概要
メガロとジェットジャガーのデビュー作にして唯一の登場作品であり、
前作で高い人気を得た、サイボーグ怪獣ガイガンが再登場した作品でもある。
前作に引き続き、ゴジラは怪獣島を住みかとしていて、しかも本作からは、ジェットジャガーの要請を受けて出動する「正義の怪獣」となり、目も、まるでマンガの主人公を立体化したかのように、非常にかわいくなっている。
当初、本作の脚本は、関沢新一に執筆依頼が持ち込まれたが、当時関沢が作詞業にかかりっきりで執筆の時間が無く、企画立ち上げから撮入まで全く時間が無かったため、福田純監督が脚本に起こすという体制で企画作業が進められた。
また、「東宝チャンピオンまつり」の定番の作品となって以来、新作ゴジラ映画は低予算化が強いられ、脚本段階から様々な制約を受けるものとなっていた。また、本作はかなりの低予算で、決戦シーンでは何もない荒野しか用意出来ず、キャスト面では新人を中心として小人数となり、ゴジラシリーズで唯一、メインキャストに女性が存在しない作品となった。
また東宝は本作の公開後、自社で制作したテレビ映画『流星人間ゾーン』（日本テレビ）でゴジラやガイガン、キングギドラを登場させて設定の発展を試みている。
その一方で本作は、『ゴジラ対ヘドラ』以後、「公害」をテーマに置いていた「ゴジラシリーズ」で久々に（そして昭和ゴジラシリーズでは最後の）「反核」をテーマに置いた作品であり、ラストは地上の人間の核実験を反省する主人公たちの会話で締めくくられる。核実験の犠牲者であるゴジラ（本作中ではこの設定は省略されている）が同じ核実験の被害者であるシートピア王国と戦う皮肉な展開となった。
上映時間は82分。それは、『ゴジラ・ミニラ・ガバラ オール怪獣大進撃』に次いで、2番目に短い。
そして観客動員数は98万人。これは、ゴジラ映画としては歴代ワースト2位（公開当時は1位）というむなしい結果である。
あらすじ
アリューシャン列島のアスカ島で行なわれた国際核実験は太平洋の大部分に影響を及ぼし、怪獣島とシートピア海底王国も被害を受けた。シートピア人は報復すべく地殻変動を起こした上、王国の守護神メガロを地上に派遣して地上人に対する攻撃を開始。青年科学者・伊吹吾郎の作った等身大ロボット・ジェットジャガーを強奪し、水先案内を行わせる。
だが、ペンダント形のマスターコントローラーがシートピア人に気付かれなかった事により、ジェットジャガーは伊吹たちの手に取り戻された。怪獣島へゴジラを呼びに行き、即座に帰還したジェットジャガーは己の意思で巨大化した上、メガロに立ち向かう。
しかし、シートピア人はこれに対抗してM宇宙ハンター星雲からガイガンを呼び寄せていた。2対1となったジェットジャガーは劣勢となる。ジェットジャガーのピンチに、ゴジラは間に合うのだろうか？
登場怪獣
シートピア海底人
冒頭の「怪獣島」のシーンでは、アンギラスやラドンが登場している
