昆虫などを含む六脚類と甲殻類はお互いに最も近縁なグループとされ、まとめて「汎甲殻類」を構成する。
これは「昆虫は多足類（ムカデ、ヤスデなど）に最も近い」という古典的知見を覆す新たな学説であり、2010年代以降からはほぼ定説になった。
古典的な節足動物の系統（昆虫は多足類に近い）：
┗╋━甲殻類（下記参照）
┗━六脚類（昆虫など）
新たな節足動物の系統（昆虫は甲殻類に近い/昆虫は甲殻類の系統から派生した）：
節足動物
┗┳━鋏角類
┗┳━多足類
「汎甲殻類」
┗┳━甲殻類：フジツボ、カイアシ、軟甲類（シャコ、エビやカニ、ダンゴムシなど）
┗┳━甲殻類：カシラエビ
┗┳━甲殻類：鰓脚類（ミジンコ、カブトエビ、アルテミアなど）
┗┳━甲殻類：ムカデエビ
┗━六脚類（昆虫など）
昆虫と甲殻類の類縁関係は、脳や複眼の構造なと、多足類に見当たらない細部かつ根本的な共通点に示唆される。しかも遺伝子分析によると、両方の類縁関係は更に掘り進められ、「昆虫は甲殻類の系統から派生したグループ」であると解明された。
しかし、「どの甲殻類が昆虫の系統に最も近い」という新たな疑問が生まれる。
初期の研究では、鰓脚類（ミジンコ、カブトエビ、アルテミアなど）が昆虫の系統に最も近いと思われた。これを基に、太古の昔（恐らくデボン紀中期）の淡水には鰓脚類と昆虫の共通祖先がいると思われた。海の甲殻類から淡水に進出して鰓脚類となり、そして昆虫類はそこから進化し、上陸したものだと推測された。
しかし、近年では更なる全面的な遺伝子分析が行われ、むしろムカデエビという洞窟性甲殻類の方が昆虫に最も近縁という説が有力。なお、ムカデエビと昆虫は生態上の繋がりが見当たらず、昆虫の起源の謎は深まるばかりである。
