概要
東北新幹線の車両を中心にJR東日本の新幹線車両のメンテナンスや修理など全面検査などを受け持つ。
また1985年より年に数回、一般公開のイベントも実施している。
配置されている車両
1000番台10両編成10本（J66-J75）が配置されている。
一部の編成は新潟車両センターに転属していたが、上越新幹線からの撤退に伴い2022年～2023年にかけて再転入された。
かつては0番台（S→J編成）も配置されていたが、一部編成が長野新幹線車両センターと新潟新幹線車両センターへ移籍したのちに廃車された。
10両編成51本（U1-U51）が配置されている。
6両編成1本（S51編成）が配置されている。
10両編成1本（S13編成）が配置されている。
過去の配置車両
東北新幹線内専用のH編成とミニ新幹線車両併結向けのK編成が所属していたが、2005年までに廃車。このうち1両が2007年に開業したさいたま市の鉄道博物館に移設された。
S4編成(後にL1編成に改番)が配置されており、のちに山形新幹線車両センター(旧山形電車区)へ移籍した。
2014年まで秋田新幹線こまちで、それ以降はE5系との併結運用で使用されていた車両。
2019年3月に秋田新幹線車両センターからR21編成とR22編成が転属してきたが、2020年に運用を離脱した後に2021年11月に廃車解体された。
なお、R22編成は解体前に同年10月に行われた「体験・体感！新幹線総合車両センター号で行く写真撮影コース」で展示された。
P1-P22編成が配置されていた。2006年に一部の車両が新潟新幹線車両センターへ移籍し、2012年の東北新幹線からの撤退に伴い全車両が移籍した。
量産先行車のS12編成が1本配置されていた。2014年2月27日に量産化改造に合わせZ1編成に改められ、秋田車両センターへ移籍した。
その他
952形・953形(STAR21)
961形
E954形(FASTECH 360 S)
E955形(FASTECH 360 Z)
