概要
序幕
―――むかしむかし、ある大工の工房に
一本のしゃべる棒っきれが転がり込んできた。
得体のしれない棒に恐れをなした大工は
友人であるゼペットにその棒を譲り渡した。
ゼペットは家に戻ると棒っきれを削り、
一体のあやつり人形の子供、ピノキオを作りだす。
だが、できあがった人形はなんと命を宿し、
勝手気ままにいたずらをし始めたのだ。
ピノキオを息子として扱うゼペットの親心も、
道徳を説くコオロギの忠告も無視し、
勝手気ままに暮らすピノキオは
さまざまな悪党たちに騙され、やがて
死の淵に立たされる。
そんなとき、ピノキオの前に青い仙女が現れる。
もしもピノキオが心を入れ替え善人となるなら、
ピノキオは人間になることができる、と。
心を入れ替える決心をしたピノキオは襲い来る
誘惑と戦い、ついにはクジラに飲まれた父ゼペットを
命がけで助けだす。
その善行が認められ、ついにピノキオは
本物の人間になるのだった…―――
ストーリー
完璧な人形
開幕：パーンも加わり、いよいよフォルテム学院へ向けて進む一行。だが、その途中、エレナはある人影を見かける。人影を追いかけるエレナとレヴォルはそのままある想区へ入り込む。そこで二人は縛り首にあっている人形を見つける…。
終幕：リッカルドを退けた一行は、人形の名前がピノキオであることを知る。そして目を覚ましたピノキオからピノキオの父親ゼペットがクジラの中に閉じ込められていること、ゼペットを助けるためにピノキオが「完璧な人形」になる必要があることを知らされる。
稀代の英雄、災厄の権化
開幕：ゼペットを助けるために「完璧な人形」になろうとしているピノキオだったが、その方法がわからず途方に暮れていた。一行は壊れかけているピノキオの身体を修理するためにゼペットの家へ向かう。
終幕：ゼペットの家へ向かいながら、エレナはピノキオを気にかけ続ける。一方、レヴォルはパーンから過去にワイルドの特性を発現した者たち、エクスとモリガンの行く末を聞かされる。
人形師ドーロット
終幕：ゼペットの家に到着した一行だが、そこで彼らは人形師ドーロットに出会う。ドーロットはゼペットとは古い飲み仲間だと話し、ピノキオの抱える事情についても知っていた。ドーロットはなぜ事情を知っているか教える代わりに、あることを一行に頼む。
人形の世界
開幕：修理が完了したピノキオを伴い、一行は「奇跡の原っぱ」へたどり着く。原っぱにいるはずのフラムベイユを探す一行だったが、原っぱには金貨を埋めるひとびととそれをあおるピエロの人形たちの姿があった。
終幕：ピエロたちを倒した一行だったが、金貨を埋めていたひとびとは次々に人形に姿が変わっていってしまう。そこへドーロットの人形フラムベイユが現れ、ひとびとが『空白のホムンクルス』に変えられたと話す。そしてこの想区のカオステラーが、ひとびとを人形に変えようとしていることを知る。
人形師の手紙
開幕： 一行はドーロットに話を聞くべく、ゼペットの家へ戻ろうとする。しかし、ゼペットの家がある方向からは火の手が上がっていた…。
終幕：焼け落ちたゼペットの家から一行は鉄の箱を見つける。箱の中に残されていたドーロットの手紙から、シャルル・ペローがこの想区に来ていることを知る。一行はドーロットの手紙に従い、リ・ページを行う…。
人形は覚えている
開幕：もとの海岸に戻った一行はピノキオと再会する。だがピノキオはなんとリ・ページ前の記憶を残していた。そんなピノキオと一行の前に、ふたたびリッカルドが姿を現す。
終幕：リッカルドはいくら倒されても立ち続け、ピノキオをクジラのもとへ通そうとはしない。一行はピノキオを「完璧な人形」にするために、ドーロットの助言に従い、「幸せの国」へと向かう。
魔女は英雄の夢を見るか？
開幕：一行は「幸せの国」へ向かう途中、なぜピノキオがリ・ページ前の記憶を宿しているのか話し合う。話し合いの途中、エレナは自分が見た夢の話をする。それは『調律の巫女』一行の夢だった。
終幕：エレナはピノキオと夢について語り合う。話をしながら、少しずつ親交を深めていく二人。その一方、ティムとパーンはあることについて話し合っていた。
ピノキオハント
開幕：「幸せの国」にたどり着いた一行は人形のフラムベイユを探し始める。するとピエロは子供たちをあおり、ピノキオを狩るゲーム、「ピノキオハント」を開始させる。子供たちに追われながら、一行は「幸せの国」を駆け回るのだったが…。
終幕：一行は子供たちから逃げ回るが、欲望にまみれた子供たちは次々と人形に姿が変わっていってしまう。そして愕然とする一行の前にヘカテーが姿を現す。
ガラティアの心臓
開幕：ヘカテーは一行を煽り、ピノキオを嘲る。ヴィランや人形たちを笛の音で操り、一行を追いつめようとするがそこへドーロットが現れ、人形たちを停止させる。ドーロットの案内で、一行はヘカテーから逃げるのだが…。
終幕：一行はドーロットからフラムベイユが持つ玉、“ガラティアの心臓”を渡される。それは人形に命を与える玉だった。さらにその場に現れたシャルル・ペローから、ドーロットに関する衝撃的な事実を知らされる。それはドーロットが『空白のホムンクルス』の作者であり、彼女の原典となった人物がグリムノーツと旅をしていた『空白の書』の持ち主、というものだった。
囚われの英雄たち
開幕：リ・ページにより海岸に戻ってきた一行だが、そこにピノキオの姿はなく、先回りしていたプロメテウスと遭遇する。『調律の巫女』の仲間たちの魂を取り込んでいたプロメテウスはその力を使い、一行に襲い掛かる…。
終幕：プロメテウスは一行にとどめを刺そうとするが、その直後、プロメテウスが取り込んでいたある者の魂が反旗を翻し、一行に逃げる隙を与える。一行は隙をついて、その場から離脱するのだったが…。
シャルル・ペローとの合流
終幕：プロメテウスから逃げ出した一行はシャルル・ペローと合流する。そのままシャルルの案内により、ドーロットの工房へと向かうことに。
人形師の工房
開幕：ーロットの工房にたどり着いた一行だったが、そこでドーロットの人形たちに襲われてしまう。ドーロットがうっかり暴走させてしまったという人形たちを止めるために、やむなく一行は奮戦することになるのだったが……。
終幕：一行はドーロットから話を聞き、この想区のカオステラーの正体がドーロットがかつて製作し、廃棄した人形であることを知る。人形の名前は「ドーロット」。かつてドーロットが自らの写し身にしようとした人形だった。
人形師の願望
開幕：「奇跡の原っぱ」を歩く一行はドーロットの勘により、人形たち、そしてカオステラーの拠点となっている地下基地の入口を発見する。一行は扉をくぐり、カオステラーのもとへ向かう。
終幕：一行は地下基地を進みながら、なぜカオステラーがピノキオに執着するのかを話し合う。そのさなか、レヴォルは道の先に明かりを発見する。
ピノキオの選択
開幕：一行はカオス・ドーロットと対面する。カオス・ドーロットはドーロットに話しかけ、自らの存在に理解を示してもらおうとするが、ドーロットはあくまでピノキオの無事にこだわる。ピノキオの名前を出されたカオス・ドーロットは怒りに燃えるが、現れたヘカテーがとりなし、人形たちを一行に差し向ける。
終幕： カオス・ドーロットはドーロットと道を違えたことを悟り、基地を崩壊させようとする。一行は生き埋めになる前にリ・ページを行い、ゼペットのもとへ向かおうとするのだったが…。
完璧なる人形の条件
開幕：海岸に戻ってきた一行。だが三度目のリ・ページを行った直後、エレナの脳裏にある光景がよぎる。そこへリッカルドが現れ、ピノキオに自身の選択を示すように迫る。
終幕：敗れてもなお立ち上がろうとするリッカルドに、ピノキオは自身の覚悟を話す。それを聞き、リッカルドはピノキオが「完璧な人形」になったことを確信し、ゼペットが閉じ込められたクジラの中へ一行を導く。
イン・ザ・ホエール
開幕：クジラの中に入り込んだ一行は、ゼペットを助けるべく、クジラの中を進んでいく。
終幕：ついに一行はゼペットと出会い、ピノキオとゼペットは再会を果たす。だが、そこへカオス・ドーロットが姿を現す。そしてピノキオはもう人間に戻れないことを告げる。
人形に願いを
開幕：じつは一度人間になっていたピノキオだったが、プロメテウスの策略により、罠にはめられ、人形の姿に戻っていたという。カオス・ドーロットはその事実を以て、人形こそが至高の存在だと主張するが、ゼペットはそんなカオス・ドーロットを一蹴する。そしてカオス・ドーロットとの決戦がついに始まる。
終幕：敗れたカオス・ドーロットに、パーンはカオス・ドーロットが内に秘めていた想いを話す。カオス・ドーロットが「人形の世界」を創ろうとした理由、それはドーロットに振り向いてもらうためだった。エレナはついに『再編』の術を見つける。そしてピノキオとの再会を約束し、想区の『再編』を果たす。だが……。
ある人形の結末
開幕：それはまだ一行が“ピノキオの想区”に来る前。ドーロットはゼペットの家で一体の人形を見つける。そしてピノキオが死亡したことを伝えたドーロットは人形にあることを提案する。
そして『再編』後。エレナはある不安に駆られ、ゼペットの家へ急ぐのだったが…。
終幕：ゼペットの家に着いた一行はピノキオの姿を探す。しかしそこにはピノキオと呼ばれる見知らぬ子どもがおり、ゼペットが示した人形もピノキオの姿ではなかった。ピノキオがいなくなった事実を知り、絶望するエレナ。一行はエレナを連れ、ドーロットの工房へ向かおうとするが…。
災厄の扉
開幕：ドーロットの工房へ向かう途中、一行の前にプロメテウスたちが現れる。まもなく「災厄の扉」が開かれると告げるプロメテウス。エレナの様子が急変し、一行はヴィランに取り囲まれる。
終幕：エレナは夢の中で自分を導いてきた存在の正体を知る。そしてプロメテウスはエレナに関わる重大な秘密を一行に告げるのだった。明かされる真実に絶望するレヴォルたち。復活した“災厄の魔女”に殺されそうになるが、そこへ助っ人が参戦する。助っ人の正体、それは…―――
「鬼」の帰還
開幕：一行に合流したシェインはレヴォルたちを助け、まだエレナを助ける方法があることを伝える。『導きの栞』を持つシェインとともに一行は“災厄の魔女”に立ち向かう。
終幕：エレナを取り戻した一行だったが、判明した真相についての衝撃はあまりにも大きかった。眠り続けるエレナを休ませるため、そして今後のことを話し合うために、一行はドーロットの工房へ向かう。
古き詩、いまは絶え
終幕：エレナを取り戻した一行だったが、判明した真相についての衝撃はあまりにも大きかった。眠り続けるエレナを休ませるため、そして今後のことを話し合うために、一行はドーロットの工房へ向かう。
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