日本
モデルは日本。『2』までは作中で特に国を意識したような呼び方はされていなかったが、『3』からはもう一つのメインとなるUSAとの対比でジャポンと呼ばれている。
さくらニュータウン
主人公たちの住む街。昭和の時代では「桜町」と呼ばれていた。妖魔界への入口があるため妖怪が数多くいるが、守り神であるキュウビの統治と街を守る結界によって、一般人に直接危害を加える妖怪は殆ど存在せず、平穏が保たれている。なお、現代のマップは以下のように、数エリアに分かれているが、過去の桜町のマップでは、各エリアの一部分ずつが一つのマップに集約された形になっている。
さくら住宅街
ケータとフミちゃんの家がある住宅街。二人や友達たちが通う「さくら第一小学校」や銀行や郵便局もある。「さくら第一小学校」は昼間は夏休み中に出勤している教師や補習の生徒たちがいるが、夜は妖怪の巣窟化しており、また学校の屋上は街の守り神であるキュウビのお気に入りの場所とされている。
おおもり山
さくら住宅街の北側にある。小学校裏手の石段を上がれば「おおもり神社」があり、その奥には妖怪ガチャと「妖魔界」の入口となるご神木がある。山奥には「どんこ池」や「廃トンネル」があり、山頂の展望台からはさくらニュータウンを一望できる。
団々坂
さくら住宅街から、川を隔てた西側にある。開発から取り残され、昔からの街並みを残している。名前の通り道は坂や階段が多く、入り組んでいるのが特徴。妖怪ウォッチを改造できる「時計のチョーシ堂」や銭湯や駄菓子屋、クマの家などがある。団々坂の西側には妖怪と所縁のある正天寺がある。
正天寺
和尚の頼み事があったり、妖怪やアイテムを合成することができる場所で、正天寺の和尚に話しかけることで合成をすることができる。コロコロコミック版では、『ニャン公の墓』という名でブシニャンの墓がある。妖怪ウォッチバスターズではこの場所でバトルの際に、灯籠に灯りを点して結界を作ることが出来る。
さくら中央シティ
さくら住宅街の南側にある。都会として賑わっており、主人公たちの父親が務める会社や、ゲームセンターや夜に開店するスナック等様々なお店がある。中央の駅からはケマモト村を含めた様々な場所に行ける。広く東南部は海に面しているエリアである。
おつかい横丁
団々坂の南側、さくら中央シティの西側にある。団々坂と同じく昔からの街並みを残してお り、北側にあるフラワーロード商店街（過去世界では花道商店街という名称）には昔から続く店が並んでおり、また夜のみに開く骨董屋もある。かつては「おキツネさま」を祀る稲荷神社があったが、現在は撤去されている。街の南側にはやや古びた「あんのん団地」と廃墟になった「かげむら医院」があり、特に「かげむら医院」は不気味な噂が絶えず心霊スポットとなっている。
そよ風ヒルズ
さくら住宅街の東側にある。北側は高級住宅街であり、イナホとカンチの家がありセレブな家庭が多く暮らしている。南側には「ひょうたん池」があり、その近くには公園や博物館がある。遊歩道のトンネルでさくら中央シティとも繋がっている。
さくらEXツリー
『2』から登場する、高層タワーを中心としたエリア。そよ風ヒルズの東に位置する。
アオバハラ
『3』から登場する電気街でありオタクの街でさくらニュータウンの隣に位置する。メインともいえるアニメ堂はイナホもよく行く場所でUSAピョンと出会ったのもここである。またイナウサ不思議探偵社がある。
『2』時点では駅のホームまでしか行くことは出来ない。
ケマモト村
『2』から登場する、主人公の父方の祖母が暮らす村で、主人公の父親の故郷でもある。電車 に乗って行くことができるが、ケマモト駅からケマモト村の集落までは、さらにバスに乗って 移動する必要がある。過去世界でも、桜町とは汽車で行き来ができる。ショップは小さな商店 が一軒あるのみで、北の端には「えんえんトンネル」の入り口がある。
えんえんトンネル
１日１回だけ入れるトンネルで入る度に長さが変わり、引き返すことも出来ず、出口が何処に繋がっているのかは誰も知らない。色んな人間や妖怪に会うことになり、進んだ距離によって雰囲気が変わり出てくる妖怪の強さやレア度も異なる。このトンネル内で会う人達は何者だろうか？１部は妖怪が化けていて、その他は何者か解らない。意味があるのかよく解らない質問をする人もいる。「ホラー&ミステリー特集」を組むこともあるちゃお版にも登場し、会った人との質問を間違えると２度と帰れなくなるらしい・・・
たぞの
『3』から登場するやまびこ線で行くことができる田んぼの村。田んぼ以外何もないが、えんえんあぜ道がある。
『2』時点では駅のホームまでしか行くことは出来ない。
えんえんあぜ道
えんえんトンネルのあぜ道版と言えばよいだろうか。トンネル同様狂ったような人がたくさん出てくる。
ナギサキ
『2』から登場する、電車に乗って行くことができる、のどかな漁村。
平釜平原
妖怪大合戦の舞台。ここで本家と元祖の妖怪たちの戦いが繰り広げられた。妖怪ウォッチバスターズでは、ウィスパーとウィスベェの合戦の舞台となった。
佐和山城
石田三成の統治している城で『2真打』で追加されたエリア。一定条件を満たすことにより、過去の桜町からうんがい三面鏡で行くことが出来る。夜には城下町には妖怪が出没する。※ネタバレ注意※ ウィスベェ トキヲ・ウバウネに関係がある場所で詳しくはウィスベェ、トキヲ・ウバウネのリンク記事参照。
USA
モデルはアメリカ合衆国。『3』より登場し、メリケン妖怪と呼ばれる『2』までは見られなかった妖怪たちの姿も見られる。
地名にはナッツ類の名前をもじったものが多い。
セントピーナッツバーグ
『3』でのケータ(男の子主人公)サイドの物語の主な舞台となる。
名前の由来はピーナッツ + トム・ソーヤーの冒険の舞台であるセント・ピーターズバーグ。
サウスモンド地区
USAのケータが暮らす地区。のどかな住宅街で警察所もある。街の南西部にはスクラップヤードがある。
名前の由来は南(サウス) + アーモンド。
ノースピスタ地区
北側に位置する港町の地区。倉庫マーケットやサクラ商事SPBオフィスなどがあり、また市役所には巨大な鐘がある。
名前の由来は北(ノース) + ピスタチオ。
イーストカシュー地区
東側に位置する古い建物が多い地区で教会がある。また大型スーパーのモーシンデルマートにはゾンビに関係がある？
名前の由来は東(イースト) + カシューナッツ。
ダミアン農場
サウスモンド地区から更に南に進んだ場所にある広大な農場。
畑には巨大なミステリーサークルがいくつも出現している。
名前の由来はマカダミアンナッツ。
森の秘密基地
マックが古い小屋を手直しして作った秘密基地。
北側にはモクノームの森があり、秘密基地の傍にあるミシシッポリバーからはイカダで様々な遺跡や島へ行くことが出来る。
モクノームの森
霧深く、人の持ち物と思われるものが時折落ちている怪しげな森。
マックラーナ洞窟
ミシシッポリバーの先にある到着地点の1つ。
最奥部にはスティーブ・ジョーズの研究施設があり、洞窟を抜けた先にはUFOが不時着した荒野がある。
ヘーゼルタイン邸
ミシシッポリバーの島にあるルネサンス建築のような左右対称様式の豪邸。
地下通路には牢屋のようなものが見られる。
名前の由来はヘーゼルナッツ。
ウォルナービレッジ
ウエスタン風の村でウォルナー地方にある。雑貨屋のワイルドハンターズの店員のアンジーはミステリーについて知っているらしい。
名前の由来はウォルナッツ(胡桃)。
妖怪ワールド
妖魔界（妖楽）
『2』までは妖怪たちが暮らす場所だったが設定変更により『3』から高級料理亭妖楽という名称になった。（一応妖魔界という名前はしっかりついている）完全紹介制の料理亭で券を手に入れるのは難しいらしい。料理の鉄人のなまなまはげが旬の妖怪を仕入れてくれる。
げらげら奈落リゾート
『2真打』から登場する、妖魔特急に乗って行くことができるカブキロイドが築き上げた場所。「ゲラゲランド」・「きもだ飯」・「ごくらく温泉」の3つと、その3つから行ける歌舞伎座のエリアがつながっている。
コマが丘
コマさんとコマじろうの故郷。妖魔特急に乗って行くことができ、山の上には大きな時計台がある。
ワイハーリゾート
妖怪ワールドのリゾート地で妖怪たちの憧れの場所。ここにはエンマ大王の別荘であるエンマ亭があり、大王たちはそこで仕事をしている。
ニュー妖魔シティ
妖怪ワールドの大都会。街はバスターズとヒーロー妖怪たちが守っている。ここにあるヨップルストアはヨップル社第1号店で近くにはスーパーシードの行きつけの寿司屋、テンペストプライドの行きつけの天ぷら屋がある。またエンマ大王の仕事場のエンマ離宮がある。
バスターズハウス
クレイジーなバスターズ野郎たちが作戦を立てたりトレーニングをする施設。妖怪ウォッチバスターズでは主にここで生活する。
ゴゴゴゴッドタワー
ゴゴゴGFが作りあげた555階建てのビル。エレベーターはルーレットになっており、ドリームフロアはゴゴゴGFの夢を現実にする能力で作られた。
ヨップル社
おなじみ妖怪ウォッチを作っている会社。ゲームでは時計屋から、アニメではDAIKON社のドアを妖怪が触ることで行ける。CEOはスティーブ・ジョーズだったが盗作疑惑で辞任し今はマーク・シャッチーバーグがCEOを務めている。またおもてなしロボのヨップくんがもてなしてくれる。
YBKホール
バスターズの憧れの聖地。
初めて行った際にはYBKホールの司会をしているブチニャンに話し掛けると、インスピレーションによってバスターズチームの登録してくれていることを告げられる。
アニメ版では91話「みんなで歌おう！妖怪紅白歌合戦」の舞台になった。
紅白の間
YBKホールの舞台の裏側にある場所。ここにはブチニャン曰く、ある伝説があるらしい。
