※本記事は、現時点で単行本未収録・アニメ未放送のネタバレを含む為、閲覧要注意
秘密結社『殻』の残党であるコードとの一件で、ボルトに取り憑いている大筒木モモシキが再び彼の身体を奪って顕現してしまい、ボルトはカワキに自分ごとモモシキを殺すことを頼み、彼に胸を貫かれ絶命するも、それを良しとしなかったモモシキにより蘇生され九死に一生を得る。
これにより身体を完全に奪われてしまう心配も無くなったが、この一連の出来事によりモモシキの存在をより一層危険視したカワキは、自身が慕うナルトを守るために彼とヒナタを復活した楔により覚醒した封印術で異空間に閉じ込め、モモシキをボルトごと抹殺しようとする。
だが当然周囲は反発して彼を止めようとし、その過程でカワキがサラダと対峙した際に彼女を庇ったボルトは、彼の攻撃を受けて右目を失ってしまう。
そのまま逃亡し、孤立してしまったカワキはどうすればいいか悩むも、そこでコードから離れ木ノ葉の里へ亡命してきたエイダが現れ、自分の力ならカワキを救えると彼に近づき、ある能力を発動させる。
実はそれまで、あらゆる人間を自身の虜にするとされた彼女の『魅了』の能力の実態は、大筒木の神術の中でも「神術の中の神術」とされる『全能』であることが発覚する。
この能力は、かつて全知全能の神と言える存在まで成り上がった大筒木シバイのもので、あらゆる願望を叶えることができる。彼を始め神となった大筒木達は、この能力で幾度もこの世を書き換えてきたという。
その書き換えられたという事実を、人間が認識する事はほぼ不可能であり、彼女を改造した張本人のアマドも魅了と勘違いしていた。
そして彼女がカワキを通じて叶えた彼の願望とは…
エイダが『全能』によって叶えた願い、それはなんと「カワキとボルトの立場を逆にする」というものだった。
これにより、木ノ葉の里の住人たちはカワキをナルトの息子である『うずまきカワキ』と認識し、ボルトが彼を殺そうとしている危険人物『ボルト』と認識するようになってしまった。
かつてモモシキがボルトに「お前は全てを失う」と予言した通り、彼は両親を失い、右目を失い、仲間を失い、故郷を失い、自分の名前さえも失ってしまい、更には状況を把握したカワキが嘘の報告をしたことで「七代目火影とその妻を殺し、彼らの息子の命を狙う危険人物」として、彼や仲間たちに追われる身となってしまうという、嘗てないほどの絶望的な状況に追い込まれてしまった。
更にモモシキは、これによって精神的に追い詰められたボルトが絶望することで、自ら身体の主導権を自分に明け渡してくるようにと画策する。
何故かサラダとスミレにだけは術が効いていないようで、彼女たちだけはまだボルトを味方と認識できているが、ミツキは仙人モードまで使用して彼を襲撃し、シカダイたちもボルトを敵視し捕らえようと迫る。
状況が飲み込めず混乱するサラダは、彼らと同様に記憶を書き換えられた父・サスケにボルトの救出を涙ながらに嘆願し(この際に万華鏡写輪眼を開眼する)、サスケも自身の記憶と現状況との違和感から、彼に味方することを決める。
モモシキはボルトを唆して身体を奪おうとするが彼は頑として拒み、一度は仲間たちに討たれる覚悟もしたが、サスケに救われ彼と共に里を出ることとなる。
そこでカワキの目を盗みボルトに会いに来たエイダは、自分が能力を制御できないために意図せずこうした事態になってしまったことを彼に詫び、彼が里を離れる間は千里眼で探すことをせず、カワキやシカマルには上手く誤魔化しておくことを話す。
驚くことに、これほど過酷な状況に追い詰められながらも、同じ苦しみを長い間味わってきたカワキの心中を察して、ボルトの心は全く折れることはなく、「そうするはずだ…父ちゃんなら…！」と語って暴走するカワキを止め、彼と和解し囚われたナルトとヒナタを救い、里を元に戻すために決意を新たにし、エイダに「自分は大丈夫」「必ず戻る」とサラダに伝えるよう頼む(このメンタルの強さにはモモシキやエイダも驚愕していた。特にモモシキはこの苦しみに乗じてボルトの体を奪うべく精神的に揺さぶっていた)。
サスケと共に彼は旅立ち、第一幕はこれにて終幕し、いよいよ物語は“青年編”へと続いていくこととなる。
