺境の惑星からでは届かないようで、実際このパーツを手に入れても救助が来ることはない。フーセンドックリが飲み込んでいる。

パイロットのいす(25)

ドルフィン号の運転席の座面。古いのか、見た目は接ぎだらけ。
飛行には関係なさそうだが、不思議なことにこのパーツがないと脱出できない。
まあ乗り物、特に繊細な操縦を要求される宇宙船を安定した態勢で運転できなければ疲労して結果事故もが起きるのだろう、多分。

イオウニムジェット2(15)

ジェット装置。とても燃費が良く、キャッチコピーは「燃費が良く、家計にやさしく、奥さんニコニコ、家庭円満」。

バウスプリット(30)

ドルフィン号の船頭。オリマーがデザインしたらしく、上から見るとどこかで見たような形をしている。フタクチドックリの体内にある。

クロノスリアクター(20)

メインエンジンの補助装置。時空を捻じ曲げた反動をエネルギーに変換できる。オリマー曰く「簡単に言うとゴム動力と同じ」らしいが本人もよくわかっていない様子。

マッサージマシン※(30)

マッサージ器のパーツ。腰にはめるタイプらしい。
ゲームの性質上かなり歩くため疲れていたのか、これを発見するとオリマーは大喜びする。

UVランプ※(10)

ハンドサイズの電球のパーツ。本来は船内の殺菌・消毒用のパーツだが肌を焼くのにも使えるらしく、使用時はサングラスが必要とのこと。
全パーツ中最も軽い。

最後の試練

へそくり金庫※(85)

豚の貯金箱のような金庫。結構貯め込んでおりずっしりと重く、全パーツ中最も重い。ラスボスであるダイオウデメマダラの体内にあり、奴との最終決戦に打ち勝てば、入手可能。

ピクミン2

修理したドルフィン号で遂にホコタテ星への帰還を果たしたオリマーだったが、彼がいない間にホコタテ運送は仕事のミスで莫大な借金を抱えてしまっていた。おまけに社長が借金返済のために無断でドルフィン号を売ってしまっており、冒頭でドルフィン号は差し押さえられてしまう。そのため、ピクミンの惑星へはドルフィン初号機で出発することになる。

借金完済後はドルフィン号も戻ってきたと思われるが、ピクミンの惑星への再出発には社長も同行するため、引き続き二人乗りのドルフィン初号機に乗船することになる。