ストーリー
ある日、幻想郷の空に大きな赤い渦が現れた。その異変を解決すべく、霊夢と魔理沙、それに萃香や早苗が、赤い渦のほうに向かった。すると、赤い渦は、4人を一気に吸い込んでしまったのだ。魔理沙は何とか眼を覚まし、起き上がると、霊夢たちの姿はなかった。探していると、一体の妖請が現れ、こういった。「気がついた?ここは2次元の世界『ゲンソーキョー』。貴女はあの赤い渦に吸い込まれたのね。」魔理沙は出る方法を教えてくれというと、妖精は答えてくれた。どうやら、赤い館にいる「レミリワール」を倒すと元の世界に戻れるという。しかし、奴を倒すためには、7個の「ゲンソーストーン」を集めなければいけないという。レミリワールを倒す決心をした魔理沙は、妖精とともに、仲間を見つけ、ゲンソーストーンを集める冒険に出た。ふしぎな世界「ゲンソーキョー」を舞台に、魔理沙の冒険が始まる!
登場キャラクター
4人の勇者（主人公）
※（）はそれの元キャラ
プレイヤーの一人。作中で謎の人物から「次元技」を授かり、それを武器に立ち向かう。
プレイヤーの一人。いちど萃香とともにレミリワールの城にたどりつくも、すぐにやられ、その後近くにいた魔理沙と再会する。
プレイヤーの一人。彼女も霊夢と同じくレミリワールの城にたどりつくも、すぐにやられてしまう。その上、レミリワールによって姿も変えられてしまう。
プレイヤーの一人。霊夢たちよりもさきにレミリワールの城にたどりつくも、すぐにやられて行方不明に。
妖精
ストーリーが進むたびに仲間になっていくキャラクター。
妖精（虹）（アンナ）
「真実を見通す」能力を持つ妖精。
妖精（赤）（とるナゲール）
遠くにあるものをとることができる妖精。
妖精（青）（ボムドッカん）
爆弾の妖精。
妖精（黄色）（キえマース）
画面に対して90度回転して消えたようにする妖精。
妖精（緑）（へびードン）
ヒップドロップを使用できる妖精。
妖精（橙）（ノッテこー）
移動用妖精。
妖精（紫）（メクるルン）
画面をめくる妖精。
妖精（茶）（はまハンマ）
ハンマーを使用できる妖精。
妖精（黒）（ミニみ）
小さくなれる妖精。
妖精（白）（バーリやー）
バリアを張れる妖精。
妖精（金）（ダダっシュ）
ダッシュが使用できる妖精。
妖精（銀）（ぴッキョローン）
音楽の妖精。
ザ・コウマーズ
赤い渦を出した謎の組織。「赤の預言書」の内容に従い、幻想郷の住民たちの能力を利用して「スカー・レットパワー」を作り出して世界を破滅に導こうとしている。
レミリワール（ノワール伯爵・レミリア・スカーレット）
「ザ・コウマーズ」の首領であり、「赤の預言書」の執行人。
レミリワールの使い。催眠術が使え、彼女の催眠光線を受けると、レミリワールに絶対の忠実を誓うようになる。普段は時間を操る能力を使い、掃除などをしている。
レミリワールの部下で、城を守る門番。レミリワールに忠誠を誓っている。
パチュラー・マーネッジ（マネーラ・パチュリー・ノーレッジ）
レミリワールの部下で、通称「動かないモノマネ師パチュラー・マーネッジ」。誰にでも変身できる能力を持つ。
フラドール（ディメーン・フランドール・スカーレット）
レミリワールの部下で通称「みわくの妹フラドール」。 分身を使った攻撃や、素早い動きで勇者を困らせるのが大好き。
レミリワールの部下で、通称「ミドリの巫女ワンダーS」。 意外に素早く、星の形をした弾を放ってくる。 「エスカナコー」と「エススワコーZ」の操縦士でもある。しかしこの顔、どこかで見たような…?
サブキャラ
「であ～る」が口癖の「ゲンソーキョー」の神様。
「ウラゲンソーキョー」に住むランール。
プレイヤーに幸運を与える。しかし、高い金額で金を取られる。
（ミステール・[[]]）
（ア・ゲール・[[]]）
地底の奥深くを見張っている少女。
（レド・[[]]）
（グリン・[[]]）
（クリスタール・[[]]）
（タマラ・[[]]）
「ヨーカイの山」で自作の新聞を配っている天狗。
射命丸デビッドの部下で、写真担当。
射命丸デビッドの部下で、ビデオ担当。
キング・ユウカリンの手下。
ブブドー人形（ブブドー・アリスの人形たち）
ふしぎの国にいるアリスの手下たち。普通のやつをはじめ、小さいのや、大きいのもいる。
アリス（モノノフ王・アリス・マーガトロイド）
ふしぎの国の国王。
ゲンソーキョー三人組（アンダーランド三姉妹・八雲紫&西行寺幽々子&八意永琳）
「オババ三人組」と呼ばれる「ゲンソーキョー」の住民。彼女らは「自分はまだ17歳」と思っている。
猫の姿をした役人。
四季映姫・ヤマジャーデスの元へ向かう罪人たちを船で送る仕事をしている。しかし、よく昼寝をする。
四季映姫・ヤマジャーデス（ジャーデス・四季映姫・ヤマザナドゥ）
グランヨーキの母親。地獄で罪人を白と黒で決めている閻魔。
四季映姫・ヤマジャーデスの父親で、剣術の達人。
四季映姫・ヤマジャーデスとグランヨーキの子供。（おいしそうな）王子様を待っている。
（シロエル・[[]]）
（アカエル・[[]]）
（アオエル・[[]]）
（キーエル・[[]]）
ボスキャラ
酒好きのロボットドラゴン。おかしな帽子とメガネをかけている。酔っぱらっていたのか、魔理沙がくると、敵だと思い込み、攻撃をしてきた。彼の体には、警備ロボ「キョロ酒（きょろしゅ）」が生み出されている。
途轍もない大きな体をしており、画面から体がはみ出ている。縄張り意識が高いようであり、気に入らない者は全てどこかへ瞬間移動させるという。
「コーリンドー」という城に住むオタク。それに変態であり、戦うときはふんどし姿になる。
ワンダーSが作った先頭ロボ。口から御柱ミサイルを出すなど、いろんな攻撃方法を持つ。
植物たちを操る植物種族のリーダー。自称「フラワークリーチャー」。
エスカナコーがパワーアップした姿であり、地上戦用に改造されている。
ドド・メイリンが操っている赤、青、黄の鉄球。
湖で遊ぶのが飽きて、「テンカイ」の住民たちを凍らせていた。
冷気や、氷柱などの攻撃を得意とする。口癖は「アッシったら最強ザンス!」。
スーパーフラドール（スーパーディメーン・フランドール・スカーレット＆東風谷早苗）
「スカー・レットパワー」とその雛形となった早苗に融合したフラドール
