概要
機動戦士ガンダムSEEDと機動戦士ガンダムSEEDDESTINY間で締結されたユニウス条約に沿ってザフトが考案した新型機のプロジェクトの事。
インパルス、セイバー、カオス、ガイア、アビスの五機が作られたが、のちにサードステージとして開発されたデスティニー、レジェンドもこの中に含まれている。
条約により再びNジャマーキャンセラー使用が禁止された事で機体に核エンジンを積む事が不可能となってしまったため、開発された機体の多くはバッテリー駆動方式へ差し戻された。ただし、ザフト核機動Gことファーストステージシリーズからはじまる一連の高性能機体のノウハウは既に蓄積されていたため、それらを反映したうえで次世代技術も取り入れた新型機として完成している。
一部の機体を除き、セカンドステージシリーズは大まかに
●ヴァリアブルフェイズシフト装甲、デュートリオンビーム送電システム、パワーエクステンダーを搭載
●ファーストステージシリーズの技術フィードバックがなされたガンダムタイプ
●何らかの可変・合体機構によって汎用性と局地戦能力を並立
といった共通項を有している。このうちヴァリアブルフェイズシフト装甲とパワーエクステンダーはオーブ連合首長国から流入した技術を拠り所にしており、デュートリオンビーム送電システムと合わせて、何れもMSのパワーリソースを確保するために導入されたものだ。
また、フリーダムを筆頭とするファーストステージシリーズの流れを汲む機体群であるため、基本性能はそれらを引き継ぐ。頭部が走査性能に優れたデュアルアイ=ガンダムタイプであるのもその証左と言えるだろう。バッテリータイプへの差し戻しによってファーストステージで培われた多くの最新技術は仕様変更がなされる事となるが、複数のパワーリソース確保技術や、CE73年に開発された省エネルギー、新型変換機技術によってその多くは一定の性能を確保しつつも実装する事が可能だった。ただ基本性能はファーストの流れを汲んでいると言われるが、劇中の説明や資料などから単純なパワー、スピード等（機体にも選るだろうが）はファーストの方が優れている模様。また全体的出力と継続戦闘能力は最終的にあちらが勝る。総合性能ではファーストステージに劣るが、各分野においては後述のコンセプトによりセカンドステージの方に軍配が上がる。
また、ユニウス条約の影響下においてMS保有数が制限された都合上、単機あたりでの性能強化と単独で複数の戦局に対応する汎用性が求められたことから、かつてザフトが鹵獲運用したGAT-X303イージスを参考に、多くの機体では可変ないし合体機構が導入された(その中には名目上の機種を戦闘機とする事で、保有数の制限を回避する機体も見られたが)。当初は可変型のセイバーと合体・換装型のインパルスが並行しており、インパルスの地上・空間戦・水中戦対応能力をさらに補完する機体として、共通のコアスプレンダーシステムを内蔵した機体やシルエットの計画も立てられていた。もっとも、コアと局地戦の兼ね合いが難しかったことから、それらはカオス・アビス・ガイアと個別の可変機として完成を見ている。
尚、型式番号は機体用途ごとに二桁の数字を割り振り、コンセプトナンバーと開発番号を識別している(たとえば、56のインパルスなら5系列の6号機となる)
●2系列→航空機型(セイバー、カオス)
●3系列→水中戦用(アビス)
●4系列→不明(デスティニー)
●5系列→装備換装型(インパルス)
●6系列→不明(レジェンド)
●8系列→陸戦型(ガイア)
※CEにおけるガンダムタイプのご多分に漏れず、セカンドステージも頭部には機体識別用のレリーフが施されている(イタリア語での開発番号)。尚、このうちデスティニーとレジェンドは本来サードステージとして開発された機体を隠匿のためにセカンドステージとして割り当てており、コンセプトナンバーも欠番だったものを再利用した形となる。
デュートリオンビーム送電システム
セカンドステージに採用されたエネルギー供給システム。ザフトのソーラーセイル研究(より厳密にはジェネシス用レーザー推進技術)の研究をスピンオフして生まれたとされる。資料によって「遠隔地の動力源から発生したエネルギーを指向性ビームとして投射し、機体側でエネルギー変換して充電」とするものと「デュートリオンビームが放射されると機体にあるペタトロンなる物質が崩壊し電力に変換される」という二説が混在する。
前者は所謂ワイヤレス給電の一種で、後者の理屈ならペタトロンなるビームで崩壊し電力変換が起こる物質を利用する事になるのだが、詳細は不明(現実にもデュートリウムやトリチウムへのレーザー照射を利用したレーザー核融合発電の研究は存在するが、ペタトロンがどういうものなのか公表がされていない)。何れにせよ、一連のプロセスでニュートロンジャマーの影響は受けないらしい。ただし機体と母艦が相対したり充電完了に数十秒かかるのでその際に隙は発生してしまう。
なお、作中でミネルバに艦載されて実際に送電がされたのはインパルスのみである。同じ機能があるはずのセイバーはパイロットの技量のみで乗り切ってしまっている。
ハイパーデュートリオンエンジン
セカンドステージ後期機体(より厳密にはサードステージに位置する)デスティニーやレジェンド、ターミナルで開発されたストライクフリーダムやインフィニットジャスティスに搭載された発展モデルの新型ハイブリッドエンジン。
従来式の核分裂エンジンとデュートリオンビーム送電システムを両方積んだ単純な理屈のもので、「核エンジン側はより小型化・高出力化した超小型核原子炉(ウルトラ・コンパクト・ニュークリア・リアクター)」を採用したのでこれだけでも従来機よりも高出力らしい。そもそも作中でこれらの機体がデュートリオンチャージをした事もないので、事実上のハイパワーの功績は超小型核原子炉にあるようなもんである。
作中の活躍
C.E.73年10月2日、プラントに一般人を装って現れた地球連合軍所属のファントムペイン三人のテロにより、開発された5機のうち3機を奪われる。
さらに追い討ちをかけたのがスーパーコーディネーター・キラ・ヤマトの駆るフリーダムガンダムの武力介入である。機体そのものは旧型になったとはいえ、キラの高度な戦闘技術とその性能は脅威であり、セカンドステージシリーズは苦戦を強いられる事となった。結果的にインパルスを除く4機はフリーダムに太刀打ちする事もままならず、特に彼と幼馴染の関係だったアスラン・ザラは敵となったキラの前に戦意喪失同然の状態に陥り、乗機のセイバーはフリーダムによって破壊される結末を辿ってしまった。
後にインパルスによりフリーダムは撃墜されるものの、ザフト全軍でアークエンジェルを人質に取ったも同然の状況に加え、それらの大軍とアークエンジェルの護衛に気を取られながら戦うフリーダムのパイロットの心理的・戦術的な弱点に付け込んだ作戦（おまけに連戦から来る疲労もある）のお陰と言う側面が大きく、
また初戦ではすれ違いざまの一太刀で腕を落とされ敗北、決戦でも早々に一太刀で腕と首を落とされ、1対1ならばそこで敗北が決定していたと言う有様であった（ミネルバからの援護により即座に戦線復帰）。
また、それ以前にガイアはインパルスとセイバーの連携により奪還には成功しているものの、軍内のクライン派を通じて歌姫の騎士団の元に渡ってしまっている。
最も、皮肉にもその後は大量のセカンドステージシリーズを単機で相手取り奮戦するなど、かなりの活躍を見せてもいるのだが。
サードステージシリーズ
セカンドステージシリーズの技術フィードバックから作られた、さらなる次世代MS群。
VPS装甲を筆頭とした最新技術はそのままに、ハイパーデュートリオン、ビームシールド、ヴォワチュールリュミエールといったさらなる次世代技術が導入されている。ハイパーデュートリオンは原子炉を併用した動力機関であることから実質的にユニウス条約を反故にしてしまっているが、そもそも開戦時に連合が核攻撃を加えた時点で形骸化してしまっているので解禁もやむなしである。引き続きガンダムタイプとして開発されたものの、セカンドステージシリーズとは異なり可変・合体機構は採用しない単独での全領域機体である。その一方で隠匿目的のため、表向きの分類はセカンドステージ扱いになっていたりとザフト内の大人の事情をか垣間見させる部分もある。
該当機種はデスティニーとレジェンドの二種類であるが、ザフトではニューミレニアムシリーズで没を食らったドムトルーパーをこの枠で復活させようともしていたらしい。
