今作ではBボタンを長く押すことで、覚聖絶死界が発動する。通常の覚聖よりも敵の攻撃が激しくなり、なおかつ消した敵弾が金塊ではなく撃ち返し弾に変化するためより難易度が高い。ただし、絶死界使用中は敵を破壊しても聖霊石が減ることはなく、また敵弾を消した時のボーナスも最大500倍となっており慣れてしまえばより得点を多く稼ぐことができる。

主要登場人物

アサギ

CV：藤原郁美(覚聖前)/藤井ゆき(覚聖後)

ソーマにより生み出された3人目のガルーダ。12歳。通常時の威力は3キャラ中最弱だが、覚聖死界及び絶死界時に爆発的な威力を発揮する。覚聖中はレイピアが強化される。覚聖前は明るい性格だが覚聖後は少し内気になる。ちなみに手にした本は「人を殴るための鈍器」。

アゲハ

CV：岸本周也(覚聖前)/五十嵐愛子(覚聖後)

前作より引き続き登場。21歳。攻撃タイプは前方集中型で、覚聖中はレイピアが強化される。覚聖後の衣装が前作に比べ更に露出が激しくなった。

タテハ

CV：河内映美(覚聖前)/坂井響(覚聖後)

前作より引き続き登場。19歳。攻撃タイプは広範囲型で、覚聖中はショットが強化される。覚聖後の容姿と口調が前作に比べやや男らしくなり、声変わりしたようにも見える。

ツバメ

CV：関根香桜里

ステージ1のボス。ソーマ国王子で、左目に聖霊石を持つ。ソーマ王と真精霊機関によりガルーダ研究の材料にされていたがガルーダには成り得なかった。王の死後、軍の指揮官となり自らが前線に立って戦う決意をする。プレイするキャラがアゲハ、またはタテハの時とアサギの時では登場時のセリフが変わる。10歳。

マダラ

CV：南雲武烈

ステージ2の中ボスおよびステージ4のボス。ソーマ王に忠誠を誓う屈強な機械化部隊特佐。ツバメ・ジャノメの代わりに自ら進んでガルーダ融合実験を受け、片目を失った過去を持つ。拳銃の収集が趣味で、ステージ2では、人工的に取り付けた（持っているようにも見える）と思われる巨大な腕で自分の背丈以上の銃を使いこなす。

アサギに敗れ半身を損傷（戦闘中に左腕がもぎ取れたらしく、だらだらと血を流しながら戦闘を続行）するが、首から下を戦闘機械に改造（しかしそのせいで改造後は生首に見えてしまう）し再びプレイヤーに戦いを挑んでくる。27歳。

ウェーハッハッ＞＞【ﾟ∀ﾟ】【ﾟ∀ﾟ】【ﾟ∀ﾟ】

ジャノメ

CV：佐藤めぐみ

ステージ3のボス。ソーマ王国の姫でツバメの姉。右目に聖霊石を持つ。ツバメと同じくガルーダには成り得なかった。初登場時にはツバメの亡骸を抱え涙を流している。花や動物を愛する。11歳。

セセリ

CV：羽田由香

ステージ5のボス。15歳。特定条件を満たした場合は憎悪に満ちたセセリとなる。前作で瀕死となっていたところをソーマ軍によって救われた。

アゲハ・タテハに対する恨みは3年経った今でも消えていない。体の各部に強力な武装を埋め込んで、3たびプレイヤーの前に立ちはだかる。登場時の台詞はステージ名と同じく「ずっとこの時を待っていた…」。

Xbox360版ブラックレーベルモードではプレイヤーキャラとして使用可能。従来の設定とは逆で、アゲハ、タテハに倒されたのち同兄妹に救出されたことになった。その際記憶を失っており、覚聖を可能とする新型輝羽を装着し共にソーマ軍と戦うという新設定となっている。それに伴い、ソーマ軍側セセリは”姉”（どのような位置づけの”姉”なのかは不明）になっている。

真ガルーダ・クジャク

ステージ6のボス。ジャノメとツバメが融合した姿。

真ボスにセセリが居るので「あ、お前居たの?」とか言われたり

IKDに「ラスボスとかどうでもいいんで」と言われるほど不遇すぎるボス。