日本領海の安全と治安を守る行政機関で、国土交通省の外局。
主な任務は海上警備、海難救助・消防、海洋情報の調査・測量、海上交通の管理、密輸や密出入国の取り締まりなど。
海上自衛隊ほどの装備ではないが、かなりの武装をしている。
わかりやすい違いでは平時では海保が、有事では海自が出動する。
他国の軍艦が来たならば海自が、海賊や不審船が出現すれば海保が相手にし、海保の手に余る場合は海自に出動要請をする。
なお、自衛隊には警察権は無く(警務隊は司法警察官であるが隊内の犯罪に対してしか行使できない)、「海上警備行動」の際には内閣総理大臣の承認により一時的に「行政警察権」を得ることが出来るが強制力を持たない任意の確認のみ可能な程度となっている。(ただし出動中の部隊に一時的な司法警察権の付与が行なわる、同乗した海上保安官が司法警察権を行使すれば海保同様の行動が可能となる)
海上保安庁は警察組織である為に司法警察権を持ち、強制力のある捜査・逮捕・逃亡防止の為の武器使用を行うことが出来る。
しかし、
- 日本には海賊を取り締まる法律がない(刑法により強盗や殺人として扱われる)。
- 警察官職務執行法に縛られる為に警告や威嚇・正当防衛・自衛の範囲でしか武器の使用が出来ない。
- 刑法の適用範囲の関係で法が適用できる船が限られて外国船を救助することが出来ない。
といった問題があったが、法律解釈や新法案により問題を回避している。
しかし、ソマリア沖等への海外派遣に関しては下記のような問題があり、海保は適さない為に海自が派遣される事になる。
- 船舶の海上補給・給油能力が無い為に長時間海域にとどまることができない。
- 海外派遣に適した船の数が少ない為に派遣してしまうと通常の任務で船が足りなくなる。
- 警察組織の為に他国の海軍と共同作戦や情報の共有が行えない(海自と海保の間には協定がある為、情報の共有は出来る)。
- そもそも軍と協働することを想定していない組織である。
ただし、軍艦である海自の船と比べて火力や連射速度が低い為に対海賊に適しているという利点がある。
(武装漁船程度の海賊船相手では76mm等の単装速射砲や20mmのCIWSでは過剰火力であり、海賊船を粉砕してしまう)
国際的には沿岸警備隊や国境警備隊のような準軍事組織と見なされる。
1948年創設以来、日々日本の最前線で戦っている。
旧海軍との関係
海上保安庁の担当する業務の多くは、かつて海軍の担当するものであった。戦後処理のため旧軍を改組した省庁である復員庁が廃止される際、掃海業務はじめとする実務や、資料整理部による海軍再建研究を海上保安庁が引き継いだ。その後これらの業務は海上保安庁の下部組織として発足した海上警備隊に引き継がれ、海上警備隊は保安庁(現防衛省)に移管される形で独立、海上自衛隊となった。
よって、組織としての脈絡を一度完全に断たれた海上自衛隊に対し、旧軍の後身たる復員庁より人員と任務を直接受け継いだ海上保安庁こそ、大日本帝国海軍の伝統を受け継ぐ直系の組織であるといわれることもある。
海上保安庁、海上警備隊の両組織とも旧海軍出身者を中心として組織されていたが、海上警備隊は海軍兵学校出身者が大多数を占めていたのに対し、海上保安庁は高等商船学校(現東京海洋大学海洋工学部および神戸大学海事科学部)出身者で占められていた。旧海軍において両校出身者の不仲は慢性的なものであったが、太平洋戦争において両者の溝は決定的なものとなる。
高等商船学校出身者は予備士官として沿海警備や船団護衛などの任務に就いていたが、決戦兵力を優先していた旧海軍においてこれらの任務は比較的軽視されており、結果として高等商船出身者の戦死率は海軍兵学校出身者のそれを大きく上回ることとなった。これにより高等商船学校出身者の中に「日の丸の下では喜んで死ぬが、海軍旗の下では死にたくない」と、海軍や海軍兵学校出身者に対する大きな怨嗟が残されていた。
現に海上警備隊移管の際、海上保安庁も保安庁移管となる予定であったが、海上保安庁側の猛反発により、喧嘩別れする形で運輸省（現国土交通省）の管轄下に残ることとなった。
上記理由から海上保安庁と保安庁警備隊を前身とする海上自衛隊の関係は余り宜しいとは言えぬ状態が長く続いた。今なおそれぞれの所属船舶（船艇や艦艇）に重複する船名が複数存在するのはそのためである。（例きりしま）
余談ではあるが、海上保安庁のシンボルであるコンパスマークは、元々商船学校の校章であり、旧商船学校や航海訓練所でも使用されている。
各管轄区域
| 海上保安本部 | 本部所在地 | 管轄 |
|---|---|---|
| 第1管区海上保安本部 | 北海道小樽市 | 北海道全域 |
| 第2管区海上保安本部 | 宮城県塩竈市 | 東北地方全域 |
| 第3管区海上保安本部 | 神奈川県横浜市 | 関東地方全域,静岡県,山梨県 |
| 第4管区海上保安本部 | 愛知県名古屋市 | 東海地方全域 |
| 第5管区海上保安本部 | 兵庫県神戸市 | 大阪府,兵庫県（瀬戸内海側）,和歌山県,徳島県,高知県 |
| 第6管区海上保安本部 | 広島県広島市 | 広島県,岡山県,山口県（東部）,香川県,愛媛県 |
| 第7管区海上保安本部 | 福岡県北九州市 | 福岡県,佐賀県,長崎県,大分県,山口県（西部） |
| 第8管区海上保安本部 | 京都府舞鶴市 | 京都府（日本海側）,福井県,島根県,鳥取県 |
| 第9管区海上保安本部 | 新潟県新潟市 | 新潟県,富山県,石川県,長野県 |
| 第10管区海上保安本部 | 鹿児島県鹿児島市 | 鹿児島県,熊本県,宮崎県 |
| 第11管区海上保安本部 | 沖縄県那覇市 | 沖縄県 |
