概要
GBA『ロックマンエグゼ6電脳獣グレイガ/電脳獣ファルザー』がベースではあるが、前2作に比べ原作とは大幅に内容が異なるうえ、登場するキャラクター数が圧倒的に多い。（なおフォルテは…）原作では容量の都合上仕方なかったといえるのだが。
例えば原作ではフォルテとロックマンのみ使用した獣化が今作ではウィルスやゾアノロイドと呼ばれるナビに適用されているなどの差異がある。
麻破剛など一部の主要キャラクターも登場しない。
登場キャラクター
ライカ CV:結城比呂・・・ロックマンエグゼ6では登場しない。
アイリス CV:仙台エリ・・・アニメオリジナルのナビとしての姿も披露。
新垣コジロー CV:瀧本富士子・・・原作ではメインキャラであったが、今作ではゲストキャラクター。
キャプテン・クロヒゲCV:石井康嗣・・・原作とは異なり、水族館をクビになった過去も、水族館で事件を起こすことはなく、逆にBEAST+では熱斗の世界の水族館で働く羽目になっている。
用語
ビヨンダート
いわゆるパラレルワールドのこと。熱斗たちと同じ姿、名前を持つ人物が別の生活を営んでいる。
熱斗の住む世界とは異なり、電脳空間と現実世界が混じりあっており、ウイルスやナビも普通に実体化する。しかし普通のナビが実体化できるのは精々10分間。消滅後は1時間PETでエネルギーをチャージする必要がある。
クロスフュージョンこそ可能であるが、熱斗たちの世界に比べて負担が大きい。
もちろんアニメオリジナル要素である。
ゾアノロイド
獣化因子に侵され、獣化能力を獲得した電脳獣配下の自律型のナビ。
ファルザー側、グレイガ側に分かれてお互いがシンクロナイザー（＝トリル）を狙っている。
ゾアノカーネルのような獣化因子に侵され、オペレーターの元を離れたケースも存在する。
こうなってしまうとオペレーターに関する記憶を消され、電脳獣の傀儡となってしまうようだ。
ゾアノロイドに選ばれるナビはいずれも過去のロックマンエグゼシリーズに登場したキャラクターばかりで元になったナビが敵であれ味方であれ御構い無しに主人公の敵として対立することとなる。（フレイムマンやパンクなどアニメに登場していないナビも含む。）
ゾアノメディやゾアノナパームマンのように元となったナビと対峙するシーンも存在している。
実はゾアノロイドはグレイガとファルザーの餌として利用される存在で、ゾアノロイドが倒れされれば倒されるほどそのデータを電脳獣が吸収して強くなるオマケ付き。
獣化ウイルス
獣化因子を持ったウイルス。最初から獣化しており、所属する電脳獣によって体に現れる特徴が異なる。（例えばグレイガ側なら獣を彷彿とさせる爪が、ファルザー側なら翼が生えているなどの違いがある。）
獣化因子消滅後を描いたBEAST+でも登場する。
グレイガを中心にファルザーの翼が生えた超電脳獣。
漫画版とアニメ版限定。
余談
何故サーチマンとライカがアニメ限定で出演したかというと恐らくは原作ゲームの時系列の関係と思われる。
原作6はロックマンエグゼ5チームオブカーネルからの続きという事になっており、カーネル版にはライカとサーチマンが登場しない上に、6ではエグゼ4ブルームーン版限定のアクアマンが登場している事から原作の時系列は4ブルームーン→5チームオブカーネル→エグゼ6という事になってしまうため、6で登場する機会を失っても仕方無いと言える。一方でサーチマンとライカはレッドサン限定キャラクターなので上記の時系列では熱斗達と出会わないのでどう足掻いても6には登場できない。
やはりストーリーがゲームのバージョンに左右されないアニメだからこそ出来た展開だと言えるのだろうか。
まあ、レッドサン→カーネル→グレイガ、ブルームーン→カーネル→ファルザーと解釈できない事も無いが。
