直接には戦闘に加わらないで，特別な任務を担当する艦船の総称。
日本海軍では､工作艦・運送艦・測量艦・砕氷艦などが特務艦に類別された。
太平洋戦争前の日本海軍は海上護衛戦を軽視しており、にもかかわらず戦線を太平洋各地に広げてしまったため、多くの特務艦は味方の援護を得られない状態で輸送に哨戒任務にと酷使され、次々と戦没。海軍は輸送船の不足を補うため国内の商船を根こそぎ徴用した上、陽炎型・夕雲型などの新鋭の一等駆逐艦まで輸送に駆り出す有り様となった（こういったわけで戦時中の船員の死亡率は軍艦乗組員以上に高く､日本の船乗りたちには海軍は 非常に恨まれている）。
開戦時から終戦まで生き延びられた特務艦は「宗谷」や「大泊」などほんの一握りに過ぎない。
現代では、この種の艦船は洋上補給を任務とするものを中心に支援艦船と呼ぶことが多い。
日本海軍の有名な特務艦
標的艦
運送艦
- 能登呂 (後水上機母艦に艦種変更。改造後も給油機能を持たされていた)
- 神威 （能登呂同様に給油艦から水上機母艦に改造）
- 第9号輸送艦（大戦中に大量建造された高速輸送艦「特務艦特型」の一隻。非常に危険な輸送任務に投入され 、戦闘機や駆逐艦などとも交戦しながらも、十数回にわたる輸送任務を成功させる。戦後まで残存し、引揚船を経て大洋漁業に供与され捕鯨船母船になるという数奇な運命をたどった）
測量艦
- 勝力（敷設艦として日本で初めて建造された艦船。第二次大戦前に測量艦に艦種変更。）
工作艦
給糧艦
給兵艦
砕氷艦
- 宗谷（太平洋戦争の序盤から終戦まで生き残り、戦後は南極観測船・巡視船の重責を務めた「幸運の船」。海軍艦艇で唯一、船として現存する。）
- 大泊（三笠の尼港事件救援の失敗の教訓から建造された、海軍初の砕氷艦。終戦まで残存したが、長年の酷使のため機関の痛みがひどく解体）
