概要
藍の円盤で登場する新要素にして道具。
テラリウムドームの中心に位置するセンタースクエアにいる女性・シンクロミとのサブイベントをクリアすると試作品を入手できる。見た目はややシンプルだが、そこはシンクロミも気にしている模様。
この『シンクロマシン』を使うことで手持ちのポケモンと気持ちをシンクロさせ、レッツゴー中のポケモンを直接操作してフィールドを歩かせる事ができる。
シンクロ中は通常と同じくボタン押しでアイテムを取得できる他、Yボタンを押すと攻撃も可能。ポケモンに攻撃するか触れるとおまかせバトルが発生する。通常のおまかせバトルと同様に相性不利などによりダメージを負うこともあり、体力半減まで減るとレッツゴーと同じくシンクロは強制終了する。
反面、色違いや野生のテラスポケモンも問答無用で倒してしまうため、色違いを探すのには向いていない（通常のレッツゴーではこれらのポケモン相手だと攻撃をためらう）。
ただ、シンクロ中はトレーナーにポケモンが接触してもバトルにならない。これを利用してレッツゴーによるポケモンの落とし物集めがスムーズに行いやすい。
トレーナーに気づくと逃げるラッキーやハピナスのような逃走系ポケモンが逃走しにくくなり（厳密に言えば気付かれにくくなる）、ポケモンが密集しやすい大量発生での接触事故も防げる。ブルレクのおまかせバトルで倒すミッションにも向いている。
何より自分で動かすので放置稼ぎはできなくなるものの、大きく旋回、または一度通り過ぎてから歩いて戻って少ししてから攻撃などの謎行動・近くの別のポケモンにタゲが吸われたり、処理落ちで狙ったポケモンを攻撃できずに逃がしてしまう・苦手なタイプに突っ込んで負けるなどのレッツゴーの欠点を解消できる。
単に歩行するだけでなくLスティック押し込みによるダッシュや、ポケモンによっては遊泳や飛行も可能だが、その性能やモーションは当然元のポケモンに準じる。つまりブロロンなら快適なスピードで移動でき、スイクンは水の上を駆け、ウェーニバルは両手を上げて走る。
飛行するポケモンはBボタンを押すと陸上と空中の切り替えができるので、通常のレッツゴーでは飛びっぱなしのポケモンも野生個体のように歩く姿を見られる。
Xボタンを押すとスター団の団ラッシュの時にしか見られなかった待機モーションを任意で見ることができ、操作しない状態で放置すると居眠りする姿も見られる。
なお、泳げないポケモンで水場に入るとポケモンが焦って這いあがり、強制的に暗転してシンクロが終了してしまう。走り速度の速いポケモンで水場に突っ込んでしまうだけでなく、飛行で移動するポケモンの着地場所を誤ってもダメなので注意。ちなみに、飛行と遊泳を兼ね備えどこでも着地できるポケモンはウッウとスワンナ、ルギアしかいない。
また、水没判定が頭にあるのか、四足歩行のポケモンだと即座にシンクロが終了してしまう。
逆にアローラナッシーはかなり深いところまで歩いて進むことができる。
試作品ということもあってか、シンクロマシンはテラリウムドーム内でのみ使用可能。代わりにドーム内ならばどれだけ主人公から離れても操作可能であり、時間制限などもない。
また、ユニオンサークル中も使用可能。ポケモンと写真撮影したいが思ったような位置についてくれない時に、他のプレイヤーがシンクロして手伝う使い方もできる。ZRボタンでピクニック中のものと同じボールを出すことができるので、撮影の瞬間にボールを後頭部にぶつけるミラクルも狙って起こせるだろう。なお、複数人で同時に使っても混線などは起きない。
余談
シンクロ中のポケモンの意思はどうなってしまっているのかは不明。
とはいえ"シンクロ"と銘打っている以上、一方的に主導権を奪っている訳ではなくポケモンと意思を一体化させているのだと考えられる。
ポケモンと意思をシンクロさせることから名探偵ピカチュウやサトシゲッコウガを思い浮かべた者もいる。
またポケモンを操作できることからポケパークWiiやポケパーク2を連想する声もあり、SVに連れて来れるポケモンであればどのポケモンでも動かせるため、次回作にも実装して欲しいとのコメントもある。
