ストーリー
武装集団「サンズ・オブ・リバティ」の引き起こしたビッグシェル占拠事件以降、世論の反発で正規軍の他国への派兵が困難となったアメリカが、PMC(民間軍事会社)にこれを代替させるようになった。その結果、PMCが急速に台頭。無人兵器の発達やナノマシンによる兵士、武器、兵器、戦場の制御管理を行う「SOPシステム」の確立を背景として合理的な戦争経済が成立し、戦争はビジネスへと変わっていった。
オタコン、雷電と共にオルガの娘の捜索、愛国者達の調査を行っていたスネークだったが、ビッグボスからの遺伝子コピーにより生まれた因果により、肉体の急激な老化が進み、突然の発作に苦しめられるようになっていた。身分を隠す必要性と、老化による容姿により、オールド・スネークと呼ばれていた。
そして、ビッグシェル占拠事件から約5年後。スネークのもとに国連職員となった元FOXHOUND司令官ロイ・キャンベルが訪れ、世界各国の大手PMCを運営するマザーカンパニーOUTER HEAVENを統率し、大規模な軍事蹶起を目論むリキッド・オセロット（精神がリキッド・スネーク化したような言動を取るリボルバー・オセロット）の暗殺を非公式に依頼する。残り僅かな余命をこの任務に賭けたスネークは、任務を遂行するためリキッドが潜伏する中東の戦場へと単独潜入を開始した。
登場人物
- ソリッド・スネーク（オールド・スネーク）
- ハル・エメリッヒ
- ロイ・キャンベル
- 雷電
- ナオミ・ハンター
- メイ・リン
- ローズマリー
- サニー
- ドレビン
- メリル・シルバーバーグ
- ジョニーアキバ
- リキッド・オセロット
- ラフィング・オクトパス
- レイジング・レイヴン
- クライング・ウルフ
- スクリーミング・マンティス
- サイコ・マンティス
SOP
アメリカの企業であるアームズ・テック・セキュリティが開発した「Sons Of the Patriots」の略で、ナノマシンを用いた戦場管理システムの名称。
標準任務規定(SOP:Standard Operating Procedure)と同じ略語だが、無関係。
兵士の体内に注入したナノマシンにより感情の制御、兵士同士の情報のリンク、敵味方の識別、負傷状態だけでなく血糖値や水分量などありとあらゆる情報の管理等を行う事で効率のよい運用が可能となる。
痛覚の抑制も行うことが出来るため、VR訓練との併用で新兵であってもベテランの兵士のように働くことも可能となっている。
脳内物質のコントロールによる感情の制御により、虐殺や略奪等の兵士による不法行為の抑制、戦場に対する怯えや殺人行為への忌避感を抑制することで任務放棄の回避といったことを行っている。
また銃火器を含むすべての兵器に搭載したチップにより、不必要な発砲の抑制、反乱の防止、武器の横流しの防止なども行っている。
これらの利点からPMCで問題となっていた問題行為の抑制のために国連により導入されたが、戦場の管理・効率化もあって軍や警察機関も採用している。
しかし完全な抑制は出来ておらず、南米の高地では空気の薄さからか戦闘時に必要以上に発砲するなどの事態が起きている。
