いわゆるスーパーペーパーマリオと東方を混ぜたもの
ストーリー
ある日、幻想郷の空に大きな赤い渦が現れた。その異変を解決すべく、霊夢と魔理沙、それに萃香や早苗が、赤い渦のほうに向かった。すると、赤い渦は、4人を一気に吸い込んでしまったのだ。魔理沙は何とか眼を覚まし、起き上がると、霊夢たちの姿はなかった。探していると、一体の妖請が現れ、こういった。「気がついた?ここは2次元の世界『ゲンソーキョー』。貴女はあの赤い渦に吸い込まれたのね。」魔理沙は出る方法を教えてくれというと、妖精は答えてくれた。どうやら、赤い館にいる「レミリワール」を倒すと元の世界に戻れるという。レミリワールを倒す決心をした魔理沙は、妖精とともに、仲間を見つけ、レミリワールを倒す冒険に出た。ふしぎな世界「ゲンソーキョー」を舞台に、魔理沙の冒険が始まる!
登場キャラクター
4人の勇者（主人公）
※（）はそれの元キャラ
プレイヤーの一人。作中でヤマダールという人物から「次元技」を授かり、それを武器に立ち向かう。
プレイヤーの一人。いちど萃香とともにレミリワールの城にたどりつくも、すぐにやられ、その後近くにいた魔理沙と再会する。
プレイヤーの一人。彼女も霊夢と同じくレミリワールの城にたどりつくも、すぐにやられてしまう。その上、レミリワールによって姿も変えられてしまう。
プレイヤーの一人。霊夢たちよりもさきにレミリワールの城にたどりつくも、すぐにやられて行方不明に。
妖精
ストーリーが進むたびに仲間になっていくキャラクター。
妖精（虹）（アンナ）
「真実を見通す」能力を持つ妖精。
妖精（赤）（とるナゲール）
遠くにあるものをとることができる妖精。
妖精（青）（ボムドッカん）
爆弾の妖精。
妖精（黄色）（キえマース）
画面に対して90度回転して消えたようにする妖精。
妖精（緑）（へびードン）
ヒップドロップを使用できる妖精。
妖精（橙）（ノッテこー）
移動用妖精。
妖精（紫）（メクるルン）
画面をめくる妖精。
妖精（茶）（はまハンマ]]）
ハンマーを使用できる妖精。
妖精（黒）（ミニみ）
小さくなれる妖精。
妖精（白）（バーリやー）
バリアを張れる妖精。
妖精（金）（ダダっシュ）
ダッシュが使用できる妖精。
妖精（銀）（ぴッキョローン）
音楽の妖精。
ザ・コウマーズ
赤い渦を出した謎の組織。「赤の預言書」の内容に従い、幻想郷の住民たちの能力を利用して「スカー・レットパワー」を作り出して世界を破滅に導こうとしている。
レミリワール（ノワール伯爵・レミリア・スカーレット）
「ザ・コウマーズ」の首領であり、「赤の預言書」の執行人。
レミリワールの使い。催眠術が使え、彼女の催眠光線を受けると、レミリワールに絶対の忠実を誓うようになる。普段は時間を操る能力を使い、掃除などをしている。
レミリワールの部下で、城を守る門番。レミリワールに忠誠を誓っている。
パチュラー・マーネッジ（マネーラ・パチュリー・ノーレッジ）
レミリワールの部下で、通称「動かないモノマネ師パチュラー・マーネッジ」。誰にでも変身できる能力を持つ。
フラドール（ディメーン・フランドール・スカーレット）
.レミリワールの部下で通称「みわくの妹フラドール」。 分身を使った攻撃や、素早い動きで勇者を困らせるのが大好き。
レミリワールの部下で、通称「ミドリの巫女ミスS」。 意外に素早く、星の形をした弾を放ってくる。 「エスカナコー」と「エススワコーZ」の操縦士でもある。しかしこの顔、どこかで見たような…?
サブキャラ
ヤマダール（デアール・四季映姫ヤマザナドゥ）
「であ～る」が口癖の「ゲンソーキョー」の魔法使い。
ウラヤマダール（ウラデアール・四季映姫ヤマザナドゥ）
「ウラゲンソーキョー」に住むヤマダール。
「ヨーカイの山」で自作の新聞を配っている天狗。
射命丸デビッドの部下で、写真担当。
射命丸デビッドの部下で、ビデオ担当。
ボスキャラ
酒好きのロボットドラゴン。おかしな帽子とメガネをかけている。酔っぱらっていたのか、魔理沙がくると、敵だと思い込み、攻撃をしてきた。彼の体には、警備ロボ「キョロ酒（きょろしゅ）」が生み出されている。
途轍もない大きな体をしており、画面から体がはみ出ている。縄張り意識が高いようであり、気に入らない者は全てどこかへ瞬間移動させるという。
「コーリンドー」という城に住むオタク。それに変態であり、戦うときはふんどし姿になる。
ミスSが作った先頭ロボ。口から御柱ミサイルを出すなど、いろんな攻撃方法を持つ。
植物たちを操る植物種族のリーダー。4代目であり、元々は先代国王の摂政であったが、先代が88歳という若さで亡くなった直後、王位を継承し国王となった。
エスカナコーがパワーアップした姿であり、地上戦用に改造されている。
ヘルズムリバー（ヘルワンワン・プリズムリバー3姉妹）
ドド・メイリンが操っている赤、青、黒の鉄球。
湖で遊ぶのが飽きて、「テンカイ」の住民たちを凍らせていた。
冷気や、氷柱などの攻撃を得意とする。口癖は「アッシったら最強ザンす!」
スーパーフラドール
「スカー・レットパワー」とその雛形となった早苗に融合したフラドール