基礎データ
※ふみん：「ねむり」状態にならない。
概要
ミュウツーに『ミュウツナイトY』を持たせた状態で進化させたメガシンカで、映画版に登場したメガミュウツーはこれにあたる。（何故単身でメガシンカが出来るのかは不明。）
メガミュウツーXとは対照的に、高さ・重さが大きく減りシャープな姿となった。
また、尻尾が消え後頭部から大きな器官が伸びている。この器官によりサイコパワーを操るらしい。
種族値
特性はふみんに変化する。
最大の特徴はデオキシスアタックフォルムから全ポケモン最高値を取り戻した特攻の数値にあるだろう。何と200に迫る数値まで伸びており、素早さも少し上がった(ちなみにあの初代最速のマルマインと同速)。特防も120とパルキア以上の耐久を手に入れ、おまけの攻撃も150とかなりの数字になった。ミュウツーの上位互換に見えるが、実際はいのちのたま持ちミュウツーに火力は劣るので、メガミュウツーの利点であるすばやさ、特殊耐久、ふみんの3点を強みとした運用が求められるだろう。
欠点は防御が70にダウンしているため、耐久に振っていないとグラードンのじしんやゼクロムのらいげきなど強力な物理アタッカーの一撃が致命傷になりかねない事。イベルタルに至っては弱点タイプなだけでなく特性の効果もあってふいうちで一撃で落とされてしまう事も。そのため対戦の運用では防御に努力値を振るのが主流。
とはいえ進化前同様に対策が難しく、補助技も豊富なため「ふいうち」も読み次第でスカされるので安定しない。
スマブラにおけるミュウツーY
スマブラ3DS/WiiUで、ミュウツーが最後の切りふだ「サイコブレイク」を放つ際にメガシンカする。
