概要
神樹の力を授かりバーテックスと戦う少女達が勇者なのに対し、神樹の声（神託）を聞く事ができる少女達が巫女である。
これによって、バーテックスの襲来などを事前に勇者達に知らせる役目を担う。ただ戦う力は持たないので、樹海に入る事はできない（ただ『花結いのきらめき』では具体的な方法は不明ながら巫女が樹海に入る展開があり、ゲーム中でもサポートキャラとして後にプレイアブル化された）。
声を聞くとは言っても、実際に声が聞こえるのではなく、ビジョンを見るという形で伝わる。よって巫女によって神託に対する解釈は異なるらしい。
また、神託そのものもいつでも聞きたい時に聞ける訳ではなく、神樹に触れる事である程度能動的に聞く事はできるものの、その多くは予告なしに突然聞こえてくる事がほとんどで、ほぼ一方通行である。
他にも、祝詞を唱える事でバーテックスの影響で枯れた草木を蘇らせたりする力もある。
勇者と同じように適性を持った少女が巫女に覚醒するが、勇者と異なり敷居が低いらしく巫女そのものは多数存在する。
『花結いのきらめき』にて語られた所によると、内省的な性格の方が神格に近づけるらしい。
西暦時代は一部の巫女が勇者と共に行動していたが、神世紀では世界の事情が伏せられるようになった関係で、世界の秘密に携わる巫女は一般人や家族との接触が制限され、大赦内で厳重に管理されるようになったため勇者とは行動を共にしなくなった（よって神世紀が舞台の作品では巫女が表立って登場する事はない）。
作中に登場する巫女は、どういう訳か一部の勇者と相思相愛になっている傾向が強い。
実際、ゆゆゆいで巫女3人が一週間の修行合宿に行っただけで相方達が凹んでしまっている。
巫女の一覧
西暦
この他にも、元巫女として烏丸久美子が登場している。
