概要
頃は幕末、諸外国の脅威にさらされて権威・権力が失墜した徳川幕府。その動乱に乗じて日ノ本を治めんと権力を欲した大名、それが尾手院王だった。
彼は過去の亡霊である宮本武蔵、機械人間のからくり源内、そして淀君や天草四郎と言った妖怪軍団を従え、幕末の要人・とらわれの男こと坂本龍馬の身柄を確保。
院王は龍馬を抹殺して淀に魂を喰わせ、残った皮を源内のからくりに着せる事で歴史を操ろうとしていたが、密命を受けた炎魔忍軍の若手であるおぼろ丸に尾手城へ侵入され、龍馬を救出（進め方次第では逃げた龍馬と合流）されてしまう。
院王は掛け軸から武蔵を召喚し、天守閣への階段に淀君を配置するなど強力な布陣で挑んだが、北辰一刀流の龍馬と、粗削りだが無限の強さを持つおぼろ丸に追い込まれる。
坂本龍馬を救出した場合、尾手は短づつ、つまり拳銃で戦いを挑んでくる。したがってレベルは低いが攻撃力は高い。ただし、0人切りで挑んだ場合の院王は乱入した龍馬に銃を吹っ飛ばされるため、鉄扇や日本刀による攻撃をメインにしてくることにより、おぼろ丸の忍法で楽勝である。
だが、「外で思いっきり相手をしてやるわ!」と高笑いした尾手院王は時代劇モノのお約束通りに天守閣へと登り、「これからの日本国を支配する私の姿を見せてやる!」と、自らも妖怪・ガマヘビ変化と化す。毒をメインにした尾手流妖術と、おぼろ丸の忍術・龍馬の北辰一刀流とがぶつかりあった末、敗れ去った院王は天守閣から墜落して死亡。その野望と共に消滅した。
配下
（左上が淀君、左下が武蔵。右上は源内で右下が天草。）
時代劇や歴史ものから取材した敵が多く、特に幹部の4人は実在の人物から命名されている。
宮本武蔵
二刀流を使う尾手配下最強の妖怪。「武」の掛け軸に宿る亡霊として登場し、彼を倒さないと先に進めない。角行ヒヨドリ越、二刀つばめ返しなど強力な剣術を使う。良心的な人物でもあり、強き敵に倒された事で喜んで成仏していった。元ネタ（ないし正体）は同名の剣豪。
なお、彼をキャラデザした青山剛昌先生の漫画YAIBAにも宮本武蔵は登場するが、デザインは大きく異なる。
からくり源内
尾手院王のブレーンでマッドサイエンティスト。ルー語とも麻呂言葉ともつかない変な言葉を話すイロモノだが、エレキテル放電などを使う難敵。カラクリや兵器は彼の作製品らしく、源内を倒すと消滅する。元ネタ（ないし正体）は江戸期の発明家平賀源内。攻略本によっては平賀源内自身が肉体をからくり仕掛けと化した姿（いわゆるサイボーグ）と解説されている。
淀君
尾手院王の姫を名乗る女性で、人斬りをする進め方で行くと人間バージョンで忍者に囲まれているのを助ける事に。その後、「何とお礼を言えば良いのじゃ…そうじゃ、わらわと契らぬか?」とモーションをかけてくる。それに乗ると魂を喰われてゲームオーバーなので注意。龍馬がいると「尾手に娘がいたなど聞いたことがない」と看破してくれる。
0人斬りの場合でも天守閣への道を塞ぐべく登場する。色気や恨みの業火などステータス異常を与えてくるので、かすていらがあると便利。倒される時に院王の名を呼ぶ所からすると、かなり慕っていたようである。元ネタ（ないし正体）は織田信長の姪で豊臣秀吉の側室茶々。
天草四郎
骸骨が散らばる地下牢に巣食う悪霊。ゴルゴダのイバラや逆さ十字など聖書に因んだワザを使いこなす。キリシタンのはずなのに悪魔儀式などを扱いつつ、舌の根も乾かぬうちに神へ祈る言葉を捧げるなど、その行動には明らかな破綻が見られる。不死の身を名乗るアンデッドであり、周囲をさまようひとだまを全滅させないと撃破不可能だが経験値稼ぎに使われる事もある。元ネタ（ないし正体）は天草・島原の乱を起こした同名のキリスト教徒だった武士。
他の3人がグロテスクないし色っぽい感じなのに対し、彼は可愛らしいデザインの金髪美少年で描かれている。ただし0人斬り時など進行ルートによっては出番が一切無くなる。
余談
名前の表記は本来「尾手 院王」（での部分は "手" ）が正しいのだが、ゲーム中で登場するアイテム「尾出手裏剣」とその技「尾出流手裏剣術」のみ、誤植なのか "出" 表記にされている。
また、名前が読みにくいせいか「おで いんおう」「おって いんおう」などと誤読されてしまうこともしばしばある。
正確な読みは「おで いおう」であり、続けて読むと「オディオ」に掛かっている。
